En bioinformática , miRBase es una base de datos biológica que actúa como un archivo de secuencias y anotaciones de microARN . [1] [2] [3] [4] En septiembre de 2010, contenía información sobre 15.172 microARN. [1] Este número ha aumentado a 38.589 en marzo de 2018. [5] El registro miRBase proporciona un sistema centralizado para asignar nuevos nombres a los genes de microARN. [6]
Contenido | |
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Descripción | base de datos de microARN |
Contacto | |
Centro de Investigación | Universidad de Manchester |
Autores | Ana Kozomara |
Cita primaria | Kozomara & al. (2011) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2010 |
Acceso | |
Sitio web | www |
miRBase creció a partir del recurso de registro de microARN creado por Sam Griffiths-Jones en 2003. [7]
Según Ana Kozomara y Sam Griffiths-Jones, miRBase tiene cinco objetivos: [1]
- Proporcionar un sistema de nomenclatura coherente para los microARN.
- Proporcionar un lugar central para recopilar todas las secuencias de microARN conocidas.
- Proporcionar información legible por humanos y computadoras para cada microARN.
- Proporcionar evidencia primaria para cada microARN.
- Para agregar y vincular a la información del objetivo de microARN
MiRBase contiene miARN pertenecientes a varias especies pertenecientes a Alveolata , Chromalveolata , Metazoa , Mycetozoa , Viridiplantae y Virus . Para Viridiplantae , en la versión 21 (2014) hay datos disponibles para 73 especies . Esto incluye 4800 miARN maduros únicos y 8480 secuencias precursoras. [8]
La versión actual de MiRBase es la versión 22 (marzo de 2018).
Referencias
- ^ a b c d Kozomara, A .; Griffiths-Jones, S. (2010). "MiRBase: integración de anotación de microARN y datos de secuenciación profunda" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D152–7. doi : 10.1093 / nar / gkq1027 . PMC 3013655 . PMID 21037258 .
- ^ Griffiths-Jones, Sam (2010). "MiRBase: secuencias de microARN y anotación". Protocolos actuales en bioinformática . Capítulo 12. págs. Unidad 12.9.1–10. doi : 10.1002 / 0471250953.bi1209s29 . ISBN 978-0471250951. PMID 20205188 .
- ^ Griffiths-Jones, S .; Saini, HK; Van Dongen, S .; Muy bien, AJ (2007). "MiRBase: herramientas para la genómica de microARN" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D154–8. doi : 10.1093 / nar / gkm952 . PMC 2238936 . PMID 17991681 .
- ^ Griffiths-Jones, Sam (2006). "MiRBase: la base de datos de secuencia de MicroRNA". Protocolos de microARN . Métodos en Biología Molecular . 342 . págs. 129–38. doi : 10.1385 / 1-59745-123-1: 129 . ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372 .
- ^ "Notas de la versión de Mirbase 22" .
- ^ Griffiths-Jones, S .; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Muy bien, AJ (2006). "MiRBase: secuencias de microARN, dianas y nomenclatura de genes" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de la base de datos): D140–4. doi : 10.1093 / nar / gkj112 . PMC 1347474 . PMID 16381832 .
- ^ Griffiths-Jones S (enero de 2004). "El registro de microARN" . Ácidos nucleicos Res . 32 (Problema de la base de datos): D109–11. doi : 10.1093 / nar / gkh023 . PMC 308757 . PMID 14681370 .
- ^ Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (15 de noviembre de 2017). "Identificación de todo el genoma de miRNAs y lncRNAs en Cajanus cajan" . BMC Genomics . 18 (1): 878. doi : 10.1186 / s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164 . PMC 5688659 . PMID 29141604 .
enlaces externos
- miRBase