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La Ontología para Investigaciones Biomédicas ( OBI ) es una ontología integrada de acceso abierto para la descripción de investigaciones biológicas y clínicas. [1] OBI proporciona un modelo para el diseño de una investigación, los protocolos e instrumentación utilizados, los materiales utilizados, los datos generados y el tipo de análisis que se realiza. El proyecto se está desarrollando como parte de OBO Foundryy como tal se adhiere a todos los principios en el mismo, como la cobertura ortogonal (es decir, una clara delimitación de otras ontologías de miembros de la fundición) y el uso de un lenguaje formal común. En OBI, el lenguaje formal común que se utiliza es el lenguaje de ontología web (OWL). En marzo de 2008, se puso a disposición una versión preliminar de la ontología en el repositorio SVN del proyecto . [2]

Alcance

La Ontología para Investigaciones Biomédicas (OBI) aborda la necesidad de vocabularios controlados para apoyar la integración y el análisis conjunto ("cross-ómics") de datos experimentales, una necesidad identificada originalmente en el dominio de la transcriptómica por la Sociedad FGED , que desarrolló la Ontología MGED como un recurso de anotación para datos de microarrays. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, et al. (Noviembre de 2007). "The OBO Foundry: evolución coordinada de ontologías para apoyar la integración de datos biomédicos" . Biotecnología de la naturaleza . 25 (11): 1251–5. doi : 10.1038 / nbt1346 . PMC  2814061 . PMID  17989687 .OBI usa la ontología formal básica [3] ontología de nivel superior como un medio para describir entidades generales que no pertenecen a un dominio de problema específico. Como tal, todas las clases OBI son una subclase de alguna clase BFO.

La ontología tiene el alcance de modelar todas las investigaciones biomédicas y, como tal, contiene términos de ontología para aspectos tales como:

Aspectos menos `` concretos '' como el papel que una entidad determinada puede desempeñar en un escenario particular (por ejemplo, el papel de un compuesto químico en un experimento) y la función de una entidad (por ejemplo, la función digestiva del estómago para nutrir el cuerpo ) también se tratan en la ontología.

Consorcio OBI

La Ontología MGED fue identificada originalmente en el dominio de la transcriptómica por la Sociedad FGED y fue desarrollada para abordar las necesidades de integración de datos. A raíz de una decisión mutua de colaborar, este esfuerzo después se convirtió en una colaboración más amplia entre grupos tales como FGED, PSI y MSI en respuesta a las necesidades de las áreas tales como la transcriptómica, la proteómica y la metabolómica y el fugo (Genómica Funcional de Investigación ontología) [4] era creado. Más tarde se convirtió en el OBI que cubre el alcance más amplio de todas las investigaciones biomédicas.

Como iniciativa internacional entre dominios, el consorcio OBI se basa en un grupo de expertos de una variedad de campos, que no se limitan a la biología. La lista actual de miembros del consorcio OBI está disponible en el sitio web del consorcio OBI. El consorcio está formado por un comité de coordinación que es una combinación de dos subgrupos, el Representante de la comunidad (los que representan a una comunidad biomédica en particular) y los Desarrolladores centrales (desarrolladores de ontologías que pueden o no ser miembros de una sola comunidad). Separado del comité de coordinación está el Grupo de Trabajo de Desarrolladores que consiste en desarrolladores dentro de las comunidades que colaboran en el desarrollo de OBI a discreción de los miembros actuales del Consorcio OBI.

Artículos sobre OBI

  • Brinkman RR, Courtot M, Derom D, Fostel JM, He Y, Lord P, et al. (Junio ​​de 2010). "Modelado de procesos experimentales biomédicos con OBI" . Revista de semántica biomédica . 1 Supl. 1: S7. doi : 10.1186 / 2041-1480-1-S1-S7 . PMC  2903726 . PMID  20626927 .
  • Courtot M, Bug WJ, Gibson F, Lister AL, Malone J, Schober D, Brinkman RR, Ruttenberg A (1 de enero de 2008). El búho de las investigaciones biomédicas . Actas del Quinto Taller Búho sobre Búho: Experiencias y Direcciones. pag. 432. CiteSeerX  10.1.1.142.9206 .
  • Zheng J, Manduchi E, Stoeckert Jr CJ (7 de julio de 2013). "Desarrollo de una Ontología de Aplicación para Genómica de Células Beta basada en la Ontología para Investigaciones Biomédicas" (PDF) . ICBO : 62–67.
  • Dumontier M, Baker CJ, Baran J, Callahan A, Chepelev L, Cruz-Toledo J, et al. (Marzo del 2014). "La Ontología Integrada de Semanticscience (SIO) para la investigación biomédica y el descubrimiento del conocimiento" . Revista de semántica biomédica . 5 (1): 14. doi : 10.1186 / 2041-1480-5-14 . PMC  4015691 . PMID  24602174 .
  • Klingström T, Soldatova L, Stevens R, Roos TE, Swertz MA, Müller KM, et al. (Enero 2013). "Taller sobre estándares de protocolo de laboratorio para la Base de Datos de Métodos Moleculares". Nueva biotecnología . 30 (2): 109-13. doi : 10.1016 / j.nbt.2012.05.019 . PMID  22687389 .
  • Soldatova LN, King RD, Basu PS, Haddi E, Saunders N (octubre de 2013). "La representación de protocolos biomédicos". Revista EMBnet . 19 (B): 56–8. doi : 10.14806 / ej.19.B.730 .

Referencias

  1. ^ Bandrowski A, Brinkman R, Brochhausen M, Brush MH, Bug B, Chibucos MC, et al. (29 de abril de 2016). Xue Y (ed.). "La ontología para investigaciones biomédicas" . PLOS ONE . 11 (4): e0154556. Código bibliográfico : 2016PLoSO..1154556B . doi : 10.1371 / journal.pone.0154556 . PMC 4851331 . PMID 27128319 .  
  2. ^ Ontología para investigaciones biomédicas (OBI) | Casa
  3. ^ "Ontología formal básica (BFO)" . Instituto de Ontología Formal y Ciencias de la Información Médica . Universität des Saarlandes.
  4. ^ Whetzel, PL y col. Desarrollo de FuGO: una ontología para investigaciones de genómica funcional. OMICS 10, 199–204

Enlaces externos

  • "La página de inicio del proyecto del Consorcio OBI" .
  • "La página de inicio del repositorio SVN del Consorcio OBI" .