Esta lista de genomas de plantas secuenciados contiene especies de plantas que se sabe que tienen secuencias genómicas completas a disposición del público que se han ensamblado, anotado y publicado. No se incluyen los genomas no ensamblados, ni las secuencias de orgánulos únicamente. Para todos los reinos, consulte la lista de genomas secuenciados .
Véase también Lista de genomas de algas secuenciados .
Briófitas
Cepa del organismo | División | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea | |
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Anthoceros angustus | Briófitas | Planta terrestre divergente temprana | ||||||
Ceratodon purpureus | Briófitas | Planta terrestre divergente temprana | ||||||
Fontinalis antipyretica (mayor musgo de agua) | Briófitas | Musgo acuático | 385,2 Mbp | 16,538 | BGI | 2020 [1] | BGISEQ-500 y 10X, andamio N50 45,8 Kbp | |
Marchantia polymorpha | Briófitas | Planta terrestre divergente temprana | 225,8 Mb | 19.138 | 2017 [2] | |||
Physcomitrella patens ssp. patens str. Gransden 2004 | Briófitas | Planta terrestre divergente temprana | 462,3 Mbp | 35,938 | 2008 [3] | |||
Pleurozium schreberi (musgo de plumas) | Briófitas | Especies de musgo ubicuas | 318 Mbp | 15.992 | 2019 [4] |
Plantas vasculares
Cepa del organismo | División | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Selaginella moellendorffii | Lycopodiophyta | Organismo modelo | 2011 [5] [6] |
Helechos
Cepa del organismo | División | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Azolla filiculoides | Polipodiophyta | Helecho | 0,75 Gb | 20,201 | 2018 [7] | ||
Salvinia cucullata | Polipodiophyta | Helecho | 0,26 Gb | 19,914 | 2018 [7] |
Gimnospermas
Cepa del organismo | División | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | No de cromosomas | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Picea abies (abeto de Noruega) | Pinales | Madera, madera tonal , ornamental como árbol de Navidad | 19,6 Gb | 26,359 [8] | 12 | Centro de Ciencias Vegetales de Umeå / SciLifeLab, Suecia | 2013 [9] | |
Picea glauca (abeto blanco) | Pinales | Madera, Pulpa | 20,8 Gb | 14,462 [8] | 12 | Colaboración institucional | 2013 [10] [11] | |
Pinus taeda (pino Loblolly) | Pinales | Madera | 20,15 Gb | 9.024 [8] | 12 | 2014 [12] [13] [14] | Tamaño del andamio N50: 66,9 kbp | |
Pinus lambertiana (pino de azúcar) | Pinales | Madera; con los genomas más grandes entre los pinos; la especie de pino más grande | 31 Gb | 13,936 | 12 | 2016 [8] | Cobertura de secuencia 61.5X, plataformas utilizadas: Hiseq 2000, Hiseq 2500, GAIIx, MiSeq | |
Ginkgo biloba | Ginkgoales | 11,75 Gb | 41,840 | 2016 [15] | Tamaño del andamio N50: 48,2 kbp | |||
Pseudotsuga menziesii | Pinales | 16 GB | 54.830 | 13 | 2017 [16] | Tamaño del andamio N50: 340,7 kbp | ||
Gnetum monatum | Gnetales | 4,07 Gb | 27,491 | 2018 [17] | ||||
Larix sibirica | Pinales | 12,34 Gbp | 2019 [18] | andamio N50 de 6440 pb | ||||
Abies alba | Pinales | 18,16 Gb | 94,205 | 2019 [19] | andamio N50 de 14.051 pb |
Angiospermas
Amborellales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Amborella trichopoda | Amborellaceae | Angiosperma basal | 2013 [20] [21] |
Magnólidos
Magnoliales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Annona muricata | Annonaceae | Fruta cultivada comercialmente, aplicaciones medicinales | 799,11 Mb | 23,375 | Instituto de Investigaciones sobre Biodiversidad y Medio Ambiente (UBD) Alliance for Conservation Tree Genomics Equipo de Genómica de Biodiversidad | 2021 [22] | Lecturas breves de PacBio e Illumina, en combinación con datos 10 × Genomics y Bionano (v1). Un total de 949 andamios ensamblados a un tamaño final de 656,77 Mb, con un andamio N50 de 3,43 Mb (v1), y luego se mejoraron aún más a siete pseudocromosomas utilizando datos de secuenciación de Hi ‐ C (v2; andamio N50: 93,2 Mb, total tamaño en cromosomas: 639,6 Mb). |
Eudicots
Proteales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Macadamia integrifolia HAES 741 (Nuez de macadamia) | Proteáceas | Nuez cultivada comercialmente | 745 Mb | 34,274 | 2020 [23] | N50 413 kb | |
