PAUP * ( P hylogenetic A nálisis T cantar P arsimony * y otros métodos) es un filogenética computacional programa para inferir árboles evolutivos ( filogenia ), escrito por David L. Swofford. Originalmente, como su nombre lo indica, PAUP solo implementaba parsimonia , pero a partir de la versión 4.0 (cuando el programa se conoció como PAUP *) también admite métodos de matriz de distancia y verosimilitud . La versión 3.0 se ejecutó en computadoras Macintosh y admitió una interfaz gráfica rica y fácil de usar. Junto con el programa MacClade , [1]con el que comparte el formato de datos NEXUS, [2] PAUP * fue el software filogenético elegido por muchos filogenetistas. [3]
Autor (es) original (es) | David L. Swofford |
---|---|
Lanzamiento estable | 4.0b10 |
Versión de vista previa | 4.0a164 |
Escrito en | C |
Sistema operativo | Macintosh, Windows, tipo Unix |
Plataforma | Multiplataforma |
Tipo | Ciencias |
Licencia | cuasi-comercial |
Sitio web | PAUP * |
La versión 4.0 agregó soporte para plataformas Windows (shell gráfico y línea de comandos) y Unix (solo línea de comandos). Sin embargo, la interfaz gráfica de usuario para Macintosh no admite versiones de Mac OS X superiores a 10.14 (aunque se prevé una GUI para versiones posteriores de Mac OS). PAUP * también está disponible como complemento para Geneious . PAUP *, que ahora luce el título autorreferencial de PAUP * (* Análisis filogenético usando PAUP), se está actualizando rápidamente y ahora incluye el método de "árbol de especies" SVDquartets, [4] [5] además de parsimonia, verosimilitud y métodos a distancia para filogenia.
Referencias
- ↑ Maddison DR, Maddision WP (8 de febrero de 2001). MacClade 4: Análisis de la filogenia y la evolución del carácter . ISBN 0-8789-3470-7. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2011 . Consultado el 8 de diciembre de 2015 .
- ^ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (diciembre de 1997). "NEXUS: un formato de archivo extensible para información sistemática". Biología sistemática . 46 (4): 590–621. doi : 10.1093 / sysbio / 46.4.590 . PMID 11975335 .
- ^ Salón BG (2001). Árboles filogenéticos simplificados . Asociados Sinauer. ISBN 0-8789-3311-5.
- ^ Chifman J, Kubatko L (diciembre de 2014). "Cuarteto de inferencia de datos SNP bajo el modelo coalescente" . Bioinformática . 30 (23): 3317–24. doi : 10.1093 / bioinformatics / btu530 . PMC 4296144 . PMID 25104814 .
- ^ Chifman J, Kubatko L (junio de 2015). "Identificabilidad de la topología del árbol de especies sin raíces bajo el modelo coalescente con procesos de sustitución reversibles en el tiempo, variación de la tasa específica del sitio y sitios invariables". Revista de Biología Teórica . 374 : 35–47. arXiv : 1406.4811 . doi : 10.1016 / j.jtbi.2015.03.006 . PMID 25791286 . S2CID 17167792 .