MAFFT

MAFFT
Desarrollador (es)	Kazutaka Katoh

Lanzamiento estable	7.475 / 23 de noviembre de 2020 ; hace 8 meses ( 2020-11-23 )

Escrito en	C
Sistema operativo	UNIX , Linux , Mac , MS-Windows
Escribe	Herramienta de bioinformática
Licencia	BSD ^[1]
Sitio web	mafft .cbrc .jp / alineación / software /

En la bioinformática , MAFFT (para m ultiple un lignment usando f ast F ORREO t ransform) es un programa utilizado para crear múltiples alineamientos de secuencias de amino ácido o de nucleótido secuencias. Publicada en 2002, la primera versión de MAFFT utilizó un algoritmo basado en la alineación progresiva , en el que las secuencias se agruparon con la ayuda de la Transformada Rápida de Fourier . ^[2] Las versiones posteriores de MAFFT han agregado otros algoritmos y modos de operación, ^[3]incluyendo opciones para una alineación más rápida de un gran número de secuencias, ^[4] alineaciones de mayor precisión, ^[5] alineación de secuencias de ARN no codificantes , ^[6] y la adición de nuevas secuencias a las alineaciones existentes. ^[7]

Pasos de cómo utilizar MAFFT con otros programas para ver un MSA

Ver también

Referencias

^ El software MAFFT base se distribuye bajo la licencia BSD , mientras que las versiones para Microsoft Windows tienen la licencia GNU General Public License . Algunas distribuciones de MAFFT contienen software con licencia de otras licencias https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
^ Katoh, Kazutaka; Misawa, Kazuharu; Kuma, Kei-ichi; Miyata, Takashi (2002). "MAFFT: un método novedoso para la alineación rápida de múltiples secuencias basado en la transformada rápida de Fourier" . Investigación de ácidos nucleicos . 30 (14): 3059–66. doi : 10.1093 / nar / gkf436 . PMC 135756 . PMID 12136088 .
^ "MAFFT ver.7 - un programa de alineación de secuencia múltiple" . mafft.cbrc.jp . Consultado el 28 de abril de 2021 .
^ Katoh, K; Toh, H (2006). "PartTree: un algoritmo para construir un árbol aproximado a partir de una gran cantidad de secuencias no alineadas" . Bioinformática . 23 (3): 372–4. doi : 10.1093 / bioinformatics / btl592 . PMID 17118958 .
^ Katoh, K; Kuma, K; Miyata, T; Toh, H (2005). "Mejora de la precisión del programa de alineación de secuencias múltiples MAFFT". Informática del genoma. Congreso Internacional de Informática del Genoma . 16 (1): 22–33. PMID 16362903 .
^ Katoh, Kazutaka; Toh, Hiroyuki (2008). "Mejora de la precisión de la alineación de múltiples ncRNA mediante la incorporación de información estructural en un marco basado en MAFFT" . BMC Bioinformática . 9 : 212. doi : 10.1186 / 1471-2105-9-212 . PMC 2387179 . PMID 18439255 .
^ Katoh, Kazutaka; Frith, Martin C (2012). "Adición de secuencias no alineadas en una alineación existente usando MAFFT y LAST" . Bioinformática . 28 (23): 3144–6. doi : 10.1093 / bioinformatics / bts578 . PMC 3516148 . PMID 23023983 .

Enlaces externos

Sitio web oficial
Servidor en línea MAFFT
Servidor MAFFT en EBI
ClustalW / MAFFT / PRRN en GenomeNet
ClustalW / TCoffee / MAFFT en MyHits, SIB

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[1] El software MAFFT base se distribuye bajo la licencia BSD , mientras que las versiones para Microsoft Windows tienen la licencia GNU General Public License . Algunas distribuciones de MAFFT contienen software con licencia de otras licencias https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

[pmid12136088-2] Katoh, Kazutaka; Misawa, Kazuharu; Kuma, Kei-ichi; Miyata, Takashi (2002). "MAFFT: un método novedoso para la alineación rápida de múltiples secuencias basado en la transformada rápida de Fourier" . Investigación de ácidos nucleicos . 30 (14): 3059–66. doi : 10.1093 / nar / gkf436 . PMC 135756 . PMID 12136088 .

[mafft-algorithms-3] "MAFFT ver.7 - un programa de alineación de secuencia múltiple" . mafft.cbrc.jp . Consultado el 28 de abril de 2021 .

[pmid17118958-4] Katoh, K; Toh, H (2006). "PartTree: un algoritmo para construir un árbol aproximado a partir de una gran cantidad de secuencias no alineadas" . Bioinformática . 23 (3): 372–4. doi : 10.1093 / bioinformatics / btl592 . PMID 17118958 .

[pmid16362903-5] Katoh, K; Kuma, K; Miyata, T; Toh, H (2005). "Mejora de la precisión del programa de alineación de secuencias múltiples MAFFT". Informática del genoma. Congreso Internacional de Informática del Genoma . 16 (1): 22–33. PMID 16362903 .

[pmid18439255-6] Katoh, Kazutaka; Toh, Hiroyuki (2008). "Mejora de la precisión de la alineación de múltiples ncRNA mediante la incorporación de información estructural en un marco basado en MAFFT" . BMC Bioinformática . 9 : 212. doi : 10.1186 / 1471-2105-9-212 . PMC 2387179 . PMID 18439255 .

[pmid23023983-7] Katoh, Kazutaka; Frith, Martin C (2012). "Adición de secuencias no alineadas en una alineación existente usando MAFFT y LAST" . Bioinformática . 28 (23): 3144–6. doi : 10.1093 / bioinformatics / bts578 . PMC 3516148 . PMID 23023983 .

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