Macadamia jansenii | Proteáceas | Pariente raro de la nuez de macademia | 750 Mbp | 2020 [24] | Datos comparados de Nanopore, Illumina y BGI stLRF | ||
Nelumbo nucifera (loto sagrado) | Nelumbonaceae | Eudicot basal | 929 Mbp | 2013 [25] | contig N50 de 38,8 kbp y un andamio N50 de 3,4 Mbp |
Ranunculales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Aquilegia coerulea | Ranunculaceae | Eudicot basal | No publicado [26] |
Trochodendrales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Trochodendron aralioides (árbol rueda) | Trochodendrales | Eudicot basal que tiene xilema secundario sin elementos vasculares | 1,614 Gb | 35,328 | Universidad de Guangxi | 2019 [27] | 19 andamios correspondientes a 19 cromosomas |
Caryophyllales
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Beta vulgaris (remolacha azucarera) | Quenopodiáceas | Planta de cultivo | 714–758 Mbp | 27,421 | 2013 [28] | ||
Chenopodium quinoa | Quenopodiáceas | Planta de cultivo | 1,39-1,50 Gb | 44,776 | 2017 [29] | 3.486 andamios, andamio N50 de 3,84 Mb, el 90% del genoma ensamblado está contenido en 439 andamios [29] | |
Amaranto hipocondriaco | Amaranthaceae | Planta de cultivo | 403,9 Mb | 23,847 | 2016 [30] | 16 andamios grandes de 16,9 a 38,1 Mb. N50 y L50 del conjunto fueron 24,4 Mb y 7, respectivamente. [31] | |
Carnegiea gigantea | Cactaceae | Planta salvaje | 1,40 Gb | 28,292 | 2017 [32] | 57,409 andamios, andamio N50 de 61,5 kb [32] | |
Suaeda aralocaspica | Amaranthaceae | Realiza la fotosíntesis completa de C 4 dentro de células individuales (SCC 4 ) | 467 Mb | 29,604 | ABLife Inc. | 2019 [33] | 4.033 andamios, andamio N50 de 1,83 Mb de longitud |
Simmondsia chinensis (jojoba) | Simmondsiaceae | Cultivo de semillas oleaginosas | 887 Mb | 23,490 | 2020 [34] | 994 andamios, andamio N50 longitud de 5,2 Mb | |
Drosera Capensis | Droseraceae | Planta carnívora | 263,79 Mb | 2016 [35] | 12,713 andamios [35] |
Rosids
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | No de cromosomas | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
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Esclerocarya birrea (Marula) | Anacardiaceae | Usado para comida | 18,397 | 2018 [36] [37] | ||||
Betula pendula (abedul plateado) | Betulaceae | Árbol forestal boreal, modelo para biotecnología forestal | 435 Mbp [38] | 28,399 | 14 | Universidad de Helsinki | 2017 [38] | 454 / Illumina / PacBio. Tamaño de montaje 435 Mbp. Contig N50: 48,209 bp, andamio N50: 239,796 bp. El 89% del ensamblaje se asignó a 14 pseudomoléculas. Además, se secuenciaron 150 individuos de abedul. |
Betula platyphylla (abedul blanco japonés) | Betulaceae | Especies pioneras de árboles de madera dura | 430 Mbp | 2021 [39] | contig N50 = 751 kbp | |||
Betula nana (abedul enano) | Betulaceae | Arbusto ártico | 450 Mbp | QMUL / SBCS | 2013 [40] | |||
Corylus heterophylla Fisch (avellano asiático) | Betulaceae | Árbol de nueces utilizado para la alimentación | 370,75 Mbp | 27,591 | 11 | 2021 [41] | Escala cromosómica Nanopore / Hi-C. Contig N50 y andamios N50 de 2,07 y 31,33 Mb, respectivamente | |
Corylus mandshurica | Betulaceae | Avellana utilizada para la cría | 367,67 Mb | 28,409 | 11 | 2021 [42] | ||
Aethionema arabicum | Brassicaceae | Análisis comparativo de genomas de crucíferas | 2013 [43] | |||||
Arabidopsis lyrata ssp. cepa lyrata MN47 | Brassicaceae | Planta modelo | 206,7 Mbp | 32.670 [44] | 8 | 2011 [44] | Cobertura de secuencia 8.3X, analizada en secuenciadores capilares ABI 3730XL | |
Arabidopsis thaliana Ecotipo: Columbia | Brassicaceae | Planta modelo | 135 Mbp | 27.655 [45] | 5 | AGI | 2000 [46] | |
Barbarea vulgaris Tipo G | Brassicaceae | Planta modelo para metabolitos especializados y defensas vegetales | 167,7 Mbp | 25,350 | 8 | 2017 [47] | Cobertura 66.5X con tecnología Illumina GA II | |
Brassica rapa ssp. pekinensis (col china) adhesión Chiifu-401-42 | Brassicaceae | Cultivos variados y organismo modelo | 485 Mbp | 41,174 (ha experimentado triplicación del genoma) | 10 | Consorcio del Proyecto de secuenciación del genoma de Brassica rapa | 2011 [48] | Cobertura 72X de secuencias de lectura corta emparejadas generadas por la tecnología Illumina GA II |
