Esta lista de software de predicción de la estructura de la proteína resume las herramientas de software más utilizadas en la predicción de la estructura de la proteína , incluido el modelado de homología , el enhebrado de proteínas , los métodos ab initio , la predicción de la estructura secundaria y la predicción de la hélice transmembrana y el péptido señal.
Lista de software
A continuación se muestra una lista que separa los programas según el método utilizado para la predicción de la estructura.
Modelado de homología
Nombre | Método | Descripción | Enlace | Fecha de lanzamiento |
---|---|---|---|---|
IntFOLD | Una interfaz unificada para: predicción de estructuras terciarias / modelado 3D, evaluación de la calidad del modelo 3D, predicción de trastornos intrínsecos, predicción de dominios, predicción de residuos de unión proteína-ligando | Servidor web automatizado y algunos programas descargables | servidor y descargas | |
RaptorX | detección remota de homología, modelado de proteínas en 3D, predicción de sitios de unión | Servidor web automatizado y programa descargable | servidor y descarga | |
Biskit | envuelve los programas externos en un flujo de trabajo automatizado | Búsqueda BLAST , alineación T-Coffee y construcción MODELLER | Sitio del proyecto | |
ESyPred3D | Detección de plantillas, alineación, modelado 3D | Servidor web automatizado | servidor | |
FoldX | Cálculos de energía y diseño de proteínas. | Programa descargable | descargar | |
Phyre y Phyre2 | Detección remota de plantillas, alineación, modelado 3D, múltiples plantillas, ab initio | Servidor web con administrador de trabajos, biblioteca plegable actualizada automáticamente, búsqueda de genoma y otras facilidades | servidor | |
HHpred | Detección de plantillas, alineación, modelado 3D | Servidor web interactivo con función de ayuda | artículo de descarga del servidor | |
MODELADOR | Satisfacción de las restricciones espaciales | Programa independiente principalmente en Fortran y Python | descargar servidor | |
CONFOLD | Satisfacción de las restricciones de contacto y distancia. | Programa independiente principalmente en Fortran y Perl | descargar | |
MOE (entorno operativo molecular) | Identificación de plantillas, uso de múltiples plantillas y contabilidad para otros entornos (por ejemplo, volúmenes de ligandos excluidos), modelado de bucles, bibliotecas de rotámeros para conformaciones de cadenas laterales, relajación mediante campos de fuerza MM. | Plataforma propietaria, compatible con Windows, Linux y Mac | sitio | |
ROBETTA | Modelado de homología de Rosetta y ensamblaje de fragmentos ab initio con predicción de dominio de Ginzu | Servidor web | servidor | |
BHAGEERATH-H | Combinación de métodos de homología y plegamiento ab initio | Predicciones de la estructura terciaria de las proteínas | servidor | |
MODELO SUIZO | Similitud local / ensamblaje de fragmentos | Servidor web automatizado (basado en ProModII) | servidor | |
Yasara | Detección de plantillas, alineación, modelado incl. ligandos y oligómeros, hibridación de fragmentos modelo | Interfaz gráfica o modo texto (clústeres) | Página de inicio CASP8 resultados | |
AWSEM-Suite | Simulación de dinámica molecular basada en paisajes de plegado optimizados mejorados coevolutivamente guiados por plantillas [1] | Servidor web automatizado | servidor |
Reconocimiento de enhebrado / plegado
Nombre | Método | Descripción | Enlace | Fecha de lanzamiento |
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IntFOLD | Una interfaz unificada para: predicción de estructuras terciarias / modelado 3D, evaluación de la calidad del modelo 3D, predicción de trastornos intrínsecos, predicción de dominios, predicción de residuos de unión proteína-ligando | Servidor web automatizado y algunos programas descargables | servidor y descargas | |
RaptorX | Detección remota de plantillas, subprocesos de plantilla única y de múltiples plantillas, totalmente diferente y mucho mejor que el antiguo programa RAPTOR diseñado por el mismo grupo | Servidor web con administrador de trabajos, biblioteca de pliegues actualizada automáticamente | servidor de descargas | |
HHpred | Detección de plantillas, alineación, modelado 3D | Servidor web interactivo con función de ayuda | artículo de descarga del servidor | |
Phyre y Phyre2 | Detección remota de plantillas, alineación, modelado 3D, múltiples plantillas, ab initio | Servidor web con administrador de trabajos, biblioteca plegable actualizada automáticamente, búsqueda de genoma y otras facilidades | servidor |
Predicción de la estructura ab initio
Nombre | Método | Descripción | Enlace | Fecha de lanzamiento |
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trRosetta | trRosetta es un algoritmo para la predicción de la estructura de la proteína de novo rápida y precisa. Construye la estructura de la proteína basada en minimizaciones directas de energía con una Rosetta restringida. Las restricciones incluyen distribuciones de orientación y distancia entre residuos, predichas por una red neuronal residual profunda. | Servidor web y códigos fuente. Se tarda aproximadamente una hora en plegar las proteínas con ~ 300 AA | Servidor descargar | |
I-TASSER | Reensamblaje de la estructura del fragmento de roscado | Servidor en línea para modelado de proteínas | Servidor descargar | |
ROBETTA | Modelado de homología de Rosetta y ensamblaje de fragmentos ab initio con predicción de dominio de Ginzu | Servidor web | servidor | |
Rosetta en casa | Implementación de computación distribuida del algoritmo de Rosetta | Programa descargable | pagina principal | |
Abulón | Plegado de dinámica molecular | Programa | Ejemplo |
Predicción de estructura secundaria
Se puede encontrar una lista detallada de programas en Lista de programas de predicción de estructuras secundarias de proteínas
Ver también
- Lista de programas de predicción de estructuras secundarias de proteínas
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
- Lista de software para el modelado de mecánica molecular
- Software de diseño molecular
- Diseño de proteínas
Enlace externo
- bio.tools , encontrando más herramientas
Referencias
- ^ Jin, Shikai; Contessoto, Vinicius G; Chen, Mingchen; Schafer, Nicholas P; Lu, Wei; Chen, Xun; Bueno, Carlos; Hajitaheri, Arya; Sirovetz, Brian J; Davtyan, Aram; Papoian, Garegin A; Tsai, Min-Yeh; Wolynes, Peter G (2 de julio de 2020). "AWSEM-Suite: un servidor de predicción de la estructura de proteínas basado en paisajes de plegado optimizados mejorados coevolucionarios guiados por plantillas" . Investigación de ácidos nucleicos . 48 (W1): W25 – W30. doi : 10.1093 / nar / gkaa356 . PMC 7319565 . PMID 32383764 .