TreeFam (base de datos de familias de árboles) es una base de datos de árboles filogenéticos de genes animales . Su objetivo es desarrollar un recurso curado que brinde información confiable sobre las asignaciones de ortólogos y parálogos , y la historia evolutiva de varias familias de genes . [1] [2]
Contenido | |
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Descripción | base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales. |
Contacto | |
Centro de Investigación | Wellcome Trust Sanger Institute |
Autores | Fabián Schreiber |
Cita primaria | Ruan J & al. (2006) [1] |
Acceso | |
Sitio web | http://www.treefam.org |
TreeFam define una familia de genes como un grupo de genes que evolucionaron después de la especiación de animales con un solo metazoo . También intenta incluir genes externos como la levadura ( S. cerevisiae y S. pombe ) y la planta ( A. thaliana ) para revelar estos miembros distantes.
TreeFam es también una base de datos de ortólogos . A diferencia de otros basados en alineación por pares, TreeFam infiere ortólogos por medio de árboles genéticos. Encaja un árbol genético en el árbol de especies universal y encuentra duplicaciones históricas, especiaciones y eventos de pérdidas. TreeFam utiliza esta información para evaluar la construcción de árboles, guiar la curación manual e inferir relaciones complejas de ortólogos y parálogos .
Los elementos básicos de TreeFam son familias de genes que se pueden dividir en dos partes: las familias TreeFam-A y TreeFam-B. Las familias TreeFam-B se crean automáticamente. Pueden contener errores dadas filogenias complejas . Familias TreeFam-A son manualmente curada de los TreeFam-B. Los apellidos y los nombres de los nodos se asignan al mismo tiempo. El objetivo final de TreeFam es presentar un recurso seleccionado para todas las familias.
TreeFam se está ejecutando como un proyecto en el Wellcome Trust Sanger Institute , y su software se encuentra en Sourceforge como "TreeSoft".
Ver también
Referencias
- ^ a b Ruan, J .; Li, H .; Chen, Z .; Coghlan, A .; Moneda, LJM; Guo, Y .; Hériché, J. -K .; Hu, Y .; Kristiansen, K .; Li, R .; Liu, T .; Moisés, A .; Qin, J .; Vang, S .; Vilella, AJ; Ureta-Vidal, A .; Bolund, L .; Wang, J .; Durbin, R. (2007). "TreeFam: actualización de 2008" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D735 – D740. doi : 10.1093 / nar / gkm1005 . PMC 2238856 . PMID 18056084 .
- ^ Li, H .; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L .; Li, R .; Liu, T .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, GK; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Durbin, R. (2006). "TreeFam: una base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): D572 – D580. doi : 10.1093 / nar / gkj118 . PMC 1347480 . PMID 16381935 .
enlaces externos
- Sitio web de TreeFam
- TreeSoft