La subfamilia de proteínas es un nivel de clasificación de proteínas , basado en su estrecha relación evolutiva . Está por debajo de los niveles más grandes de la superfamilia de proteínas y la familia de proteínas . [1]
Las proteínas suelen compartir más similitudes de secuencia y función con otros miembros de la subfamilia que con los miembros de su familia más amplia. [1] [2] Por ejemplo, en el sistema de clasificación SCOP , los miembros de una subfamilia comparten las mismas interfaces de interacción y socios de interacción . [3] Estos son criterios más estrictos que para una familia, donde los miembros tienen estructuras similares, pero pueden tener una relación más lejana y, por lo tanto, tener interfaces diferentes. Las subfamilias se asignan mediante una variedad de métodos, incluida la similitud de secuencia , [4] motivos vinculados a la función, [5] o clado filogenético. [6] [7]No existe una distinción exacta y consistente entre una subfamilia y una familia. En ocasiones, el mismo grupo de proteínas puede describirse como una familia o una subfamilia, según el contexto.
Referencias
- ^ a b "¿Qué son las familias de proteínas?" . Tren EMBL-EBI en línea . 2011-11-18 . Consultado el 8 de marzo de 2018 .
- ^ Das, Sayoni; Orengo, Christine A. (2016). "Anotación de la función de la proteína utilizando recursos de la familia del dominio de la proteína" (PDF) . Métodos . 93 : 24–34. doi : 10.1016 / j.ymeth.2015.09.029 . PMID 26434392 .
- ^ Rausell, Antonio; Juan David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2 de febrero de 2010). "Interacciones de proteínas y unión de ligandos: de subfamilias de proteínas a especificidad funcional" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 107 (5): 1995–2000. doi : 10.1073 / pnas.0908044107 . PMC 2808218 . PMID 20133844 .
- ^ Brown, Duncan P .; Krishnamurthy, Nandini; Sjölander, Kimmen (17 de agosto de 2007). "Identificación y clasificación automatizada de subfamilias de proteínas" . PLOS Biología Computacional . 3 (8): e160. doi : 10.1371 / journal.pcbi.0030160 . ISSN 1553-7358 . PMC 1950344 . PMID 17708678 .
- ^ Eisen, Jonathan A .; Sweder, Kevin S .; Hanawalt, Philip C. (25 de julio de 1995). "Evolución de la familia de proteínas SNF2: subfamilias con distintas secuencias y funciones" . Investigación de ácidos nucleicos . 23 (14): 2715–2723. doi : 10.1093 / nar / 23.14.2715 . ISSN 0305-1048 . PMC 307096 . PMID 7651832 .
- ^ Mimbre, Nicolás; Perrin, Guy René; Thierry, Jean Claude; Poch, Olivier (1 de agosto de 2001). "Secador: un programa para inferir subfamilias de proteínas de árboles filogenéticos" . Biología Molecular y Evolución . 18 (8): 1435-1441. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a003929 . ISSN 0737-4038 .
- ^ Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T .; Thomas, Paul D. (4 de enero de 2016). "PANTHER versión 10: funciones y familias de proteínas ampliadas y herramientas de análisis" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D336 – D342. doi : 10.1093 / nar / gkv1194 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702852 . PMID 26578592 .
enlaces externos
- SCOP DB en Cambridge, Reino Unido
- Estructura de la proteína CATH DB