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La impronta genómica es un fenómeno epigenético que hace que los genes se expresen de una manera específica del padre de origen. [1] [2] [3] [4] [5] Sin embargo, los genes también se pueden imprimir parcialmente. La impronta parcial ocurre cuando los alelos de ambos padres se expresan de manera diferente en lugar de la expresión completa y la supresión completa del alelo de uno de los padres. [6] Se han demostrado formas de impronta genómica en hongos, plantas y animales. [7] [8] A partir de 2014, hay alrededor de 150 genes impresos conocidos en el ratón y aproximadamente la mitad en los seres humanos. [9]En 2019, se informaron 260 genes impresos en ratones y 228 en humanos. [10]

La impronta genómica es un proceso de herencia independiente de la herencia mendeliana clásica . Es un proceso epigenético que involucra la metilación del ADN y la metilación de histonas sin alterar la secuencia genética. Estas marcas epigenéticas se establecen ("imprimen") en la línea germinal (espermatozoides u óvulos) de los padres y se mantienen a través de divisiones de células mitóticas en las células somáticas de un organismo. [11]

La impronta apropiada de ciertos genes es importante para el desarrollo normal. Las enfermedades humanas que involucran impronta genómica incluyen el síndrome de Angelman , el síndrome de Prader-Willi y la infertilidad masculina . [12]

Resumen [ editar ]

En los organismos diploides (como los humanos), las células somáticas poseen dos copias del genoma , una heredada del padre y otra de la madre. Por tanto, cada gen autosómico está representado por dos copias, o alelos, con una copia heredada de cada padre en el momento de la fecundación . El alelo expresado depende de su origen paterno. Por ejemplo, el gen que codifica el factor de crecimiento similar a la insulina 2 (IGF2 / Igf2) solo se expresa a partir del alelo heredado del padre. Aunque la impronta representa una pequeña proporción de genes de mamíferos, estos juegan un papel importante en la embriogénesis, particularmente en la formación de estructuras viscerales y el sistema nervioso. [13]

El término "impronta" se utilizó por primera vez para describir eventos en el insecto Pseudococcus nipae . [14] En Pseudococcids ( cochinillas ) ( Hemiptera , Coccoidea ) tanto el macho como la hembra se desarrollan a partir de un óvulo fertilizado. En las mujeres, todos los cromosomas permanecen eucromáticos y funcionales. En los embriones destinados a convertirse en machos, un conjunto haploide de cromosomas se vuelve heterocromatinizado después de la sexta división de escisión y permanece así en la mayoría de los tejidos; los machos son, por tanto, funcionalmente haploides. [15] [16] [17]

Genes impresos en mamíferos [ editar ]

Que la impronta podría ser una característica del desarrollo de los mamíferos se sugirió en experimentos de reproducción en ratones portadores de translocaciones cromosómicas recíprocas . [18] Los experimentos de trasplante de núcleos en cigotos de ratón a principios de la década de 1980 confirmaron que el desarrollo normal requiere la contribución de los genomas materno y paterno. La gran mayoría de los embriones de ratón se derivan de la partenogénesis (denominados partenogénesis, con dos genomas maternos o de huevo) y androgénesis.(llamadas androgenonas, con dos genomas paternos o de esperma) mueren en o antes de la etapa de blastocisto / implantación. En los raros casos en que se desarrollan hasta las etapas posteriores al implante, los embriones ginogenéticos muestran un mejor desarrollo embrionario en relación con el desarrollo placentario, mientras que para las androgenonas ocurre lo contrario. Sin embargo, para este último, solo se han descrito unos pocos (en un artículo de 1984). [19] [20] [21]

No existen casos naturales de partenogénesis en mamíferos debido a genes impresos. Sin embargo, en 2004, la manipulación experimental por parte de investigadores japoneses de una huella de metilación paterna que controla el gen Igf2 condujo al nacimiento de un ratón (llamado Kaguya ) con dos juegos de cromosomas maternos, aunque no es una verdadera partenogenona, ya que las células de dos hembras diferentes se utilizaron ratones. Los investigadores pudieron tener éxito utilizando un óvulo de un padre inmaduro, reduciendo así la impronta materna y modificándola para expresar el gen Igf2, que normalmente solo se expresa por la copia paterna del gen.

