Heng Li
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Heng Li
Conocido porLa bioinformática
Burrows-Wheeler transforma
Samtools
TreeFam
PremiosPremio Benjamin Franklin (Bioinformática) (2012) [1]
Carrera científica
InstitucionesWellcome Trust Sanger Institute Instituto
Broad Instituto de
Genómica de Beijing
TesisConstruyendo la base de datos TreeFam  (2006)
Asesor de doctoradoWei-Mou Zheng [2]
Sitio webhlilab .github .io

Heng Li es un científico chino en bioinformática . Es profesor asistente en el departamento de Informática Biomédica de la Facultad de Medicina de Harvard y en el departamento de Bioestadística y Biología Computacional del Dana-Farber Cancer Institute. [3] [4] [5] Anteriormente fue un científico investigador que trabajaba en el Broad Institute en Cambridge, Massachusetts con David Reich y David Altshuler . [6] El trabajo de Li ha hecho varias contribuciones importantes en el campo de la secuenciación de próxima generación .

Educación

Li se especializó en física en la Universidad de Nanjing durante 1997–2001. [7] Recibió su doctorado en el Instituto de Física Teórica de la Academia de Ciencias de China en 2006. Su tesis, titulada "Construcción de la base de datos TreeFam ", fue supervisada por Wei-Mou Zheng. [2]

Investigar

Li participó en varios proyectos mientras trabajaba en el Instituto de Genómica de Beijing de 2002 a 2006. Estos incluyeron el estudio del acabado del arroz, [8] la secuenciación del gusano de seda [9] y la variación genética en pollos. [10]

De 2006 a 2009, Li trabajó en una beca de investigación postdoctoral con Richard M. Durbin en el Wellcome Trust Sanger Institute . [11] Durante este tiempo, Li hizo varias contribuciones importantes al campo de la secuenciación de próxima generación (NGS) a través del desarrollo de software como las utilidades SAMtools NGS, [12] el alineador Burrows-Wheeler (BWA), [13] MAQ , [14] TreeSoft y TreeFam. [15]

Li se unió al Broad Institute en 2009, trabajando en el laboratorio principal de la facultad de David Altshuler , [11] [16] que investiga el descubrimiento y la comprensión de las causas genéticas de las enfermedades.

A diciembre de 2018, los artículos de Li sobre SAMtools [12] y BWA [13] (alineación de secuencia utilizando la transformada de Burrows-Wheeler ) se han citado más de 16.000 veces. [17]

Premios

En 2012, Li ganó el premio Benjamin Franklin [1] en bioinformática . Li se convirtió en el cuarto ex miembro del laboratorio de Richard Durbin en ganar el premio, después de Sean Eddy , Ewan Birney y Alex Bateman . [18]

Personal

Li vive en Boston con su esposa e hija. [6]

Referencias

  1. ^ a b "Heng Li de Broad gana el premio Benjamin Franklin 2012 - Bio-IT World" . Archivado desde el original el 14 de marzo de 2012.
  2. ↑ a b Li, Heng (2006). Construcción de la base de datos TreeFam (PDF) (tesis doctoral). Academia china de ciencias.
  3. ^ "Heng Li | Departamento de informática biomédica" . dbmi.hms.harvard.edu . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  4. ^ Erica. "El célebre biólogo computacional Heng Li se une a la facultad" . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  5. ^ "Laboratorio de HLi - Inicio" . hlilab.github.io . Consultado el 30 de octubre de 2018 .
  6. ^ a b "Página de inicio de Heng Li" . Archivado desde el original el 14 de marzo de 2012.
  7. ^ https://www.linkedin.com/in/lh3lh3
  8. ^ Yu, junio; et al. (2005). "Los genomas de Oryza sativa: una historia de duplicaciones" . PLOS Biología . 3 (2): e38. doi : 10.1371 / journal.pbio.0030038 . PMC 546038 . PMID 15685292 .  
  9. ^ Xia, Q; et al. (10 de diciembre de 2004). "Un borrador de secuencia para el genoma del gusano de seda domesticado (Bombyx mori)". Ciencia . 306 (5703): 1937–40. Código bibliográfico : 2004Sci ... 306.1937X . doi : 10.1126 / science.1102210 . PMID 15591204 . S2CID 7227719 .  
  10. ^ Ka-Shu Wong, Gane; et al. (9 de diciembre de 2004). "Un mapa de variación genética de pollo con 2,8 millones de polimorfismos de un solo nucleótido" . Naturaleza . 432 (7018): 717–722. Código Bib : 2004Natur.432..717B . doi : 10.1038 / nature03156 . PMC 2263125 . PMID 15592405 .  
  11. ^ a b "ResearcherID: Heng Li" . researchid.com . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  12. ^ a b Li, H .; Handsaker, B .; Wysoker, A .; Fennell, T .; Ruan, J .; Homer, N .; Marth, G .; Abecasis, G .; Durbin, R .; Subgrupo de procesamiento de datos del proyecto 1000 Genome (2009). "El formato Sequence Alignment / Map y SAMtools" . Bioinformática . 25 (16): 2078–2079. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp352 . PMC 2723002 . PMID 19505943 .  
  13. ^ a b Li, H .; Durbin, R. (2009). "Alineación de lectura corta rápida y precisa con la transformación de Burrows-Wheeler" . Bioinformática . 25 (14): 1754-1760. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp324 . PMC 2705234 . PMID 19451168 .  
  14. ^ Li, H .; Ruan, J .; Durbin, R. (2008). "Mapeo de lecturas de secuenciación de ADN cortas y variantes de llamada utilizando puntuaciones de calidad de mapeo" . Investigación del genoma . 18 (11): 1851–1858. doi : 10.1101 / gr.078212.108 . PMC 2577856 . PMID 18714091 .  
  15. ^ Li, H .; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L .; Li, R .; Liu, T .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, GK; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Durbin, R. (2006). "TreeFam: una base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): D572 – D580. doi : 10.1093 / nar / gkj118 . PMC 1347480 . PMID 16381935 .  
  16. ^ "Miembros actuales del laboratorio - Laboratorio de Altshuler" . broadinstitute.org . 2010-05-25 . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
  17. ^ "Heng Li - Citas de Google Académico" . scholar.google.co.uk . Consultado el 16 de abril de 2015 .
  18. ^ "Heng Li acredita el pedigrí de Durbin al aceptar el premio Franklin" . bio-itworld.com . Consultado el 11 de septiembre de 2014 .
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