Las etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta ( iTRAQ ) es un método de etiquetado isobárico utilizado en proteómica cuantitativa mediante espectrometría de masas en tándem para determinar la cantidad de proteínas de diferentes fuentes en un solo experimento. [1] [2] [3] Utiliza moléculas marcadas con isótopos estables que pueden unirse covalentemente al extremo N-terminal y a las aminas de la cadena lateral de las proteínas.
Procedimiento
El método ITRAQ se basa en el marcaje covalente de las aminas N-terminal y de cadena lateral de péptidos de digestiones de proteínas con etiquetas de masa variable. Actualmente hay dos reactivos que se utilizan principalmente: 4-plex y 8-plex, que se pueden utilizar para marcar todos los péptidos de diferentes muestras / tratamientos. [ cita requerida ] Estas muestras se agrupan y, por lo general, se fraccionan mediante cromatografía líquida y se analizan mediante espectrometría de masas en tándem (MS / MS). A continuación, se realiza una búsqueda en la base de datos utilizando los datos de fragmentación para identificar los péptidos marcados y, por tanto, las proteínas correspondientes. La fragmentación de la etiqueta adjunta genera un ion indicador de baja masa molecular que se puede utilizar para cuantificar relativamente los péptidos y las proteínas de las que se originaron.
Evaluación de datos
A nivel de péptido, las señales de los iones informadores de cada espectro de MS / MS permiten calcular la abundancia relativa (proporción) del péptido (s) identificado (s) por este espectro. [ cita requerida ] La abundancia de iones informadores puede consistir en más de una sola señal en los datos de MS / MS y las señales tienen que integrarse de alguna manera desde el espectro del histograma.
A nivel de proteína, las proporciones combinadas de los péptidos de una proteína representan la cuantificación relativa de esa proteína.
Los espectros de MS / MS se pueden analizar utilizando un software que está disponible gratuitamente: i-Tracker [4] y jTraqX [5] [6]
Referencias
- ^ Ross PL, Huang YN, Marchese JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A , Pappin DJ (2004). "Cuantificación de proteínas multiplexadas en Saccharomyces cerevisiae usando reactivos de marcado isobárico amina-reactivos" . Mol. Célula. Proteómica . 3 (12): 1154–69. doi : 10.1074 / mcp.M400129-MCP200 . PMID 15385600 .
- ^ Zieske LR (2006). "Una perspectiva sobre el uso de la tecnología de reactivos iTRAQ para estudios de perfiles y complejos de proteínas" . J. Exp. Bot . 57 (7): 1501–8. doi : 10.1093 / jxb / erj168 . PMID 16574745 .
- ^ Gafken PR, Lampe PD (2006). "Metodologías para la caracterización de fosfoproteínas por espectrometría de masas" . Cell Commun. Adhes . 13 (5–6): 249–62. doi : 10.1080 / 15419060601077917 . PMC 2185548 . PMID 17162667 .
- ^ Shadforth IP, Dunnley PJ, Lilley KS, Bessant C (2005). "i-Tracker: para proteómica cuantitativa utilizando iTRAQ" . BMC Genomics . 6 : 145. doi : 10.1186 / 1471-2164-6-145 . PMC 1276793 . PMID 16242023 .
- ^ Muth, T., et al., JTraqX: una herramienta independiente de plataforma gratuita para la cuantificación de etiquetas isobáricas a nivel de proteínas , Proteomics, 2010, 10 (6): 1223-1225, doi : 10.1002 / pmic.200900374
- ^ protein-ms - Examinar / jTraqX en SourceForge.net
Otras lecturas
- Ow, Saw Yen; Salim, Malinda; Noirel, Josselin; Evans, Caroline; Rehman, Ishtiaq; Wright, Phillip C. (2009). "Subestimación iTRAQ en mezclas simples y complejas:" Lo bueno, lo malo y lo feo " ". Revista de investigación del proteoma . 8 (11): 5347–5355. doi : 10.1021 / pr900634c . ISSN 1535-3893 . PMID 19754192 .