Los embriones partenogenéticos / ginogenéticos tienen el doble del nivel de expresión normal de los genes derivados de la madre y carecen de expresión de los genes expresados ​​por el padre, mientras que lo contrario es cierto para los embriones androgenéticos. Ahora se sabe que hay al menos 80 genes impresos en humanos y ratones, muchos de los cuales están involucrados en el crecimiento y desarrollo embrionario y placentario. [11] [22] [23] [24] La descendencia híbrida de dos especies puede exhibir un crecimiento inusual debido a la nueva combinación de genes impresos. [25]

Se han utilizado varios métodos para identificar genes impresos. En porcinos, Bischoff et al. compararon perfiles transcripcionales utilizando microarrays de ADN para examinar genes expresados ​​diferencialmente entre partenotes (2 genomas maternos) y fetos de control (1 genoma materno, 1 paterno). [26] Un estudio intrigante que examinó el transcriptoma de tejidos cerebrales murinos reveló más de 1300 loci de genes impresos (aproximadamente 10 veces más de lo que se informó anteriormente) mediante secuenciación de ARN de híbridos F1 resultantes de cruces recíprocos. [27] Sin embargo, el resultado ha sido cuestionado por otros que afirmaron que se trata de una sobreestimación en un orden de magnitud debido a un análisis estadístico defectuoso. [28][29]

En el ganado domesticado, se ha demostrado que los polimorfismos de un solo nucleótido en los genes impresos que influyen en el crecimiento y desarrollo fetal están asociados con características de producción económicamente importantes en el ganado vacuno, ovino y porcino. [30] [31]

Mapeo genético de genes impresos [ editar ]

Al mismo tiempo que la generación de los embriones ginogenéticos y androgenéticos discutidos anteriormente, también se estaban generando embriones de ratón que contenían solo pequeñas regiones derivadas de una fuente paterna o materna. [32] [33] La generación de una serie de tales disomías uniparentales , que juntas abarcan todo el genoma, permitió la creación de un mapa de impronta. [34] Aquellas regiones que cuando se heredan de un solo progenitor dan como resultado un fenotipo discernible contienen genes impresos. Investigaciones posteriores mostraron que dentro de estas regiones a menudo había numerosos genes impresos. [35]Alrededor del 80% de los genes impresos se encuentran en grupos como estos, llamados dominios impresos, lo que sugiere un nivel de control coordinado. [36] Más recientemente, las pantallas de todo el genoma para identificar genes impresos han utilizado la expresión diferencial de ARNm de fetos de control y fetos partenogenéticos o androgenéticos hibridados con microarrays de perfiles de expresión génica , [37] expresión génica específica de alelos utilizando microarrays de genotipado de SNP , [38] ] secuenciación del transcriptoma, [39] y canalizaciones de predicción in silico. [40]

Mecanismos de impresión [ editar ]

La impresión es un proceso dinámico. Debe ser posible borrar y restablecer las huellas a través de cada generación para que los genes que están impresos en un adulto aún puedan expresarse en la descendencia de ese adulto. (Por ejemplo, los genes maternos que controlan la producción de insulina se imprimirán en un macho pero se expresarán en cualquiera de la descendencia del macho que herede estos genes). Por lo tanto, la naturaleza de la impronta debe ser epigenética más que dependiente de la secuencia de ADN. En las células de la línea germinal , la impronta se borra y luego se restablece según el sexo del individuo, es decir, en el espermatozoide en desarrollo (durante la espermatogénesis ), se establece una impronta paterna, mientras que en los ovocitos en desarrollo ( ovogénesis)), se establece una impronta materna. Este proceso de borrado y reprogramación [41] es necesario para que el estado de la impronta de las células germinales sea relevante para el sexo del individuo. Tanto en plantas como en mamíferos hay dos mecanismos principales que intervienen en el establecimiento de la impronta; estos son la metilación del ADN y las modificaciones de histonas .

Recientemente, un nuevo estudio [42] ha sugerido un mecanismo de impronta hereditario novedoso en humanos que sería específico del tejido placentario y que es independiente de la metilación del ADN (el mecanismo principal y clásico de la impronta genómica). Esto se observó en humanos, pero no en ratones, lo que sugiere un desarrollo después de la divergencia evolutiva de humanos y ratones, ~ 80 millones de años . Entre las explicaciones hipotéticas para este fenómeno novedoso, se han propuesto dos posibles mecanismos: una modificación de la histona que confiere impronta en nuevos loci impresos específicos de la placenta o, alternativamente, un reclutamiento de DNMT a estos loci por un factor de transcripción específico y desconocido. que se expresaría durante la diferenciación temprana del trofoblasto.

