MicX sRNA (anteriormente conocido como A10 ) [1] es un pequeño RNA no codificante que se encuentra en Vibrio cholerae . [2] Se le dio el nombre de MicX ya que tiene una función similar a MicA, MicC y MicF en E. coli . [3] MicX sRNA regula negativamente una proteína de la membrana externa (codificada por VC0972 ) y también un componente de un transportador ABC (gen VC0620 ). [4] Estas interacciones se predijeron y luego se confirmaron mediante una micromatriz de ADN . [2]
ARNm de Vibrio cholerae MicX | |
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Identificadores | |
Símbolo | MicX |
Rfam | RF01808 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | ARNs |
Dominio (s) | Vibrio cholerae |
Estructuras PDB | PDBe |
MicX se identificó a través de una pantalla bioinformática de V. cholerae que se había predicho previamente. [1] Los niveles de transcripción de este ARNs se compararon en varias condiciones: se encontró que se expresaba en todos los medios probados ; medios más ricos transcripción ligeramente reducida; la represión de ciertos factores sigma (δ S y δ E ) no cambió la transcripción, pero se redujo drásticamente en ausencia de la proteína Hfq . [2] Esta observación está de acuerdo con otros patrones de expresión de sRNA. [5] [6]
El gen de ARN MicX se superpone con VCA0943 , un gen que codifica una permeasa transportadora de maltosa , pero la ribonucleasa ARNasa E procesa la transcripción MicX para crear una forma activa y estable que contiene solo el VCA0943 3 ′ UTR . [2]
Ver también
Referencias
- ↑ a b Livny J, Fogel MA, Davis BM, Waldor MK (2005). "sRNAPredict: un enfoque computacional integrador para identificar sRNA en genomas bacterianos" . Investigación de ácidos nucleicos . 33 (13): 4096–4105. doi : 10.1093 / nar / gki715 . PMC 1180744 . PMID 16049021 .
- ^ a b c d Davis BM, Waldor MK (julio de 2007). "El procesamiento dependiente de RNasa E estabiliza MicX, un sRNA de Vibrio cholerae" . Microbiología molecular . 65 (2): 373–385. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2007.05796.x . PMC 1976385 . PMID 17590231 .
- ^ Mizuno T, Chou MY, Inouye M (abril de 1984). "Un mecanismo único que regula la expresión génica: inhibición de la traducción por una transcripción de ARN complementario (micRNA)" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 81 (7): 1966-1970. doi : 10.1073 / pnas.81.7.1966 . PMC 345417 . PMID 6201848 .
- ^ Song T, Mika F, Lindmark B, Liu Z, Schild S, Bishop A, Zhu J, Camilli A, Johansson J, Vogel J, Wai SN (octubre de 2008). "Un nuevo sRNA de Vibrio cholerae modula la colonización y afecta la liberación de vesículas de la membrana externa" . Microbiología molecular . 70 (1): 100-111. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2008.06392.x . PMC 2628432 . PMID 18681937 .
- ^ Sledjeski DD, Whitman C, Zhang A (marzo de 2001). "Hfq es necesaria para la regulación por el ARN no traducido DsrA" . Revista de bacteriología . 183 (6): 1997–2005. doi : 10.1128 / JB.183.6.1997-2005.2001 . PMC 95095 . PMID 11222598 .
- ^ Massé E, Escorcia FE, Gottesman S (octubre de 2003). "Degradación acoplada de un pequeño ARN regulador y sus objetivos de ARNm en Escherichia coli" . Genes y desarrollo . 17 (19): 2374–2383. doi : 10.1101 / gad.1127103 . PMC 218075 . PMID 12975324 .
Otras lecturas
- Gottesman S (2004). "Los pequeños reguladores de ARN de Escherichia coli: funciones y mecanismos *" (PDF) . Revisión anual de microbiología . 58 : 303–328. doi : 10.1146 / annurev.micro.58.030603.123841 . PMID 15487940 .
- Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jänicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (abril de 2010). "Un estudio de todo el genoma de ARNs en la alfa-proteobacteria simbiótica fijadora de nitrógeno Sinorhizobium meliloti" . BMC Genomics . 11 : 245. doi : 10.1186 / 1471-2164-11-245 . PMC 2873474 . PMID 20398411 .
- Sittka A, Sharma CM, Rolle K, Vogel J (julio de 2009). "La secuenciación profunda de ARN de Salmonella asociado con proteínas Hfq heterólogas in vivo revela ARN pequeños como una clase objetivo principal e identifica fenotipos de procesamiento de ARN" . Biología del ARN . 6 (3): 266–275. doi : 10.4161 / rna.6.3.8332 . PMID 19333007 .
enlaces externos
- Página de ARNm de MicX Vibrio cholerae en Rfam