Brassica napus (colza o colza) cultivar europeo de semillas oleaginosas de invierno 'Darmor- bzh ' | Brassicaceae | Cultivos | 1130 Mbp | 101,040 | 19 | Colaboración institucional | 2014 [49] | 454 GS-FLX + Titanium (Roche, Basilea, Suiza) y secuenciación de Sanger. La corrección y el llenado de huecos utilizaron 79 Gb de secuencia HiSeq de Illumina (San Diego, CA). |
Capsella rubéola | Brassicaceae | Pariente cercano de Arabidopsis thaliana | 130 Mbp | 26,521 | JGI | 2013? [50] 2013 [51] | ||
Cardamine hirsuta (berro amargo peludo) cepa 'Oxford' | Brassicaceae | Un sistema modelo para estudios sobre la evolución del desarrollo vegetal. | 198 Mbp | 29.458 | 8 | Instituto Max Planck de Investigación en Mejoramiento Vegetal, Köln, Alemania | 2016 [52] | Estrategia de secuenciación de escopeta, que combina lecturas finales emparejadas (197 × cobertura de secuencia ensamblada) y lecturas de pares coincidentes (66 × ensambladas) de Illumina HiSeq (un total de 52 Gbp de lecturas sin procesar). |
Eruca sativa (rúcula de ensalada) | Brassicaceae | Usado para comida | 851 Mbp | 45,438 | Universidad de Reading | 2020 [53] | Illumina MiSeq y HiSeq2500. Secuenciación y ensamblaje de pares de pares largos y extremos libres de PCR. Secuenciación del transcriptoma de Illumina HiSeq (lecturas finales emparejadas de 125/150 pb). | |
Cepa 'Elbtalaue' de Erysimum cheiranthoides (alhelí de lombriz) | Brassicaceae | Planta modelo para el estudio de la química defensiva, incluidos los glucósidos cardíacos | 175 Mbp | 29,947 | 8 | Instituto Boyce Thompson, Ithaca, NY | 2020 [54] [55] | Secuencias PacBio de 39,5 Gb (longitud media 10.603 pb), secuenciación Illumina MiSeq de un carril (2 extremos emparejados de 250 pb), andamio Phase Genomics Hi-C, secuenciación del transcriptoma PacBio e Illumina |
Eutrema salsugineum | Brassicaceae | Un pariente de arabidopsis con alta tolerancia a la sal. | 240 Mbp | 26,351 | JGI | 2013 [56] | ||
Eutrema parvulum | Brassicaceae | Análisis comparativo de genomas de crucíferas | 2013 [43] | |||||
Leavenworthia alabamica | Brassicaceae | Análisis comparativo de genomas de crucíferas | 2013 [43] | |||||
Sisymbrium irio | Brassicaceae | Análisis comparativo de genomas de crucíferas | 2013 [43] | |||||
Thellungiella parvula | Brassicaceae | Un pariente de arabidopsis con alta tolerancia a la sal. | 2011 [57] | |||||
Cannabis sativa (cáñamo) | Cannabaceae | Producción de cáñamo y marihuana | ca 820 Mbp | 30,074 basado en ensamblaje y agrupamiento de transcriptomas | 2011 [58] | Illumina / 454 andamio N50 16,2 Kbp | ||
Carica papaya (papaya) | Caricaceae | Cultivo de frutas | 372 Mbp | 28,629 | 2008 [59] | contig N50 11kbp andamio N50 1 Mbp cobertura total ~ 3x (Sanger) 92,1% unigenes mapeados 235Mbp anclado (de este 161Mbp también orientado) | ||
Casuarina equisetifolia (Pino australiano) | Casuarinaceae | tema bonsai | 300 Mbp | 29,827 | 2018 [60] | |||
Tripterygium wilfordii (Lei gong teng) | Celastraceae | Cultivo de medicina china | 340,12 Mbp | 31.593 | 2021 [61] | Contig N50 3,09 Mbp | ||
Kalanchoë fedtschenkoi Raym.-Hamet y H. Perrier Kalanchoe | Crasuláceas | Modelo genético molecular para especies de CAM obligadas en los eudicots | 256 Mbp | 30,964 | 34 | 2017 [62] | ~ 70 × lecturas de pares de pares y ~ 37 × lecturas de pares de pares generadas con una plataforma Illumina MiSeq. | |
Rhodiola crenulata (hierba medicinal tibetana) | Crasuláceas | Usos de medicamentos y alimentos. | 344,5 Mb | 35,517 | 2017 [63] | |||
Citrullus lanatus (sandía) | Cucurbitáceas | Cultivo de hortalizas | ca 425 Mbp | 23,440 | BGI | 2012 [64] | Illumina cobertura 108.6x contig N50 26,38 kbp Andamio N50 2,38 Mbp genoma cubierto 83,2% ~ 97% de tecnologías ecológicamente racionales mapeadas | |
Cucumis melo (Melón) DHL92 | Cucurbitáceas | Cultivo de hortalizas | 450 Mbp | 27,427 | 2012 [65] | 454 Cobertura 13.5x contig N50: 18,1 kbp andamio N50: 4.677 Mbp WGS | ||
