El formato de archivo extensible NEXUS se usa ampliamente en bioinformática . Almacena información sobre taxones, caracteres morfológicos y moleculares, distancias, códigos genéticos, suposiciones, conjuntos, árboles, etc. [1] Varios programas filogenéticos populares como PAUP * , [2] MrBayes , [3] Mesquite, [4] MacClade [5] y SplitsTree [6] utilizan este formato.
Extensiones de nombre de archivo | generalmente .nex o.nxs |
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Tipo de medio de Internet | aplicación / secuencia de octetos |
número mágico | '#NEXUS\n' |
Desarrollado por | Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP |
Versión inicial | Diciembre de 1997 |
Tipo de formato | bioinformática |
¿ Formato abierto ? | sí |
Sintaxis
Un archivo NEXUS se compone de un encabezado fijo #NEXUS
seguido de varios bloques. Cada bloque comienza con BEGIN block_name;
y termina con END;
. Las palabras clave no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Los comentarios se incluyen entre corchetes [...]
. [7]
Hay algunos nombres de bloque predefinidos para tipos comunes de datos. Los ejemplos incluyen: [7]
- Bloque TAXA
- El bloque TAXA contiene información sobre taxones.
- Bloque de datos
- El bloque de DATOS contiene la matriz de datos (por ejemplo, alineación de secuencia).
- Bloque ARBOLES
- El bloque TREES contiene árboles filogenéticos descritos utilizando el formato Newick , por ejemplo
((A,B),C);
:
El siguiente ejemplo utiliza los tres tipos de bloques anteriores:
#NEXOComience TAXA; Dimensiones ntax = 4; TaxLabels SpaceEspacio para perrosEspacio para gatosEspacio para orcosElfFinal;Comenzar datos; Dimensiones nchar = 15; Formato tipo de datos = falta de adn =? gap = - matchchar = .; Matriz [Cuando una posición es un "matchchar", significa que es la misma que la primera entrada en la misma posición. ] SpaceDog atgctagctagctcg SpaceCat ......??...-.a. SpaceOrc ... t .......-. g. [igual que atgttagctag-tgg] SpaceElf ...ejército de reserva. ;Final;COMIENZA LOS ÁRBOLES; Árbol árbol1 = (((SpaceDog, SpaceCat), SpaceOrc, SpaceElf));FINAL;
Ver también
Referencias
- ^ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (1997). "NEXUS: un formato de archivo extensible para información sistemática". Biología sistemática . 46 (4): 590–621. doi : 10.1093 / sysbio / 46.4.590 . PMID 11975335 .
- ^ PAUP * Archivado 2006-09-03 en Wayback Machine - Análisis filogenético usando parsimonia * y otros métodos
- ^ MrBayes
- ^ Mesquite: un sistema modular para el análisis evolutivo
- ^ MacClade
- ^ Huson y Bryant, Aplicación de redes filogenéticas en estudios evolutivos, Mol Biol Evol (2005) 23 (2): 254-267. https://doi.org/10.1093/molbev/msj030
- ^ a b Especificación detallada de NEXUS
enlaces externos
- Formato de archivo NEXUS : explicación detallada con muchos ejemplos
- Formato NEXUS : una buena descripción del formato y sus usos en el campo.
- Convertidor de Nexus a phyloXML
- NeXML
- Convertidor de Nexus a Fasta