Mark J. Pallen es líder de investigación en el Quadram Institute y profesor de genómica microbiana en la Universidad de East Anglia . En los últimos años, ha estado a la vanguardia de los esfuerzos para aplicar la secuenciación de próxima generación a los problemas de la microbiología y la investigación del ADN antiguo .
Mark Pallen | |
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Nació | Mark John Pallen 1960 (60 a 61 años) Carshalton , Inglaterra |
Nacionalidad | británico |
alma mater | Fitzwilliam College, Cambridge , London Hospital Medical College |
Carrera científica | |
Campos | Microbiología |
Instituciones | |
Asesor de doctorado | Gordon Dougan |
Estudiantes de doctorado | Nick Loman |
Sitio web | quadram |
Educación
Pallen se educó en Wallington High School . [1] Completó una licenciatura en ciencias médicas en Fitzwilliam College, Cambridge y obtuvo su título médico en el London Hospital Medical College . [2] [3] A mediados de la década de 1990, trabajó para un doctorado [4] bajo la supervisión de Gordon Dougan en el Imperial College . Durante este tiempo, fue capitán del equipo ganador del Imperial College en el programa de televisión University Challenge , [5] mientras también escribía una serie de artículos para el British Medical Journal , presentando la profesión médica a Internet. [6]
Genómica microbiana, metagenómica y bioinformática
En 2011, Pallen dirigió un análisis colaborativo del genoma de la cepa del brote del brote alemán de E. coli O104: H4 de 2011 , que había sido secuenciado por el genoma en la plataforma Ion Torrent por BGI . [7] Casi al mismo tiempo, también dirigió un proyecto en el que un aislado del brote alemán de E. coli O104: H4 de 2011 se secuenciaba en el genoma en tres nuevas plataformas de secuenciación de laboratorio, comparando estas nuevas plataformas. [8] También ha demostrado que la secuenciación del genoma completo se puede utilizar para rastrear la propagación de bacterias resistentes [9] y para estudiar la aparición de resistencia a los antimicrobianos . [10]
Mediante análisis de muestras fecales del brote de E. coli O104: H4 alemán de 2011 y muestras de esputo de Gambia , Pallen demostró que la metagenómica puede utilizarse como un enfoque independiente del cultivo para el diagnóstico de infección bacteriana. [11] [12] Ha sido pionero en el uso de la metagenómica para abrir nuevas vías en la investigación del ADN antiguo, recuperando genomas de Mycobacterium tuberculosis de 200 años de antigüedad a partir de restos humanos y una secuencia del genoma medieval de Brucella . [13] [14] Con Vince Gaffney y Robin Allaby, ha aplicado la metagenómica de escopeta a muestras sedimentarias de ADN antiguo, mostrando la presencia de trigo en las Islas Británicas 2000 años antes de lo esperado. [15]
Pallen también ha utilizado la metagenómica para investigar el microbioma intestinal de pollo , el microbioma intestinal de pacientes en la unidad de cuidados intensivos y los microbios que habitan en las garrapatas. [16] [17] [18] Sus estudios sobre el microbioma intestinal de pollo lo llevaron a desarrollar un sistema para automatizar la creación de nombres taxonómicos para bacterias, lo que resultó en la creación de más de un millón de nombres nuevos. [19] [20] Esto fue seguido por la creación de más de 400 epítetos de especies para los virus bacterianos monocatenarios de sentido positivo en la familia Leviviridae . [21]
En marzo de 2021, Pallen sugirió en un artículo de Opinión en New Scientist que se debería encontrar una alternativa al uso de nombres geográficos para variantes de SARS-CoV-2 . [22] A principios de 2021, Pallen participó en un grupo de trabajo de la OMS , que ideó un esquema para nombrar variantes de SARS-CoV-2 después de letras del alfabeto griego . [23] [24]
De 2014 a 2020, Pallen fue Investigador Principal en el proyecto de computación en la nube de £ 8 millones financiado por MRC, Cloud Infrastructure for Microbial Bioinformatics (CLIMB) y es director del proyecto sucesor CLIMB-BIG-DATA . [25] [26] [27] [28] En 2020, el proyecto CLIMB recibió el premio HPCWire Readers 'Best High Performance Computing Collaboration Award por apoyar el análisis y la publicación de secuencias del genoma del corornavirus durante la pandemia de COVID-19 . [29]
Comprensión pública de la ciencia
Pallen es el autor de un libro de divulgación científica, The Rough Guide to Evolution . [30] A raíz del juicio de 2005 de Kitzmiller v. Distrito Escolar del Área de Dover , escribió una revisión con Nick Matzke , destacando la evidencia de que el flagelo bacteriano es una entidad evolucionada en lugar de diseñada. [31] Encargó y revisó por pares la Guía de evolución de rap de Baba Brinkman y fue responsable de reclutar a Alice Roberts para el puesto de Profesora de Participación Pública en Ciencias en la Universidad de Birmingham . En junio de 2011, Pallen apareció en un episodio de Melvin Bragg que está en nuestro tiempo el programa de radio. [32]
En 2018, Pallen publicó un libro sobre el brote de viruela de 1978 en el Reino Unido , Los últimos días de la viruela: tragedia en Birmingham , [33] que incluye una mezcla de ciencia popular y una narrativa histórica del brote y el posterior juicio.
Referencias
- ^ Alumnos distinguidos
- ^ Buenas lecturas de Fitz
- ^ Perfil de orador de Fleming-showcase Profesor Mark Pallen
- ^ "Una investigación sobre los vínculos entre la fase estacionaria y la virulencia en Salmonella enterica entercial serovar typhimurium. Tesis de doctorado, Imperial College London, 1998" .
- ^ Ganadores del desafío universitario - mayo de 1996
- ^ Mark Pallen (1995). "Guía de Internet: Introducción a Internet" . Revista médica británica . 311 (7017): 1422–4. doi : 10.1136 / bmj.311.7017.1422 . PMC 2544383 . PMID 8520280 .
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