Cucumis sativus (pepino) 'chino largo' línea endogámica 9930 | Cucurbitáceas | Cultivo de hortalizas | 350 Mbp (profundidad Kmer) 367 Mbp (citometría de flujo) | 26,682 | 2009 [66] | contig N50 19.8kbp andamio N50 1,140kbp cobertura total ~ 72,2 (Sanger + Ilumina) 96,8% unigenes mapeado 72,8% del genoma anclado | ||
Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma (Calabaza de semilla de plata) | Cucurbitáceas | Cultivo de semillas y frutas | 228,8 Mbp | 27.998 | 20 | Universidad Nacional Autónoma de México | 2019, [67] actualizado en 2021 | contig N50 447 kbp andamio N50 11,6 Mbp cobertura total: 120x Illumina (HiSeq2000 y MiSeq) + 31x PacBio RSII |
Cucurbita argyrosperma subsp. sororia (calabaza silvestre) | Cucurbitáceas | Pariente salvaje de la calabaza de semilla de plata | 255,2 Mbp | 30.592 | 20 | Universidad Nacional Autónoma de México | 2021 [68] | contig N50 1,2 Mbp andamio N50 12,1 Mbp cobertura total: 213x Illumina HiSeq4000 + 75,4x PacBio Sequel |
Siraitia grosvenorii (Fruta de monje) | Cucurbitáceas | Medicina china / edulcorante | 456,5 Mbp | 30,565 | Universidad Agrícola de Anhui | 2018 [69] | ||
Hevea brasiliensis (árbol del caucho) | Euphorbiaceae | el miembro económicamente más importante del género Hevea | 2013 [70] | |||||
Jatropha curcas Palawan | Euphorbiaceae | cultivo de biodiésel | 2011 [71] | |||||
Manihot esculenta (Yuca) | Euphorbiaceae | Importancia humanitaria | ~ 760 Mb | 30,666 | JGI | 2012 [72] | ||
Ricinus communis (ricino) | Euphorbiaceae | Cultivo de semillas oleaginosas | 320 Mbp | 31,237 | JCVI | 2010 [73] | Cobertura Sanger ~ 4.6x contig N50 21.1 kbp andamio N50 496.5kbp | |
Ammopiptanthus nanus | Fabaceae | Único género de arbusto de hoja perenne de hoja ancha | 889 Mb | 37.188 | 2018 [74] | |||
Cajanus cajan (gandul) var. Asha | Fabaceae | Leguminosa modelo | 2012 [75] [76] | |||||
Adhesión de Arachis duranensis (maní silvestre diploide de un genoma) V14167 | Fabaceae | Antepasado salvaje del maní, un cultivo de leguminosas de semillas oleaginosas y cereales | 2016 [77] | Cobertura de Illumina 154x, contig N50 22 kbp, andamio N50 948 kbp | ||||
Adhesión K30076 de Arachis ipaensis ( maní silvestre diploide de genoma B) | Fabaceae | Antepasado salvaje del maní, un cultivo de leguminosas de semillas oleaginosas y cereales | 2016 [77] | Cobertura de Illumina 163x, contig N50 23 kbp, andamio N50 5,343 kbp | ||||
Cicer arietinum (garbanzo) | Fabaceae | relleno | 2013 [78] | |||||
Cicer arietinum L. (garbanzo) | Fabaceae | 2013 [79] | ||||||
Dalbergia odorifera (fragante palo de rosa) | Fabaceae | Productos de madera (duramen) y medicina popular | 653 Mb | 30,310 | 10 | Academia China de Silvicultura | 2020 [80] | Contig N50: 5.92Mb Andamio N50: 56,1 6Mb |
Faidherbia albida (Acacia anillo de manzana) | Fabaceae | Importante en el Sahel para la crianza de abejas | 28,979 | 2018 [81] [36] | ||||
Glycine max (soja) var. Williams 82 | Fabaceae | Cultivo de proteínas y aceite | 1115 Mbp | 46.430 | 2010 [82] | Contig N50: 189,4 kbp Andamio N50: 47,8 Mbp Cobertura de Sanger ~ 8x WGS 955,1 Mbp montado | ||
Lablab purpureus (Frijol jacinto) | Fabaceae | Cultivo para consumo humano | 20,946 | 2018 [36] [83] | ||||
Lotus japonicus (trébol de patas de pájaro) | Fabaceae | Leguminosa modelo | 2008 [84] | |||||
Medicago truncatula (Barril Medic) | Fabaceae | Leguminosa modelo | 2011 [85] | |||||
Phaseolus vulgaris (frijol común) | Fabaceae | Frijol modelo | 520 Mbp | 31,638 | JGI | 2013? [86] | ||
Vigna subterranea (Cacahuete Bambara) | Fabaceae | similar a los cacahuetes | 31,707 | 2018 [87] [36] | ||||
Castanea mollissima (castaña china) | Fagaceae | nuez cultivada | 785,53 Mb | 36,479 | Universidad de Agricultura de Beijing | 2019 [88] | Illumina: ∼42,7 × PacBio: ∼87 × contig N50: 944.000 pb | |
Quercus robur (roble europeo) | Fagaceae | Roble común, gran diversidad, estudios de mutaciones somáticas | 736 Mb | 25,808 | 12 | Laboratorio de Biogeco, Inrae, Universidad de Burdeos | 2018 [89] | https://www.oakgenome.fr/?page_id=587 |
Carya illinoinensis Pacana | Junglandaceae | bocadillos en varias recetas | 651,31 Mb | 2019 [90] | ||||
Juglans regia (nuez persa) | Junglandaceae | nuez cultivada | 540 Mb | Academia China de Silvicultura | 2020 [91] | |||
