El sistema Integrated Microbial Genomes ( IMG ) es una plataforma de anotación y exploración del genoma desarrollada por el Departamento de Energía de EE . UU . (DOE) - Joint Genome Institute . [2] [3]IMG contiene todos los genomas microbianos preliminares y completos secuenciados por DOE-JGI integrados con otros genomas disponibles públicamente (incluidos Archaea, Bacteria, Eukarya, Virus y Plásmidos). IMG proporciona a los usuarios un conjunto de herramientas para el análisis comparativo de genomas microbianos en tres dimensiones: genes, genomas y funciones. Los usuarios pueden seleccionarlos y transferirlos en los carros de análisis comparativo según una variedad de criterios. IMG también incluye una canalización de anotación del genoma que integra información de varias herramientas, incluidas KEGG , Pfam , InterPro y Gene Ontology , entre otras. Los usuarios también pueden escribir o cargar sus propias anotaciones genéticas (llamadas anotaciones genéticas MyIMG) y el sistema IMG les permitirá generarArchivos de formato Genbank o EMBL que contienen estas anotaciones.
Herramientas de análisis del genoma en IMG 2.9 | |
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Contenido | |
Descripción | Base de datos integrada de genomas microbianos y sistema de análisis comparativo. |
Contacto | |
Autores | Víctor M Markowitz |
Cita primaria | Markowitz y col. (2012) [1] |
Acceso | |
Sitio web | img |
En lanzamientos sucesivos, IMG se ha expandido para incluir varias herramientas específicas de dominio. El sistema Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG / M) es una extensión del sistema IMG que proporciona un contexto de análisis comparativo de datos metagenómicos reunidos con los genomas aislados disponibles públicamente. [4] [5] El sistema Integrated Microbial Genomes- Expert Review (IMG / ER) brinda apoyo a científicos individuales o grupos de científicos para la anotación funcional y la curación de sus genomas microbianos de interés. [2] Los usuarios pueden enviar sus genomas anotados (o solicitar que se aplique primero la canalización de anotaciones automatizadas IMG) en IMG-ER y proceder con la curación manual y el análisis comparativo en el sistema, a través de un acceso seguro (protegido con contraseña). El IMG-HMP se centra en el análisis de genomas relacionados con el Proyecto de Microbioma Humano (HMP) en el contexto de todos los genomas disponibles públicamente en IMG. [6] El sistema IMG-ABC es un sistema para el análisis del metabolismo secundario bacteriano y el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos específicos. [7] El sistema IMG-VR (con la versión actualizada IMG / VR v.2.0) es la base de datos más grande disponible públicamente para genomas y metagenomas virales. [8] [9]
Ver también
Referencias
- ^ Markowitz, Victor M; Chen I-Min A; Palaniappan Krishna; Chu Ken; Szeto Ernest; Grechkin Yuri; Ratner Anna; Jacob Biju; Huang Jinghua; Williams Peter; Huntemann Marcel; Anderson Iain; Mavromatis Konstantinos; Ivanova Natalia N; Kyrpides Nikos C (enero de 2012). "IMG: la base de datos de genomas microbianos integrados y el sistema de análisis comparativo" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 40 (1): D115-22. doi : 10.1093 / nar / gkr1044 . PMC 3245086 . PMID 22194640 .
- ^ a b Markowitz, VM; Chen, IMA; Palaniappan, K .; Chu, K .; Szeto, E .; Grechkin, Y .; Ratner, A .; Anderson, I .; Lykidis, A .; Mavromatis, K .; Ivanova, NN; Kyrpides, Carolina del Norte (2009). "El sistema integrado de genomas microbianos: un recurso de análisis comparativo en expansión" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D382 – D390. doi : 10.1093 / nar / gkp887 . PMC 2808961 . PMID 19864254 .
- ^ Hadjitomas, Michalis; Chen, I.-Min Amy; Chu, Ken; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernesto; Huang, Jinghua; Reddy, TBK; Cimermančič, Peter (14 de julio de 2015). "IMG-ABC: una base de conocimientos para impulsar el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos y nuevos metabolitos secundarios" . mBio . 6 (4): e00932. doi : 10.1128 / mBio.00932-15 . ISSN 2150-7511 . PMC 4502231 . PMID 26173699 .
- ^ Markowitz, VM; Chen, I. -MA; Chu, K .; Szeto, E .; Palaniappan, K .; Grechkin, Y .; Ratner, A .; Jacob, B .; Pati, A .; Huntemann, M .; Liolios, K .; Pagani, I .; Anderson, I .; Mavromatis, K .; Ivanova, NN; Kyrpides, Carolina del Norte (2011). "IMG / M: el sistema integrado de análisis comparativo y gestión de datos del metagenoma" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D123 – D129. doi : 10.1093 / nar / gkr975 . PMC 3245048 . PMID 22086953 .
- ^ Chen, I.-Min A .; Markowitz, Victor M .; Chu, Ken; Palaniappan, Krishna; Szeto, Ernesto; Pillay, Manoj; Ratner, Anna; Huang, Jinghua; Andersen, Evan (4 de enero de 2017). "IMG / M: sistema integrado de análisis de datos comparativos de genoma y metagenoma" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D507 – D516. doi : 10.1093 / nar / gkw929 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210632 . PMID 27738135 .
- ^ Markowitz, Victor M .; Chen, I.-Min A .; Chu, Ken; Szeto, Ernesto; Palaniappan, Krishna; Jacob, Biju; Ratner, Anna; Liolios, Konstantinos; Pagani, Ioanna (2012). "IMG / M-HMP: un sistema de análisis comparativo de metagenoma para el proyecto de microbioma humano" . PLOS One . 7 (7): e40151. Código Bibliográfico : 2012PLoSO ... 740151M . doi : 10.1371 / journal.pone.0040151 . ISSN 1932-6203 . PMC 3390314 . PMID 22792232 .
- ^ Hadjitomas, Michalis; Chen, I.-Min A .; Chu, Ken; Huang, Jinghua; Ratner, Anna; Palaniappan, Krishna; Andersen, Evan; Markowitz, Victor; Kyrpides, Nikos C. (4 de enero de 2017). "IMG-ABC: nuevas características para el análisis del metabolismo secundario bacteriano y el descubrimiento de grupos de genes biosintéticos específicos en miles de genomas microbianos" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D560 – D565. doi : 10.1093 / nar / gkw1103 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210574 . PMID 27903896 .
- ^ Paez-Espino, David; Chen, I.-Min A .; Palaniappan, Krishna; Ratner, Anna; Chu, Ken; Szeto, Ernesto; Pillay, Manoj; Huang, Jinghua; Markowitz, Victor M. (4 de enero de 2017). "IMG / VR: una base de datos de retrovirus y virus de ADN cultivados y no cultivados" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D457 – D465. doi : 10.1093 / nar / gkw1030 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210529 . PMID 27799466 .
- ^ Paez-Espino D, Roux S, Chen IA, Palaniappan K, Ratner A, Chu K, et al. (2019). "IMG / VR v.2.0: un sistema integrado de gestión y análisis de datos para genomas virales cultivados y ambientales" . Ácidos nucleicos Res . 47 : D678 – D686. doi : 10.1093 / nar / gky1127 . PMC 6323928 . PMID 30407573 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Página de inicio de IMG / M
- Microbios en línea
- Genomas microbianos NCBI
- Recurso microbiano integral TIGR
- La semilla