Nitrospirae

Nitrospirae
clasificación cientifica
Dominio:	Bacterias
Filo:	Nitrospirae Garrity y Holt 2001
Clase y orden
" Leptospirillia " " Leptospirillales " Nitrospiria " Nitrospirales " " Termodesulfovibrionia " " Termodesulfovibrionales "
Sinónimos
Nitrospiraeota Oren y col. 2015 "Nitrospirota" Whitman et al. 2018

Nitrospirae es un filo de bacterias. Contiene solo una clase, Nitrospira , que a su vez contiene un orden ( Nitrospirales ) y una familia ( Nitrospiraceae ). Incluye múltiples géneros, como Nitrospira , el más grande. El primer miembro de este filo, Nitrospira marina , fue descubierto en 1985. ^[1] El segundo miembro, Nitrospira moscoviensis , fue descubierto en 1995. ^[2]^[3]

Las nitrospirae contienen taxones nitrificantes que oxidan el nitrito a nitrato (bacteria oxidante de nitrito, NOB ^[4] ) y la bacteria commamox Nitrospira inopinata descubierta en 2015 ^[5]^[6] y cultivada en 2017. ^[7]

Filogenia

Lanzamiento 132 de LTP basado en rRNA 16S por The All-Species Living Tree Project ^[8]

Annotree v1.2.0 ^[9]^[10] que utiliza GTDB 05-RS95 ( Base de datos de taxonomía del genoma ) ^[11]^[12]

Leptospirillum

	L. ferriphilum

	L. ferrooxidans

Termodesulfovibrio

T. hidrogeniphilus

T. aggregans

T. thiophilus

	T. islandicus

	T. yellowstonii

"Termodesulfovibrionia"

" Ca. Magnetobacterium casense "

" Ca. Sulfobium mesophilum "

Termodesulfovibrio

T. aggregans

	T. thiophilus

	T. yellowstonii

" Leptospirillum "

L. ferrooxidans

	" L. rubarum "

	L. ferriphilum

Nitrospiria

" Ca. Manganitrophus noduliformans "

Nitrospira

" N. defluvii "

" N. japonica "

" N. lenta "

N. moscoviensis

" Ca. N. inopinata "

	" Ca. N. nitrosa "

	" Ca. N. nitrificans "

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LSPN) ^[13] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). ^[3]

Phylum " Nitrospirae " Garrity & Holt 2001
- Corrig del género " Candidatus Troglogloea " . Kostanjsek y col. 2013
  - Especie " Ca. T. absolonii " corrig. Kostanjsek y col. 2013
- Clase " Leptospirillia "
  - Orden " Leptospirillales "
    - Familia " Leptospirillaceae " Cavalier-Smith 2020
      - Género Leptospirillum Markosyan 1972 ex Hippe 2000
        Especie " L. ferrodiazotrophum " Tyson et al. 2005
        Especie L. ferriphilum Coram & Rawlings 2002
        Especie L. ferrooxidans Markosyan 1972 ex Hippe 2000
        Especie " L. rubarum " Aliaga Goltsman et al. 2009
        Especie L. thermoferrooxidans Hippe 2000
- Clase Nitrospiria Oren et al. 2015
  - Género " Candidatus Manganitrophus " Yu & Leadbetter 2020
    - Especie " Ca. M. noduliformans " Yu & Leadbetter 2020
  - Orden " Nitrospirales " Garrity & Holt 2001
    - Familia " Nitrospiraceae " Garrity & Holt 2001
      - Género Nitrospira Watson et al. 1986
        Especie " Ca. N. alkalitolerans " Daebeler et al. 2020
        Especie " Ca. N. bockiana " Lebedeva et al. 2008
        Especie " Ca. N. inopinata " Daims et al. 2015
        Especie " Ca. N. kreftii " Sakoula et al. 2021
        Especies " Ca. N. nitrificans " van Kessel et al. 2015
        Especie " Ca. N. nitrosa " van Kessel et al. 2015
        Especie " Ca. N. salsa " Haaijer et al. 2013
        Especie N. calida Lebedeva et al. 2011
        Especie N. defluvii Nowka et al. 2015
        Especie N. japonica Ushiki et al. 2013
        Especie N. lenta Nowka et al. 2015
        Especie N. marina Watson et al. 1986 (tipo sp.)
        Especie N. moscoviensis Ehrich et al. 1995
- Clase Thermodesulfovibrionia Umezawa et al. 2021
  - Orden " Thermodesulfovibrionales " Umezawa et al. 2021
    - Género " Candidatus Sulfobium " Zecchin et al. 2018
      - Especie " Ca. S. mesophilum " Zecchin et al. 2018
    - Familia " " Dissulfurispiraceae " Umezawa et al. 2021
      - Género " Dissulfurispira " Umezawa et al. 2021
        Especie " D. thermophila " Umezawa et al. 2021
    - Familia " Magnetobacteriaceae "
      - Género " Candidatus Magnetobacterium " Spring et al. 1993
        Especie " Ca. M. bavaricum " Spring et al. 1993
        Especie " Ca. M. casensis " Lin et al. 2014
      - Género " Candidatus Magnetoovum " Lefevre et al. 2011
        Especie " Ca. M. mohavensis " Lefevre et al. 2011
        Especie " Ca. M. chiemensis " Kolinko 2014
    - Familia " Thermodesulfovibrionaceae " Umezawa et al. 2021
      - Género Thermodesulfovibrio Henry et al. 1994 enmienda. Sekiguchi y col. 2008
        Especie T. aggregans Sekiguchi et al. 2008
        Especies T. hydrogeniphilus Haouari et al. 2009
        Especie T. islandicus Sonne-Hansen y Ahring 2000
        Especie T. thiophilus Sekiguchi et al. 2008
        Especie T. yellowstonii Henry et al. 1994 (tipo sp.)

