El Proyecto del Proteoma Humano [1] ( HPP ) es un esfuerzo colaborativo coordinado por la Organización del Proteoma Humano . [2] Su objetivo declarado es observar experimentalmente todas las proteínas producidas por las secuencias traducidas del genoma humano .
Contenido | |
---|---|
Descripción | Caracterización del proteoma completo |
Tipos de datos capturados | secuencia de proteínas, fosforilación, acetilación, glicosilación |
Organismos | Homo sapiens |
Contacto | |
Centro de Investigación | Organización del proteoma humano |
Laboratorio | varios |
Cita primaria | PMID 22398612 |
Acceso | |
Sitio web | www www |
URL del servicio web | SiguienteProt REST |
Historia
La Organización del Proteoma Humano ha servido como organismo coordinador para muchos proyectos de investigación proteómica de larga duración asociados con tejidos humanos específicos de interés clínico, como plasma sanguíneo , [3] hígado , [4] cerebro [5] y orina . [6] También ha sido responsable de proyectos asociados con tecnología específica [7] y estándares [8] necesarios para el estudio a gran escala de proteínas.
La estructura y los objetivos de un proyecto más amplio que sería paralelo al Proyecto Genoma Humano se han debatido en la literatura científica. [9] [10] [11] [12] [13] El resultado de este debate y una serie de reuniones en los Congresos Mundiales de la Organización del Proteoma Humano en 2009, 2010 y 2011 ha sido la decisión de definir el Proyecto Proteoma Humano. al estar compuesto por dos subproyectos, C-HPP y B / D-HPP. [14] El C-HPP se organizará en 25 grupos, uno por cromosoma humano. El B / D-HPP se organizará en grupos según la relevancia biológica y patológica de las proteínas. [15]
Proyectos y grupos
El conjunto actual de grupos de trabajo se enumeran a continuación, en orden del cromosoma que se estudiará.
Cromosoma | Lider de grupo | Afiliación nacional |
---|---|---|
1 | Ping Xu | porcelana |
2 | Lydie Lane | Suiza |
3 | Takeshi Kawamura | Japón |
4 | Yu Ju Chen | Taiwán |
5 | Peter Horvatovich | Países Bajos |
6 | Christoph Borchers | Canadá |
7 | Edward Nice | Australia, Nueva Zelanda |
8 | Pengyuan Yang | porcelana |
9 | Je-Yoel Cho | Seúl, Corea |
10 | Joshua Labaer | EE.UU |
11 | Jong Shin Yoo | Corea |
12 | Ravi Sirdeshmukh | India, Singapur, Taiwán, Tailandia |
13 | Joven Ki Paik | Corea |
14 | Charles Pineau | Francia |
15 | Gilberto B Domont | Brasil |
dieciséis | Fernando Corrales | España |
17 | Gilbert S. Omenn | EE.UU |
18 | Alex Archakov | Rusia |
19 | György Marko-Varga | Suecia |
20 | Siqiu Liu | porcelana |
21 | Albert Sickmann | Alemania |
22 | Akhilesh Pandey | EE.UU |
X | Yasushi Ishihama | Japón |
Y | Ghasem Hosseini Salekdeh | Iran |
MONTE | Andrea Urbani | Italia |
Recursos computacionales
Eric Deutsch, del Instituto de Biología de Sistemas, Seattle, EE. UU. ( PeptideAtlas ) , proporciona la reducción, el análisis y la validación de datos de los resultados de proteómica basados en EM / EM . El manejo de datos asociado con los métodos de anticuerpos está siendo coordinado por Kalle von Feilitzen, Estocolmo, Suecia ( Atlas de proteínas humanas ). La integración general y la informática de informes son responsabilidad de Lydie Lane en SIB, Ginebra, Suiza ( NeXtProt ). Todos los datos generados como parte de las contribuciones de HPP se depositan en uno de los repositorios de ProteomeXchange .
Estado actual
Las actualizaciones sobre el Proyecto del Proteoma Humano se publican periódicamente, por ejemplo, en el Journal of Proteome Research (2014). [16] Se han publicado métricas para el nivel de confianza asociado con las observaciones de proteínas [17] como ha sido un "MissingProteinPedia". [18] [19]
Según una comparación de nueve portales de anotaciones principales, se obtuvo una extensión de los recuentos de proteínas humanas de 21.819 a 18.891 (a partir de 2017). [20]
Ver también
- BioPlex
- Atlas de proteínas humanas : bases de datos de proteínas
- NeXtProt
- PéptidoAtlas
Referencias
- ^ Legrain, P. et al. El proyecto del proteoma humano: estado actual y dirección futura. Proteómica de células mol. 10: M111.009993 (2011).