Juglans sigillata (nuez de hierro) | Junglandaceae | nuez cultivada | 536,50 Mb | Universidad Forestal de Nanjing | 2020 [92] | Illumina + Nanopore + bionano andamio N50: 16,43 Mb, contig N50: 4,34 Mb | ||
Linum usitatissimum (lino) | Lináceas | Cultivo | ~ 350 Mbp | 43.384 | BGI y col. | 2012 [93] | ||
Bombax ceiba (árbol de algodón de seda rojo) | malváceas | cápsulas con fibra blanca como algodón | 895 Mb | 2018 [94] | ||||
Durio zibethinus (Durian) | malváceas | Arbol de frutas tropicales | ~ 738 Mbp | 2017 [95] | ||||
Gossypium raimondii | malváceas | Una de las supuestas especies progenitoras del algodón tetraploide. | 2013? [96] | |||||
Theobroma cacao (árbol del cacao) | malváceas | Cultivo aromatizante | 2010 [97] [98] | |||||
Theobroma cacao (árbol del cacao) cv. Matina 1-6 | malváceas | Tipo de cacao más cultivado | 2013 [99] | |||||
Theobroma cacao (200 accesiones) | malváceas | historia de domesticación del cacao | 2018 [100] | |||||
Azadirachta indica (neem) | Meliáceas | Fuente del número de terpenoides, incluido el biopesticida azadiractina, utilizado en la medicina tradicional | 364 Mbp | ~ 20000 | Laboratorios GANIT | 2012 [101] y 2011 [102] | Illumina GAIIx, andamio N50 de 452028 pb, datos del transcriptoma de brote, raíz, hoja, flor y semilla | |
Moringa oleifera (Árbol de rábano picante) | Moringaceae | medicina tradicional a base de hierbas | 18.451 | 2018 [103] [36] | ||||
Eucalyptus grandis (goma de rosa) | Myrtaceae | Cultivo de fibra y madera | 691,43 Mb | 2011 [104] | ||||
Eucalyptus pauciflora (goma de nieve) | Myrtaceae | Cultivo de fibra y madera | 594,87 Mb | ANU | 2020 [105] | Nanopore + Illumina; contig N50: 3,23 Mb | ||
C. cathayensis ( Nogal chino) | Rosáceas | cultivo de frutas | 706,43 Mb | 2019 [90] | ||||
Eriobotrya japonica (níspero) | Rosáceas | Árbol de frutas | 760,1 Mb | 45,743 | Academia de Ciencias Agrícolas de Shanghai | 2020 [106] | Illumina + Nanopore + Hi-C 17 cromosomas, andamio N50: 39,7 Mb | |
Fragaria vesca (fresa silvestre) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 240 Mbp | 34,809 | 2011 [107] | andamio N50: 1,3 Mbp 454 / Illumina / sólido Cobertura 39x WGS | ||
Malus domestica (manzana) "Golden Delicious" | Rosáceas | Cultivo de frutas | ~ 742,3 Mbp | 57,386 | 2010 [108] | contig N50 13,4 (kbp ??) andamio N50 1,542.7 (kbp ??) cobertura total ~ 16,9x (Sanger + 454) 71,2% anclado | ||
Prunus amygdalus (almendra) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 2013? [109] | |||||
Prunus avium (cereza dulce) cv. Stella | Rosáceas | Cultivo de frutas | 2013? [109] | |||||
Prunus mume (ciruela china o albaricoque japonés) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 2012 [110] | |||||
Prunus persica (melocotón) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 265 Mbp | 27,852 | 2013 [111] | Cobertura de Sanger: 8.47x WGS ca 99% de tecnologías ecológicamente racionales mapeadas 215,9 Mbp en pseudomoléculas | ||
Prunus salicina (ciruela japonesa) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 284,2 Mbp | 24,448 | 8 | 2020 [112] | PacBio / Hi-C, con contig N50 de 1,78 Mb y andamio N50 de 32,32 Mb. | |
Pyrus bretschneideri (ya pera o pera blanca china) cv. Dangshansuli | Rosáceas | Cultivo de frutas | 2012 [113] | |||||
Pyrus communis (pera europea) cv. Doyenne du Comice | Rosáceas | Cultivo de frutas | 2013? [109] | |||||
Rubus occidentalis (Frambuesa negro) | Rosáceas | Cultivo de frutas | 290 Mbp | 2018 [114] | ||||
Clementina cítrica (Clementina) | Rutaceae | Cultivo de frutas | 2013? [115] | |||||
Citrus sinensis (naranja dulce) | Rutaceae | Cultivo de frutas | 2013 ?, [115] 2013 [116] | |||||
Populus trichocarpa (álamo) | Salicaceae | Secuestro de carbono, árbol modelo, madera | 510 Mbp (citogenético) 485 Mbp (cobertura) | 73.013 [Phytozome] | 2006 [117] | Andamio N50: 19,5 Mbp Contig N50: 552,8 Kbp [fitozoma] WGS > = 95% de ADNc encontrado | ||
Populus pruinosa (árbol del desierto) | Salicaceae | agricultura y ganadería | 479,3 Mbp | 35,131 | 2017 [118] | |||
Acer truncatum (arce violeta) | Sapindaceae | Árbol productor de ácido nervónico | 633,28 Mb | 28,438 | 2020 [119] | contig N50 = 773,17 Kb; andamio N50 = 46,36 Mb | ||
