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La base de datos de referencia de proteínas humanas ( HPRD ) es una base de datos de proteínas accesible a través de Internet . [1]

Resumen [ editar ]

El HPRD es el resultado de un esfuerzo de colaboración internacional entre el Instituto de Bioinformática en Bangalore, India y el laboratorio Pandey de la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, EE. UU. HPRD contiene información científica curada manualmente relacionada con la biología de la mayoría de las proteínas humanas. La información sobre proteínas implicadas en enfermedades humanas está anotada y vinculada a la base de datos de herencia mendeliana en línea en el hombre (OMIM). El Centro Nacional de Información Biotecnológica proporciona un enlace a HPRD a través de sus bases de datos de proteínas humanas (por ejemplo, Entrez Gene, proteína RefSeq perteneciente a genes y proteínas.

Este recurso muestra información sobre las funciones de las proteínas humanas, incluidas las interacciones proteína-proteína , modificaciones postraduccionales , relaciones enzima-sustrato y asociaciones de enfermedades. La información de anotación de proteínas que se cataloga se obtuvo mediante la curación manual utilizando literatura publicada por biólogos expertos y mediante análisis bioinformáticos de la secuencia de proteínas. La interacción proteína-proteína y los datos de localización subcelular de HPRD se han utilizado para desarrollar una red de interacción de proteínas humanas. [2]

Aspectos destacados de HPRD de la siguiente manera:

  • De 10.000 interacciones proteína-proteína (PPI) anotadas para 3.000 proteínas en 2003, HPRD ha crecido a más de 36.500 PPI únicos anotados para 25.000 proteínas, incluidas 6.360 isoformas a finales de 2007. [3]
  • Más del 50% de las moléculas anotadas en HPRD tienen al menos un PPI y el 10% tienen más de 10 PPI.
  • Los experimentos para PPI se agrupan ampliamente en tres categorías, a saber, in vitro, in vivo y dos híbridos de levadura (Y2H). El sesenta por ciento de los PPI anotados en HPRD están respaldados por un solo experimento, mientras que se encuentra que el 26% de ellos tienen dos de los tres métodos experimentales anotados.
  • HPRD contiene 18.000 datos de PTM seleccionados manualmente que pertenecen a 26 tipos diferentes. La fosforilación es el tipo principal de modificación de proteína que contribuye al 63% de los datos de PTM anotados en HPRD. Los eventos de glicosilación , escisión proteolítica y puente disulfuro son los siguientes contribuyentes principales de los datos de PTM.
  • Los datos de HPRD están disponibles para su descarga en formatos de archivo XML y delimitados por tabulaciones . [4]

HPRD también integra datos de Human Proteinpedia , un portal comunitario para integrar datos de proteínas humanas. Los usuarios académicos pueden acceder y utilizar libremente los datos de HPRD, mientras que las entidades comerciales deben obtener una licencia de uso. El contenido de Human Proteinpedia [5] está disponible gratuitamente para que cualquiera pueda descargarlo y usarlo.

Buscador de PhosphoMotif [ editar ]

PhosphoMotif Finder [6] contiene un sustrato de quinasa / fosfatasa conocido, así como motivos de unión seleccionados de la literatura publicada. Informa la PRESENCIA de cualquier motivo derivado de la literatura en la secuencia de consulta. PhosphoMotif Finder NO PREDICE ningún motivo en la secuencia de la proteína de consulta utilizando ningún algoritmo u otras estrategias computacionales.

Comparación de datos de proteínas [ editar ]

Existen otras bases de datos que se ocupan del proteoma humano (por ejemplo, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase y Reactome). Cada base de datos tiene su propio estilo de presentación de datos. Es una tarea difícil para la mayoría de los investigadores comparar los voluminosos datos de estas bases de datos para determinar los puntos fuertes y débiles de cada base de datos. Mathivanan y sus colegas [7] intentaron abordar este problema mientras analizaban los datos de proteínas haciendo varias preguntas. Este análisis ayudará a los biólogos a elegir entre estas bases de datos en función de sus necesidades.

Referencias [ editar ]

  1. ^ Peri S, et al. (2003). "Desarrollo de una base de datos de referencia de proteínas humanas como plataforma inicial para abordar la biología de sistemas en humanos" . Investigación del genoma . 13 (10): 2363–71. doi : 10.1101 / gr.1680803 . PMC  403728 . PMID  14525934 .
  2. ^ Gandhi TKB; et al. (Marzo de 2006). "Análisis del interactoma de proteínas humanas y comparación con conjuntos de datos de interacción de levaduras, gusanos y moscas". Genética de la naturaleza . 38 (3): 285-293. doi : 10.1038 / ng1747 . PMID 16501559 . S2CID 1446423 .  
  3. ^ Mathivanan S .; et al. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformática . 2006 (7): S19. doi : 10.1186 / 1471-2105-7-s5-s19 . PMC 1764475 . PMID 17254303 .  
  4. ^ Mishra G .; et al. (2006). "Base de datos de referencia de proteínas humanas — actualización de 2006" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de la base de datos): 411–414. doi : 10.1093 / nar / gkj141 . PMC 1347503 . PMID 16381900 .  
  5. ^ Mathivanan S .; et al. (2008). "Human Proteinpedia permite compartir datos de proteínas humanas" (PDF) . Biotecnología de la naturaleza . 26 (2): 164-167. doi : 10.1038 / nbt0208-164 . hdl : 10261/60528 . PMID 18259167 . S2CID 205265347 .   
  6. ^ Amanchy R .; et al. (2007). "Un compendio de sustrato basado en fosforilación curado y motivos de unión". Biotecnología de la naturaleza . 2007 (25): 285–286. doi : 10.1038 / nbt0307-285 . PMID 17344875 . S2CID 38824337 .  
  7. ^ Mathivanan S, Periaswamy B, Gandhi TK, et al. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformática . 7 Suppl 5: S19. doi : 10.1186 / 1471-2105-7-S5-S19 . PMC 1764475 . PMID 17254303 .  

Enlaces externos [ editar ]

  • http://www.humanproteinpedia.org
  • http://www.hprd.org