- ^ 1er Congreso Mundial de HUPO (Organización del Proteoma Humano). Proteómica de células mol. 9: 651 - 752 (2002).
- ^ Omenn, GS y col. Descripción general del proyecto de proteoma plasmático HUPO. Proteómica . 5, 3226 - 45 (2005).
- ^ Él, F. Proyecto del proteoma hepático humano: plan, progreso y perspectivas. Proteómica de células mol. 4, 1841 - 8 (2005).
- ^ Hamacher, M. et al. Proyecto HUPO Brain Proteome: hacia un código de conducta. Proteómica de células mol. 7, 457 (2008).
- ^ Yamamoto, T., Langham, RG, Ronco, P., Knepper, MA & Thongboonkerd, V. Hacia protocolos y pautas estándar para la proteómica urinaria. Proteómica . 8, 2156 - 9 (2008).
- ^ Uhlen, M. y Ponten, F. Proteómica basada en anticuerpos para la elaboración de perfiles de tejidos humanos. Proteómica de células mol. 4, 384 - 93 (2005).
- ^ Orchard, S. et al. Estado actual del desarrollo de estándares proteómicos. Expert Rev Proteomics. 1, 179 - 83 (2005).
- ^ Archakov A, et al. El taller del Proyecto del Proteoma Humano HUPO de Moscú. Proteómica de células mol. 8: 2199-200 (2009).
- ^ Baker MS. Construyendo el proyecto de proteoma humano "práctico": el próximo gran avance en proteómica básica y clínica. Curr Opin Mol Ther. 2009 11: 600-2 (2009).
- ^ Editorial, La llamada del proteoma humano. Métodos Nat. 7: 661 (2010).
- ^ Rabilloud T., et al. ¿Es un proyecto de proteoma humano centrado en genes la mejor manera de que la proteómica sirva a la biología? Proteómica . 10: 3067 - 72 (2010).
- ^ Editorial. Un proyecto de proteoma humano centrado en genes. Proteómica de células mol. 9: 427 - 429 (2010).
- ^ Paik, YK., Et al. Un proyecto de proteoma humano centrado en cromosomas para caracterizar los conjuntos de proteínas codificadas en el genoma. Nature Biotech. 30: 221–3 (2012).
- ^ Aebersold R., et al. El Proyecto de Proteoma Humano Impulsado por Biología / Enfermedad (B / D-HPP): Habilitación de la investigación de proteínas para la comunidad de las ciencias biológicas. J. Proteome Res . 12: 23-27 (2013).
- ^ Paik YK., Et al. Proteómica de todo el genoma, Proyecto de proteoma humano centrado en cromosomas (C-HPP), Parte II. J. Proteome Res . 13: 1–4 (2014).
- ^ Omenn GS., Et al. Métricas para el Proyecto Proteoma Humano 2015: Progreso en el Proteoma Humano y Directrices para la Identificación de Proteínas de Alta Confianza. J Proteome Res. 14: 3452 - 60 (2015).
- ^ Horvatovich P., et al. Una búsqueda de proteínas faltantes: actualización de 2015 sobre el proyecto del proteoma humano centrado en los cromosomas. J Proteome Res. 15 de junio (2015).
- ^ Baker, MS; et al. (2017). "Acelerando la búsqueda de las proteínas faltantes en el proteoma humano" . Comunicaciones de la naturaleza . 8 . doi : 10.1038 / ncomms14271 . PMC 5286205 .
- ^ Southan, Christopher (7 de abril de 2017). "Últimos rollos del yoyo: Evaluación del recuento de proteínas canónicas humanas" . F1000Research . 6 : 448. doi : 10.12688 / f1000research.11119.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 5428527 . PMID 28529709 .
enlaces externos
- Página del proyecto HPP (www.hupo.org)
- Sitio web de HPP (www.thehpp.org)
- Sitio web de HPP centrado en cromosomas (www.c-hpp.org)
- Sitio web de BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)