Acer yangbiense | Sapindaceae | Especies de plantas con poblaciones extremadamente pequeñas | 110 Gb | 28,320 | 13 | 2019 [120] | andamio N50 = 45 Mb | |
Dimocarpus longa n (Longan) | Sapindaceae | Cultivo de frutas | 471,88 Mb | 2017 [121] | ||||
Xanthoceras sorbifolium Bunge (Yellowhorn) | Sapindaceae | Cultivo de frutas | 504,2 Mb | 24,672 | 2019 [122] [123] | |||
Aquilaria sinensis (madera de agar) | Thymelaeaceae | Madera fragante | 726,5 Mb | 29,203 | 2020 [124] | Illumina + nanopore + Hi-C, andamio N50: 88,78 Mb | ||
Vitis vinifera (uva) genotipo PN40024 | Vitaceae | cultivo de frutas | 2007 [125] |
Asterides
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Asclepias syriaca (algodoncillo común) | Apocynaceae | Exuda látex lechoso | 420 Mbp | 14,474 | La Universidad Estatal de Oregon | 2019 [126] | 80,4 × profundidad N50 = 3.415 pb |
Erigeron breviscapus (fleabane de hierbas chinas) | Asteraceae | medicina china | 37,505 | 2017 [127] | |||
Helianthus annuus (girasol) | Asteraceae | Cultivo de aceite | 3,6 Gbb | 52,232 | INRA y la base de datos del genoma del girasol [128] | 2017 [129] | Contig N50: 13,7 kb |
Lactuca sativa (lechuga) | Asteraceae | Cultivo de hortalizas | 2,5 Gbb | 38,919 | 2017 [130] | Contig N50: 12 kb; Andamio N50: 476 kb | |
Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae (Rosa Ipê) | Bignoniaceae | Árbol común | 503,7 Mb | 31,668 | 2017 [131] | ||
Diospyros oleifera Cheng (caqui o kaki) | Ebenaceae | Árbol de frutas | 849,53 Mb | 28.580 | Universidad de Zhejiang y Academia China de Silvicultura | 2019 [132] y 2020 [133] | Dos genomas, ambos a escala cromosómica y asignados a 15 pseudocromosomas |
Salvia miltiorrhiza Bunge (Salvia roja china) | Lamiaceae | Tratamiento TCM para EPOC | 641 Mb | 34.598 | 2015 [134] | ||
Callicarpa americana (baya de belleza americana) | Lamiaceae | Arbusto ornamental y repelente de insectos | 506 Mb | 32.164 | Universidad del estado de michigan | 2020 [135] | 17 pseudomoléculas Contig N50: 7.5Mb Andamio N50: y 29.0 Mb |
Mentha x piperita (menta) | Lamiaceae | Cultivo de aceite | 353 Mb | 35.597 | La Universidad Estatal de Oregon | 2017 [136] | |
Tectona grandis (T eak) | Lamiaceae | Durabilidad y resistencia al agua | 31.168 | 2019 [137] | |||
Utricularia gibba (bladderwort jorobada) | Lentibulariaceae | sistema modelo para estudiar la evolución del tamaño del genoma; una planta carnívora | 81,87 Mb | 28,494 | LANGEBIO, CINVESTAV | 2013 [138] | Andamio N50: 80.839 Kb |
Camptotheca acuminata Decne (Árbol feliz chino) | Nyssaceae | medicamentos químicos para el tratamiento del cáncer | 403 Mb | 31,825 | 2017 [139] | ||
Davidia involucrata Baill (Paloma) | Nyssaceae | Fósil viviente | 1,169 Mb | 42,554 | 2020 [140] | ||
Mimulus guttatus | Phrymaceae | sistema modelo para el estudio de la genética ecológica y evolutiva | ca 430 Mbp | 26,718 | JGI | 2013? [141] | Andamio N50 = 1,1 Mbp Contig N50 = 45,5 Kbp |
Primula vulgaris ( prímula común) | Primuláceas | Utilizado para cocinar | 474 Mb | 2018 [142] | |||
Solanum lycopersicum (tomate) cv. Heinz 1706 | Solanáceas | Cultivo alimentario | ca 900 Mbp | 34,727 | SGN | 2011 [143] 2012 [144] | Sanger / 454 / Illumina / Sólido Pseudomoléculas que abarcan 91 andamios (760 Mbp de los cuales 594 Mbp se han orientado) más del 98% de tecnologías ecológicamente racionales asignables |
Solanum aethiopicum (berenjena etíope) | Solanáceas | Cultivo alimentario | 1,02 Gbp | 34,906 | BGI | 2019 [145] | Illumina andamio N50: 516,100 bp contig N50: 25.200 pb ∼109 × cobertura |
Solanum pimpinellifolium (tomate grosella) | Solanáceas | pariente silvestre más cercano al tomate | 2012 [144] | Illumina contig N50: 5100bp ~ Cobertura 40x | |||
Solanum tuberosum (patata) | Solanáceas | Cultivo alimentario | 726 Mbp [146] | 39,031 | Consorcio de secuenciación del genoma de la papa (PGSC) | 2011 [147] [148] | Sanger / 454 / Illumina Cobertura 79.2x contig N50: 31,429 bp andamio N50: 1.318.511 pb |