Ver también

Nitrospira
Nitrosomonas
Nitrobacteraceae
Nitrobacter
Ciclo del nitrógeno
Nitrito
Nitrato
Lista de órdenes bacterianas
Comammox

Referencias

^ Watson SW, Bock E, Valois FW, Waterbury JB, Schlosser U (1986). "Nitrospira marina gen. Nov. Sp. Nov .: una bacteria oxidante de nitritos quimiolitotróficos". Arch Microbiol . 144 (1): 1–7. doi : 10.1007 / BF00454947 . S2CID 29796511 .
^ Ehrich S, Behrens D, Lebedeva E, Ludwig W, Bock E (julio de 1995). "Una nueva bacteria oxidante de nitritos, quimiolitoautotrófica obligada, Nitrospira moscoviensis sp. Nov. Y su relación filogenética". Archivos de Microbiología . 164 (1): 16–23. doi : 10.1007 / BF02568729 . PMID 7646315 . S2CID 2702110 .
^ a b Sayers. "Nitrospirae" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
^ Daims H, Nielsen JL, Nielsen PH, Schleifer KH, Wagner M (noviembre de 2001). "Caracterización in situ de bacterias oxidantes de nitritos similares a Nitrospira activas en plantas de tratamiento de aguas residuales" . Microbiología aplicada y ambiental . 67 (11): 5273–84. doi : 10.1128 / AEM.67.11.5273-5284.2001 . PMC 93301 . PMID 11679356 .
^ Daims H, Lebedeva EV, Pjevac P, Han P, Herbold C, Albertsen M, et al. (Diciembre de 2015). "Nitrificación completa por bacterias Nitrospira" . Naturaleza . 528 (7583): 504–9. Código bibliográfico : 2015Natur.528..504D . doi : 10.1038 / nature16461 . PMC 5152751 . PMID 26610024 .
^ van Kessel MA, Speth DR, Albertsen M, Nielsen PH, Op den Camp HJ, Kartal B, et al. (Diciembre de 2015). "Nitrificación completa por un solo microorganismo" . Naturaleza . 528 (7583): 555–9. Código Bibcode : 2015Natur.528..555V . doi : 10.1038 / nature16459 . PMC 4878690 . PMID 26610025 .
^ Kits KD, Sedlacek CJ, Lebedeva EV, Han P, Bulaev A, Pjevac P, et al. (Septiembre de 2017). "El análisis cinético de un nitrificante completo revela un estilo de vida oligotrófico" . Naturaleza . 549 (7671): 269–272. Código Bib : 2017Natur.549..269K . doi : 10.1038 / nature23679 . PMC 5600814 . PMID 28847001 .
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^ "AnnoTree v1.2.0" . AnnoTree .
^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualización y exploración de un árbol de la vida microbiano anotado funcionalmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (9): 4442–4448. doi : 10.1093 / nar / gkz246 . PMC 6511854 . PMID 31081040 .
^ "GTDB versión 05-RS95" . Base de datos de taxonomía del genoma .
^ Parques, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas" . Biotecnología de la naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . doi : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .
^ Euzéby JP. " " Nitrospirae " " . Lista de nombres de procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .

