RaptorX es un software y servidor web para la predicción de la estructura y función de las proteínas que es gratuito para uso no comercial. RaptorX se encuentra entre los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas. [1] [2] [3] [4] [5] Al igual que otras técnicas de reconocimiento remoto de homología / enhebrado de proteínas, RaptorX es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando el ampliamente utilizado PSI-BLAST no puede. Sin embargo, RaptorX también es significativamente diferente de los métodos basados en perfiles (p. Ej., HHPred y Phyre2) en el sentido de que RaptorX sobresale en el modelado de secuencias de proteínas sin un gran número de homólogos de secuencia al explotar la información de la estructura. RaptorX Server ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para usuarios inexpertos en métodos de predicción de estructura de proteínas.
Desarrollador (es) |
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Versión inicial | 2012 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Herramienta bioinformática para la predicción de la estructura de proteínas. |
Licencia | No comercial, caso por caso |
Sitio web | raptorx |
Descripción
El proyecto RaptorX se inició en 2008 y RaptorX Server [6] se lanzó al público en 2011.
Uso estándar
Después de pegar una secuencia de proteínas en el formulario de envío de RaptorX, un usuario normalmente esperará un par de horas (según la duración de la secuencia) para que se complete una predicción. Se envía un correo electrónico al usuario junto con un enlace a una página web de resultados. RaptorX Server actualmente genera los siguientes resultados: predicción de estructura secundaria de 3 y 8 estados, alineación de plantilla de secuencia, predicción de estructura 3D, predicción de accesibilidad a solventes, predicción de desorden y predicción de sitio de unión. Los resultados previstos se muestran para respaldar el examen visual. Los archivos de resultados también están disponibles para su descarga.
RaptorX Server también produce algunas puntuaciones de confianza que indican la calidad de los modelos 3D predichos (en ausencia de sus correspondientes estructuras nativas). Por ejemplo, produce un valor P para la calidad global relativa de un modelo 3D, GDT (Prueba de distancia global) y uGDT (GDT sin normalizar) para la calidad global absoluta de un modelo 3D y RMSD por posición para la calidad local absoluta en cada residuo. de un modelo 3D.
Aplicaciones y rendimiento
Las aplicaciones de RaptorX incluyen la predicción de la estructura de la proteína, la predicción de la función, el alineamiento de la secuencia-estructura de la proteína, la clasificación evolutiva de las proteínas, la mutagénesis dirigida al sitio guía y la resolución de las estructuras cristalinas de la proteína mediante el reemplazo molecular . En el experimento de predicción ciega de la estructura de la proteína CASP 9, RaptorX ocupó el segundo lugar entre unos 80 servidores automáticos de predicción de la estructura. RaptorX también generó las mejores alineaciones para los 50 objetivos CASP 9 TBM (modelado basado en plantillas) más difíciles . en CASP 10, RaptorX es el único grupo de servidores entre los 10 principales grupos humanos / servidores para los 15 objetivos CASP 10 TBM más difíciles .
Historia
RaptorX es el sucesor del sistema de predicción de la estructura de la proteína RAPTOR. RAPTOR fue diseñado y desarrollado por el Dr. Jinbo Xu y el Dr. Ming Li en la Universidad de Waterloo. RaptorX fue diseñado y desarrollado por un grupo de investigación dirigido por el profesor Jinbo Xu en el Instituto Tecnológico de Toyota en Chicago.
Ver también
Referencias
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (octubre de 2011). "RaptorX: explotación de información de estructura para la alineación de proteínas por inferencia estadística" . Las proteínas . 79 (Supl. 10): 161–71. doi : 10.1002 / prot.23175 . PMC 3226909 . PMID 21987485 .
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (julio de 2010). "Enhebrado de proteínas de baja homología" . Bioinformática . 26 (12): i294 – i300. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq192 . PMC 2881377 . PMID 20529920 .
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (abril de 2011). "un enfoque de plantilla múltiple para el enhebrado de proteínas" . Las proteínas . 79 (6): 1930-1939. doi : 10.1002 / prot.23016 . PMC 3092796 . PMID 21465564 .
- ^ Peng, Jian; Jinbo Xu (enero de 2009). "Aumento de la precisión del enhebrado de proteínas" . Apuntes de conferencias en informática . 5541 : 31–45. doi : 10.1007 / 978-3-642-02008-7_3 . ISBN 978-3-642-02007-0. PMC 3325114 . PMID 22506254 .
- ^ Ma, Jianzhu; Sheng Wang; Jinbo Xu (junio de 2012). "Un modelo de campos neuronales condicionales para el enhebrado de proteínas" . Bioinformática . 28 (12): i59-66. doi : 10.1093 / bioinformatics / bts213 . PMC 3371845 . PMID 22689779 .
- ^ Källberg, Morten; Haipeng Wang; Sheng Wang; Jian Peng; Zhiyong Wang; Hui Lu; Jinbo Xu (julio de 2012). "Modelado de estructuras de proteínas basadas en plantillas utilizando el servidor web RaptorX" . Protocolos de la naturaleza . 7 (8): 1511-1522. doi : 10.1038 / nprot.2012.085 . PMC 4730388 . PMID 22814390 .
enlaces externos
- Servidor web RaptorX para la predicción de estructuras y funciones
- Sitio web CASP
- otro software de bioinformática estructural