Solanum commersonii (la solanácea de commerson) | Solanáceas | Pariente de la papa silvestre | 838 Mbp kmer (840 Mbp) | 37,662 | UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR | 2015 [149] | Illumina Cobertura 105x contig N50: 6,506 pb andamio N50: 44,298pb |
Cuscuta campestris (esquiva de campo) | Solanáceas | sistema modelo para plantas parasitarias | 556 Mbp kmer (581 Mbp) | 44.303 | Universidad RWTH Aachen , Centro de Investigación Jülich , Universidad de Tromsø , Helmholtz Zentrum München , Universidad Técnica de Múnich , Universidad de Viena | 2018 [150] | andamio N50 = 1,38 Mbp |
Cuscuta australis (cuscuta austral) | Solanáceas | sistema modelo para plantas parasitarias | 265 Mbp kmer (273 Mbp) | 19,671 | Instituto de Botánica de Kunming , Academia de Ciencias de China | 2018 [151] | andamio N50 = 5,95 Mbp contig N50 = 3,63 Mbp |
Nicotiana benthamiana | Solanáceas | Pariente cercano del tabaco | ca 3 Gbp | 2012 [152] | Illumina Cobertura 63x contig N50: 16,480 bp andamio N50: 89,778bp > 93% unigenes encontrado | ||
Nicotiana sylvestris (planta de tabaco) | Solanáceas | sistema modelo para estudios de producción de terpenoides | 2.636 Gbp | Philip Morris International | 2013 [153] | Cobertura 94x andamio N50: 79,7 kbp Supersandamios de 194 kbp utilizando un mapa físico de Nicotiana | |
Nicotiana tomentosiformis | Solanáceas | Progenitor del tabaco | 2,682 Gb | Philip Morris International | 2013 [153] | Cobertura 146x andamio N50: 82,6 kb Supersandamios de 166 kbp utilizando un mapa físico de Nicotiana | |
Capsicum annuum (pimienta) (a) cv. CM334 (b) cv. Zunla-1 | Solanáceas | Cultivo alimentario | ~ 3,48 Gbp | (a) 34.903 (b) 35,336 | a) 2014 [154] b) 2014 [155] | Contig N50: (a) 30.0 kb (b) 55.4 kb Andamio N50: (a) 2,47 Mb (b) 1,23 Mb | |
Capsicum annuum var. glabriusculum (Chiltepin) | Solanáceas | Progenitor del pimiento cultivado | ~ 3,48 Gbp | 34 476 | 2014 [155] | Contig N50: 52,2 kb Andamio N50: 0,45 Mb | |
Petunia hybrida | Solanáceas | Flor económicamente importante | 2011 [156] |
Monocotiledóneas
Pastos
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Setaria italica (mijo cola de zorra) | Poaceae | Modelo de metabolismo C4 | 2012 [157] | ||||
Aegilops tauschii (pasto de cabra de Tausch) | Poaceae | progenitor del genoma D del trigo harinero | aproximadamente 4,36 Gb | 39,622 | 2017 [158] | ensamblaje de pseudomoléculas | |
Brachypodium distachyon (falso bromo púrpura) | Poaceae | Modelo monocotiledónea | 2010 [159] | ||||
Coix lacryma-jobi L. (lágrimas de Job) | Poaceae | Cultivo y utilizado en medicina y ornamentación | 1,619 Gb | 39,629 | 2019 [160] | ||
Dichanthelium oligosanthes (hierba roseta de Heller) | Poaceae | Hierba C3 estrechamente relacionada con las especies C4 | 960 Mb | DDPSC | 2016 [161] | ||
Digitaria exilis (fonio blanco) | Poaceae | Cultivo huérfano africano | 761 Mb | ICRISAT , UC Davis | 2021 [162] | 3.329 contigs. N50: 1,73 Mb; L50, 126) | |
Eragrostis curvula | Poaceae | bueno para el ganado | 602 Mb | 56,469 | 2019 [163] | ||
Hordeum vulgare (cebada) | Poaceae | Modelo de adopción ecológica | IBSC | 2012, [164] 2017 [165] | |||
Oryza brachyantha (arroz salvaje) | Poaceae | Pariente silvestre del arroz resistente a enfermedades | 2013 [166] | ||||
Oryza glaberrima (arroz africano) var CG14 | Poaceae | Especies de arroz de África occidental | 2010 [167] | ||||
Oryza rufipogon (arroz rojo) | Poaceae | Ancestro de Oryza sativa | 406 Mb | 37,071 | SIBS | 2012 [168] | Illumina HiSeq2000 Cobertura 100x |
Oryza sativa (arroz de grano largo) ssp indica | Poaceae | Cereal de cultivo y modelo | 430 Mb [169] | Proyecto internacional de secuenciación del genoma del arroz (IRGSP) | 2002 [170] | ||
Oryza sativa (arroz de grano corto) ssp japonica | Poaceae | Cereal de cultivo y modelo | 430 Mb | Proyecto internacional de secuenciación del genoma del arroz (IRGSP) | 2002 [171] | ||
Panicum virgatum (pasto varilla) | Poaceae | biocombustible | 2013? [172] | ||||
Phyllostachys edulis (bambú moso) | Poaceae | Industria textil de bambú | 603,3 Mb | 25,225 | 2013 [173] 2018 [174] | ||
Sorgo bicolor genotipo BTx623 | Poaceae | Cultivo | ca 730 Mb | 34,496 | 2009 [175] | contig N50: 195,4 kbp andamio N50: 62.4Mbp Sanger, cobertura 8.5x WGS | |
