MicrobiosOnline
MicrobesOnline es un sitio web de acceso público y gratuito que alberga múltiples herramientas genómicas comparativas para comparar especies microbianas a nivel genómico, transcriptómico y funcional. [1] [2] MicrobesOnline fue desarrollado por el Instituto Virtual para el Estrés y la Supervivencia Microbianos, que tiene su sede en el Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley en Berkeley, California. El sitio se lanzó en 2005, con actualizaciones periódicas hasta 2011.
El objetivo principal de MicrobesOnline es proporcionar un recurso fácil de usar que integre una gran cantidad de datos de múltiples fuentes. Esta plataforma integrada facilita los estudios de genómica comparativa , análisis de vías metabólicas , composición del genoma , genómica funcional , así como datos de familias y dominios de proteínas . También proporciona herramientas para buscar o navegar en la base de datos con genes, especies, secuencias, grupos ortólogos , ontología de genes(GO) términos o palabras clave de ruta, etc. Otra de sus principales características es el Gene Cart, que permite a los usuarios llevar un registro de sus genes de interés. Uno de los aspectos más destacados de la base de datos es la accesibilidad de navegación general y la interconexión entre las herramientas.
El desarrollo de métodos de alto rendimiento para la secuenciación del genoma ha generado una gran cantidad de datos que requieren herramientas bioinformáticas sofisticadas para su análisis e interpretación. [3] Hoy en día existen numerosas herramientas para estudiar datos de secuencias genómicas y extraer información desde diferentes perspectivas. Sin embargo, la falta de unificación de nomenclatura y protocolos estandarizados entre herramientas, hace muy difícil la comparación directa entre sus resultados. [4]Además, el usuario se ve obligado a cambiar constantemente de varios sitios web o software, ajustando el formato de sus datos para que se ajuste a los requisitos individuales. MicrobesOnline se desarrolló con el objetivo de integrar las capacidades de diferentes herramientas en una plataforma unificada para facilitar la comparación entre los resultados del análisis, con un enfoque en especies de procariotas y eucariotas basales .
MicrobesOnline alberga datos genómicos, de expresión génica y de aptitud para una amplia gama de especies microbianas. Los datos genómicos están disponibles para 1752 bacterias , 94 arqueas y 119 eucariotas, para un total de 3707 genomas, 2842 de los cuales están marcados como completos. Los datos de expresión génica están disponibles para 113 especies y los datos de aptitud están disponibles para 4 organismos. [5]
MicrobesOnline proporciona diversas herramientas para buscar, analizar e integrar información relacionada con genomas de bacterias para aplicaciones en cuatro áreas principales: información genética, genómica funcional, genómica comparativa y estudios de vías metabólicas. [6] La página de inicio de MicrobesOnline es el portal para acceder a sus funciones, que incluye seis secciones principales: los elementos de navegación superiores, un selector de genoma, ejemplos del tutorial basado en E.coli K-12, un enlace a Genome-Linked Aplicación para Mapas Metabólicos (GLAMM), aspectos destacados del sitio web y la lista "acerca de MicrobesOnline". Como proyecto en curso, los autores de MicrobesOnline afirman que se ampliarán las herramientas para el análisis de datos y la compatibilidad con más tipos de datos. [7]
La información de genes microbianos almacenada en MicrobesOnline incluye secuencias ( genes , transcritos y proteínas ), loci genómicos , anotaciones de genes y algunas estadísticas de secuencias. Se puede acceder a esta información a través de tres funciones que se muestran en la página de inicio de MicrobesOnline: búsqueda de secuencias y búsqueda avanzada en la sección de navegación superior, y el selector de genoma. Para la herramienta de búsqueda de secuencias, MicrobesOnline integra BLAT , FastHMM y FastBLAST [8] para buscar secuencias de proteínas y utiliza MEGABLAST para buscar secuencias de nucleótidos. [9] También proporciona un enlace a BLASTcomo una forma alternativa para buscar secuencias. Por otro lado, la herramienta de búsqueda avanzada permite al usuario buscar información genética por categorías, consulta personalizada, búsqueda con comodines y búsqueda específica de campo, que utiliza el nombre del gen, la descripción, el grupo de grupos ortólogos (COG) id , el término GO, el número de la comisión de enzimas KEGG (EC), etc. como palabras clave.
