El factor de intercambio de nucleótidos SIL1 es una proteína que en humanos está codificada por el gen SIL1 . [5] [6] [7] [8]
Este gen codifica un retículo endoplásmico (ER) residente, una glicoproteína ligada a N con una secuencia de orientación al ER N-terminal, 2 sitios de glicosilación N putativos y una señal de retención del ER C-terminal. Esta proteína funciona como un factor de intercambio de nucleótidos para otra proteína de respuesta de proteína desplegada. Las mutaciones en este gen se han asociado con el síndrome de Marinesco-Sjogren . Se han caracterizado variantes de empalme transcripcional alternativas. [8]
A mediados de la década de 1990, varios laboratorios descubrieron de forma independiente Sil1 en tres organismos diferentes. Se utilizó una pantalla de letalidad condicional en la levadura Yarrowia lipolytica para detectar componentes celulares que interactuaron con el ARN 7S o la partícula de reconocimiento de señal (SRP) durante la translocación cotraduccional, lo que condujo a la identificación del gen Sls1p . Sls1p es una proteína ER-luminal de 54 kDa que contiene una secuencia de señal N-terminal y un motivo de retención de ER C-terminal. [9]Sls1p se fraccionó con la fracción membranosa y se demostró que interactúa con el aparato de translocación Sec61p. Sls1p fue inducida por estrés de ER, como choque térmico o inhibición de la glicosilación, y su eliminación resultó en una disminución de la maduración de las proteínas secretoras. Esta proteína también se unió a la forma unida a ADP de Kar2p, el homólogo de levadura de BiP, y estimuló su interacción con Sec63 , un miembro de la familia DnaJ y un componente translocon. La interrupción de la interacción entre Sls1p y Kar2p afectó significativamente la secreción de una proteína informadora, lo que llevó a los investigadores a concluir que Sls1p ayudó a BiP en la translocación de proteínas nacientes a la luz del RE. Otro grupo que trabaja con Saccharomyces cerevisiaellevó a cabo una selección de genes que suprimirían el grave defecto de crecimiento observado en los mutantes dobles de levadura Δ Ire1 Δ Lhs1 cuando se sobreexpresaban y denominó a este gen el supresor de la deleción 1 de I re1 y L hs1 (Sil1). Se demostró que Sil1p es un homólogo de Sls1p y una deleción combinada de Sil1p y Lhs1 (levadura GRP170) demostró ser letal después de causar un bloqueo total en la translocación de proteínas en la sala de emergencias. Se descubrió SIL1 de mamífero (humano) en una pantalla de dos híbridos de levadura destinada a identificar proteínas que interactuaban con un dominio ATPasa mutante de BiP y se denominó inicialmente proteína asociada a BiP (BAP). El análisis de secuencia reveló que BAP es un homólogo de mamífero de Sls1p y Sil1p y es similar a la proteína de unión a HSP70 citosólica , HSPBP1. Los datos bioquímicos demostraron además que BAP también tenía actividad NEF para BiP .
Los datos estructurales de la levadura Sil1p revelaron una forma molecular alargada, similar a un "frijol", que consta de 16 hélices α (A1–A16) y carece de láminas β. Las hélices centrales A3-A14 forman las repeticiones tipo armadillo (ARM) (ARM1-ARM4), que llevan el nombre de las que se encuentran en la β-catenina. Cada repetición ARM se compone de tres hélices α que forman una superhélice. Una estructura cristalina de levadura Sil1p complejada con el NBD unido a ADP de Kar2p/BiP reveló que el dominio ARM de Sil1p envuelve el lóbulo IIb del NBD de BiP y establece contactos adicionales con el lóbulo Ib. Esta interacción hace que los lóbulos Ib y IIb giren alejándose uno del otro, lo que lleva a la liberación de ADP. Las mutaciones puntuales en el sitio de interacción con Sil1p del NBD de Kar2p interrumpieron específicamente la unión de Sil1p pero conservaron la capacidad de Kar2p para interactuar con Lhs1/GRP170, el otro ER NEF, proporcionando la primera indicación de que sus mecanismos de actividad NEF eran diferentes. El mapeo de homología y las comparaciones con la estructura de la HSPBP1 citosólica indicaron que la región de SIL1 codificada por los exones 6 y 9 constituye los principales sitios de unión de BiP, y el exón 10 codifica un sitio de interacción menor.