Triticum aestivum (trigo harinero ) | Poaceae | 20% de la nutrición mundial | 14,5 Gb | 107,891 | IWGSC | 2018 [176] | ensamblaje de pseudomoléculas |
Triticum urartu | Poaceae | Progenitor del genoma A del trigo panificable | aproximadamente 4,94 Gb | BGI | 2013 [177] | Secuencia no repetitiva ensamblada Illumina WGS | |
Zea mays (maíz) ssp mays B73 | Poaceae | Cultivo de cereales | 2,3 Gb | 39.656 [178] | 2009 [179] | contig N50 40kbp andamio N50: 76kbp Sanger, cobertura 4-6x por BAC | |
Pennisetum glaucum (mijo perla) | Poaceae | Especies de mijo subsahariano y saheliano | ~ 1,79 Gb | 38.579 | 2017 [180] | Secuenciación de cromosomas artificiales bacterianos y WGS (BAC) |
Otras no gramíneas
Cepa del organismo | Familia | Relevancia | Tamaño del genoma | Número de genes predichos | No de cromosomas | Organización | Año de finalización | Estado de la asamblea |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Adhesión de Ananas bracteatus CB5 | Bromeliáceas | Pariente de la piña silvestre | 382 Mbp | 27.024 | 25 | 2015 [181] | Cobertura de 100 × con lecturas de extremo emparejado de Illumina de bibliotecas con diferentes tamaños de inserto. | |
Ananas comosus (L.) Merr. (Piña), variedades F153 y MD2 | Bromeliáceas | El cultivo más valioso económicamente que posee el metabolismo del ácido crasuláceo (CAM) | 382 Mb | 27.024 | 25 | 2015 [181] | 400 × lecturas Illumina, 2 × lecturas largas sintéticas de Moleculo, 1 × 454 lecturas, 5 × lecturas largas de una sola molécula PacBio y 9.400 BAC. | |
Musa acuminata (plátano) | Musáceas | Genoma A de cultivares de banano modernos | 523 Mbp | 36,542 | 2012 [182] | Contig N50: 43,1 kb Andamio N50: 1,3 Mb | ||
Musa balbisiana (plátano silvestre) | Musáceas | Genoma B de cultivares de banano modernos | 438 Mbp | 36,638 | 2013 [183] | Contig N50: 7,9 kb | ||
Calamus simplicifolius | Arecaceae | nativo de las regiones tropicales y subtropicales | 1,98 Gb | 51,235 | 2018 [184] | |||
Cocos nucifera (palma de coco) | Arecaceae | utilizado en alimentos y cosméticos | ~ 2,42 Gb | 2017 [185] | ||||
Daemonorops jenkinsiana | Arecaceae | nativa de las regiones tropicales y subtropicales. | 1,61 Gb | 52,342 | 2018 [184] | |||
Phoenix dactylifera (palmera datilera) | Arecaceae | Cultivo leñoso en regiones áridas | 658 Mbp | 28.800 | 2011 [186] | Contig N50: 6,4 kb | ||
Elaeis guineensis (palma africana de aceite) | Arecaceae | Cultivo oleaginoso | ~ 1800 Mbp | 34.800 | 2013 [187] | Andamio N50: 1,27 Mb | ||
Spirodela polyrhiza (lenteja de agua mayor) | Araceae | Planta acuática | 158 Mbp | 19,623 | 2014 [188] | Andamio N50: 3,76 Mb | ||
Phalaenopsis equestris (Schauer) Rchb.f. (Orquídea polilla) | Orchidaceae | Padre reproductor de muchos cultivares e híbridos de orquídeas polilla modernas. Planta con metabolismo del ácido crasuláceo (CAM). | 1600 Mbp | 29.431 | 2014 [189] | Andamio N50: 359,115 kb |
Comunicados de prensa que anuncian la secuenciación
No cumplir con los criterios del primer párrafo de este artículo al ser secuencias casi completas con alta calidad, publicadas, ensambladas y disponibles públicamente. Esta lista incluye especies cuyas secuencias se anuncian en comunicados de prensa o sitios web, pero no en una publicación rica en datos en una revista de revisión por pares con DOI.
- Corchorus olitorius (malva de yute), fibra vegetal 2017 [190] [191]
- Corchorus capsularis 2017 [190]
- Fraxinus excelsior , Fresno europeo (borrador de 2013 [192] [193] )
Ver también
- Lista de genomas eucariotas secuenciados
- Lista de genomas animales secuenciados
- Lista de genomas de arqueas secuenciados
- Lista de genomas bacterianos secuenciados
- Lista de genomas de hongos secuenciados
- Lista de plastomas secuenciados
- Lista de genomas protistas secuenciados
enlaces externos
- http://plabipd.de/timeline_view.ep
- http://genomevolution.org/wiki/index.php/Sequenced_plant_genomes
- https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
- https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/
Referencias
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