Reglamento [ editar ]

La agrupación de genes impresos dentro de grupos les permite compartir elementos reguladores comunes, como ARN no codificantes y regiones metiladas diferencialmente (DMR) . Cuando estos elementos reguladores controlan la impronta de uno o más genes, se conocen como regiones de control de impronta (ICR). Se ha demostrado que la expresión de ARN no codificantes , como el ARN antisentido de Igf2r ( Air ) en el cromosoma 17 de ratón y KCNQ1OT1 en el cromosoma humano 11p15.5, es esencial para la impronta de genes en sus regiones correspondientes. [43]

Las regiones diferencialmente metiladas son generalmente segmentos de ADN ricos en nucleótidos de citosina y guanina , con los nucleótidos de citosina metilados en una copia pero no en la otra. Contrariamente a lo esperado, la metilación no significa necesariamente silenciar; en cambio, el efecto de la metilación depende del estado predeterminado de la región. [44]

Funciones de los genes impresos [ editar ]

El control de la expresión de genes específicos mediante la impronta genómica es exclusivo de los mamíferos terianos ( mamíferos placentarios y marsupiales ) y plantas con flores. Se ha informado sobre la impronta de cromosomas completos en las cochinillas (Género: Pseudococcus ). [14] [15] [16] [17] y un mosquito del hongo ( Sciara ). [45] También se ha establecido que la inactivación del cromosoma X se produce de forma impresa en los tejidos extraembrionarios de los ratones y en todos los tejidos de los marsupiales, donde siempre es el cromosoma X paterno el que está silenciado. [36] [46]

Se ha descubierto que la mayoría de los genes impresos en mamíferos tienen funciones en el control del crecimiento y desarrollo embrionario, incluido el desarrollo de la placenta. [22] [47] Otros genes impresos están involucrados en el desarrollo posnatal, con funciones que afectan la lactancia y el metabolismo. [47] [48]

Hipótesis sobre los orígenes de la impronta [ editar ]

Una hipótesis ampliamente aceptada para la evolución de la impronta genómica es la "hipótesis del conflicto parental". [49] También conocida como la teoría del parentesco de la impronta genómica, esta hipótesis establece que la desigualdad entre los genomas parentales debido a la impronta es el resultado de los diferentes intereses de cada padre en términos de la aptitud evolutiva de sus genes . [50] [51] Los genes del padre que codifican para la impronta adquieren una mayor aptitud a través del éxito de la descendencia, a expensas de la madre.. El imperativo evolutivo de la madre es a menudo conservar los recursos para su propia supervivencia al tiempo que proporciona suficiente alimento a las camadas actuales y posteriores. En consecuencia, los genes expresados ​​por el padre tienden a promover el crecimiento, mientras que los genes expresados ​​por la madre tienden a limitar el crecimiento. [49] En apoyo de esta hipótesis, se ha encontrado impronta genómica en todos los mamíferos placentarios, donde el consumo de recursos de la descendencia después de la fertilización a expensas de la madre es alto; aunque también se ha encontrado en aves ovíparas [52] [53]donde hay relativamente poca transferencia de recursos después de la fertilización y, por lo tanto, menos conflicto entre los padres. Un pequeño número de genes impresos evolucionan rápidamente bajo la selección darwiniana positiva, posiblemente debido a la coevolución antagónica. [54] La mayoría de los genes impresos muestran altos niveles de conservación de microsintentia y han sufrido muy pocas duplicaciones en los linajes de mamíferos placentarios. [54]

Sin embargo, nuestra comprensión de los mecanismos moleculares detrás de la impronta genómica muestra que es el genoma materno el que controla gran parte de la impronta tanto de los genes propios como de los derivados paternos en el cigoto, lo que dificulta explicar por qué los genes maternos renunciarían voluntariamente su dominio sobre el de los genes de origen paterno a la luz de la hipótesis del conflicto. [55]

Otra hipótesis propuesta es que algunos genes impresos actúan de manera coadaptativa para mejorar tanto el desarrollo fetal como la provisión materna para la nutrición y el cuidado. [9] [55] [56] En él, un subconjunto de genes expresados ​​paternamente se coexpresan tanto en la placenta como en el hipotálamo de la madre. Esto se lograría mediante la presión selectiva de la coadaptación entre padres e hijos para mejorar la supervivencia infantil. El 3 expresado paternalmente ( PEG3 ) es un gen para el que puede aplicarse esta hipótesis. [9]