Otras lecturas

Lefèvre CT, Frankel RB, Abreu F, Lins U, Bazylinski DA (febrero de 2011). "Caracterización independiente de la cultura de un miembro magnetotáctico novedoso, inculto del filo Nitrospirae" . Microbiología ambiental . 13 (2): 538–49. doi : 10.1111 / j.1462-2920.2010.02361.x . PMID 20977572 .

enlaces externos

" Leptospirillum sp" .

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[1] Watson SW, Bock E, Valois FW, Waterbury JB, Schlosser U (1986). "Nitrospira marina gen. Nov. Sp. Nov .: una bacteria oxidante de nitritos quimiolitotróficos". Arch Microbiol . 144 (1): 1–7. doi : 10.1007 / BF00454947 . S2CID 29796511 .

[2] Ehrich S, Behrens D, Lebedeva E, Ludwig W, Bock E (julio de 1995). "Una nueva bacteria oxidante de nitritos, quimiolitoautotrófica obligada, Nitrospira moscoviensis sp. Nov. Y su relación filogenética". Archivos de Microbiología . 164 (1): 16–23. doi : 10.1007 / BF02568729 . PMID 7646315 . S2CID 2702110 .

[NCBI-3] Sayers. "Nitrospirae" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .

[4] Daims H, Nielsen JL, Nielsen PH, Schleifer KH, Wagner M (noviembre de 2001). "Caracterización in situ de bacterias oxidantes de nitritos similares a Nitrospira activas en plantas de tratamiento de aguas residuales" . Microbiología aplicada y ambiental . 67 (11): 5273–84. doi : 10.1128 / AEM.67.11.5273-5284.2001 . PMC 93301 . PMID 11679356 .

[5] Daims H, Lebedeva EV, Pjevac P, Han P, Herbold C, Albertsen M, et al. (Diciembre de 2015). "Nitrificación completa por bacterias Nitrospira" . Naturaleza . 528 (7583): 504–9. Código bibliográfico : 2015Natur.528..504D . doi : 10.1038 / nature16461 . PMC 5152751 . PMID 26610024 .

[6] van Kessel MA, Speth DR, Albertsen M, Nielsen PH, Op den Camp HJ, Kartal B, et al. (Diciembre de 2015). "Nitrificación completa por un solo microorganismo" . Naturaleza . 528 (7583): 555–9. Código Bibcode : 2015Natur.528..555V . doi : 10.1038 / nature16459 . PMC 4878690 . PMID 26610025 .

[7] Kits KD, Sedlacek CJ, Lebedeva EV, Han P, Bulaev A, Pjevac P, et al. (Septiembre de 2017). "El análisis cinético de un nitrificante completo revela un estilo de vida oligotrófico" . Naturaleza . 549 (7671): 269–272. Código Bib : 2017Natur.549..269K . doi : 10.1038 / nature23679 . PMC 5600814 . PMID 28847001 .

[8] Proyecto de árbol vivo de todas las especies . "Lanzamiento 132 de LTP basado en ARNr 16S" . Silva Base de datos completa de ARN ribosómico . Consultado el 20 de agosto de 2015 .

[9] "AnnoTree v1.2.0" . AnnoTree .

[10] Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualización y exploración de un árbol de la vida microbiano anotado funcionalmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (9): 4442–4448. doi : 10.1093 / nar / gkz246 . PMC 6511854 . PMID 31081040 .

[11] "GTDB versión 05-RS95" . Base de datos de taxonomía del genoma .

[12] Parques, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas" . Biotecnología de la naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . doi : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .

[13] Euzéby JP. " " Nitrospirae " " . Lista de nombres de procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .

[1]