Otros han abordado su estudio de los orígenes de la impronta genómica desde un lado diferente, argumentando que la selección natural está operando en el papel de las marcas epigenéticas como maquinaria para el reconocimiento de cromosomas homólogos durante la meiosis, más que en su papel en la expresión diferencial. [57] Este argumento se centra en la existencia de efectos epigenéticos en los cromosomas que no afectan directamente la expresión génica, pero que dependen de qué padre se originó el cromosoma. [58]Este grupo de cambios epigenéticos que dependen del padre de origen del cromosoma (incluidos los que afectan la expresión génica y los que no) se denominan efectos de origen parental e incluyen fenómenos como la inactivación del X paterno en los marsupiales, la distribución no aleatoria de cromátidas parentales en los helechos, e incluso el cambio de tipo de apareamiento en levadura. [58] Esta diversidad en organismos que muestran efectos de origen parental ha llevado a los teóricos a colocar el origen evolutivo de la impronta genómica antes del último ancestro común de plantas y animales, hace más de mil millones de años. [57]

La selección natural para la impronta genómica requiere variación genética en una población. Una hipótesis sobre el origen de esta variación genética establece que el sistema de defensa del huésped encargado de silenciar elementos extraños del ADN, como los genes de origen viral, silenció por error genes cuyo silenciamiento resultó ser beneficioso para el organismo. [59] Parece haber una sobrerrepresentación de genes retrotranspuestos , es decir, genes que se insertan en el genoma por virus , entre los genes impresos. También se ha postulado que si el gen retrotranspuesto se inserta cerca de otro gen impreso, puede adquirir esta impronta. [60]

Firmas fenotípicas de loci impresas [ editar ]

Desafortunadamente, la relación entre el fenotipo y el genotipo de los genes impresos es únicamente conceptual. La idea se basa en el marco de dos alelos en un solo loci y alberga tres posibles clases diferentes de genotipos. [61] La clase de genotipo heterocigótico recíproco contribuye a comprender cómo la impronta afectará la relación entre el genotipo y el fenotipo. Los heterocigotos recíprocos tienen un equivalente genético, pero no son fenotípicamente equivalentes. [62] Su fenotipo puede no depender de la equivalencia del genotipo. En última instancia, esto puede aumentar la diversidad en las clases genéticas, expandiendo la flexibilidad de los genes impresos. [63] Este aumento también obligará a un mayor grado en las capacidades de prueba y una variedad de pruebas para determinar la presencia de impresión.

Cuando un locus se identifica como impreso, dos clases diferentes expresan alelos diferentes. [61] Se cree que los genes impresos heredados de la descendencia son expresiones monoalélicas. Un solo locus producirá por completo el fenotipo de uno, aunque se hereden dos alelos. Esta clase de genotipo se llama impronta parental, así como impronta dominante. [64] Los patrones fenotípicos son variantes de las posibles expresiones de los genotipos maternos y paternos. Los diferentes alelos heredados de diferentes padres albergarán diferentes cualidades fenotípicas. Un alelo tendrá un valor fenotípico mayor y el otro alelo será silenciado. [61]El subdominio del locus es otra posibilidad de expresión fenotípica. Tanto el fenotipo materno como el paterno tendrán un valor pequeño en lugar de que uno albergue un valor grande y silencie al otro.

Se utilizan marcos estadísticos y modelos de mapeo para identificar efectos de impronta en genes y rasgos complejos. El padre de origen alélico influye en la variación del fenotipo que se deriva de la impronta de las clases de genotipos. [61] Estos modelos de mapeo e identificación de efectos de impresión incluyen el uso de genotipos desordenados para construir modelos de mapeo. [63] Estos modelos mostrarán la genética cuantitativa clásica y los efectos del dominio de los genes impresos.

Trastornos asociados con la impronta [ editar ]

La impresión puede causar problemas en la clonación , ya que los clones tienen ADN que no está metilado en las posiciones correctas. Es posible que esto se deba a la falta de tiempo para que la reprogramación se realice por completo. Cuando se agrega un núcleo a un óvulo durante la transferencia nuclear de células somáticas , el óvulo comienza a dividirse en minutos, en comparación con los días o meses que demora la reprogramación durante el desarrollo embrionario . Si el factor responsable es el tiempo, puede ser posible retrasar la división celular en los clones, dando tiempo para que se produzca una reprogramación adecuada. [ cita requerida ]

Un alelo del gen "callipyge" (del griego para "nalgas hermosas"), o CLPG, en las ovejas produce nalgas grandes que consisten en músculos con muy poca grasa. El fenotipo de nalgas grandes solo ocurre cuando el alelo está presente en la copia del cromosoma 18 heredado del padre de una oveja y no está en la copia del cromosoma 18 heredado de la madre de esa oveja. [sesenta y cinco]

La fertilización in vitro , incluida la ICSI , se asocia con un mayor riesgo de trastornos de la impronta, con una razón de probabilidades de 3,7 ( intervalo de confianza del 95%: 1,4 a 9,7). [66]

Infertilidad masculina [ editar ]

Se han observado desregulaciones epigenéticas en el gen impreso H19 en los espermatozoides asociadas con la infertilidad masculina . [67] De hecho, se ha observado pérdida de metilación en el gen impreso H19 asociada con la hipermetilación del promotor del gen MTHFR en muestras de semen de varones infértiles . [68]

Prader-Willi / Angelman [ editar ]

Los primeros trastornos genéticos impresos que se describieron en humanos fueron el síndrome de Prader-Willi de herencia recíproca y el síndrome de Angelman . Ambos síndromes están asociados con la pérdida de la región cromosómica 15q11-13 (banda 11 del brazo largo del cromosoma 15). Esta región contiene los genes SNRPN y NDN expresados ​​por el padre y el gen UBE3A expresado por la madre .

  • La herencia paterna de una deleción de esta región se asocia con el síndrome de Prader-Willi (caracterizado por hipotonía , obesidad e hipogonadismo ).
  • La herencia materna de la misma deleción se asocia con el síndrome de Angelman (caracterizado por epilepsia , temblores y una expresión facial de sonrisa perpetua).

DIRAS3 (NOEY2 o ARH1) [ editar ]

DIRAS3 es un gen de expresión paterna y con impronta materna ubicado en el cromosoma 1 en humanos. La expresión reducida de DIRAS3 está relacionada con un mayor riesgo de cáncer de ovario y de mama; en el 41% de los cánceres de mama y ovario, la proteína codificada por DIRAS3 no se expresa, lo que sugiere que funciona como un gen supresor de tumores . [69] Por lo tanto, si se produce una disomía uniparental y una persona hereda ambos cromosomas de la madre, el gen no se expresará y la persona correrá un mayor riesgo de cáncer de mama y de ovario.

Otro [ editar ]

Otras afecciones que involucran la impronta incluyen el síndrome de Beckwith-Wiedemann , el síndrome de Silver-Russell y el pseudohipoparatiroidismo . [70]

La diabetes mellitus neonatal transitoria también puede implicar improntas. [71]

La " hipótesis del cerebro impreso " sostiene que la impronta desequilibrada puede ser una causa de autismo y psicosis .

Genes impresos en otros animales [ editar ]

En los insectos, la impronta afecta a cromosomas completos. En algunos insectos, todo el genoma paterno está silenciado en la descendencia masculina y, por lo tanto, está involucrado en la determinación del sexo. La impronta produce efectos similares a los mecanismos en otros insectos que eliminan los cromosomas heredados paternamente en la descendencia masculina, incluido el arrhenotoky . [72]

En las especies placentarias, el conflicto entre padres e hijos puede resultar en la evolución de estrategias, como la impronta genómica, para que los embriones subviertan el suministro de nutrientes maternos. A pesar de varios intentos de encontrarlo, no se ha encontrado impronta genómica en ornitorrincos, reptiles, aves o peces. La ausencia de impronta genómica en un reptil placentario, la Pseudemoia entrecasteauxii , es interesante ya que se pensaba que la impronta genómica estaba asociada con la evolución de la viviparidad y el transporte de nutrientes placentario. [73]

Los estudios en ganado doméstico, como el ganado lechero y de carne, han implicado genes impresos (por ejemplo, IGF2) en una variedad de características económicas, [74] [75] [30] incluido el rendimiento lechero en el ganado Holstein-Friesian. [76]

Genes impresos en plantas [ editar ]

También se ha descrito un fenómeno de impresión similar en plantas con flores (angiospermas). [77] Durante la fertilización del óvulo, un segundo evento de fertilización separado da lugar al endospermo , una estructura extraembrionaria que nutre al embrión de una manera análoga a la placenta de los mamíferos . A diferencia del embrión, el endospermo a menudo se forma a partir de la fusión de dos células maternas con un gameto masculino . Esto da como resultado un genoma triploide . La proporción 2: 1 de genomas maternos y paternos parece ser fundamental para el desarrollo de semillas. Se encuentra que algunos genes se expresan a partir de ambos genomas maternos, mientras que otros se expresan exclusivamente a partir de la única copia paterna. [78]Se ha sugerido que estos genes impresos son responsables del efecto de bloqueo triploide en plantas con flores que previene la hibridación entre diploides y autotetraploides. [79]

Ver también [ editar ]

  • Marcadores
  • Impresión metabólica

Referencias [ editar ]

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Enlaces externos [ editar ]

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  • Impresión genómica + en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  • Mapa de impresión del ratón Harwell