Polimorfismo de nucleótido simple
De Wikipedia, la enciclopedia libre
  (Redirigido desde la mutación SNP )
Saltar a navegación Saltar a búsqueda
"SNP" vuelve a dirigir aquí. Para el singular, vea SNP (desambiguación) .
La molécula de ADN superior difiere de la molécula de ADN inferior en una ubicación de un solo par de bases (un polimorfismo G / A)

En genética , un polimorfismo de un solo nucleótido ( SNP / s n ɪ p / ; SNP plurales / s n ɪ p s / ) es una sustitución de la línea germinal de un solo nucleótido en una posición específica del genoma . Aunque ciertas definiciones requieren que la sustitución esté presente en una fracción suficientemente grande de la población (por ejemplo, 1% o más), [1] muchas publicaciones [2] [3] [4] no aplican tal umbral de frecuencia.

Por ejemplo, en una posición base específica en el genoma humano, el nucleótido G puede aparecer en la mayoría de los individuos, pero en una minoría de individuos, la posición está ocupada por una A . Esto significa que hay un SNP en esta posición específica, y se dice que las dos posibles variaciones de nucleótidos, G o A, son los alelos para esta posición específica.

Los SNP señalan diferencias en nuestra susceptibilidad a una amplia gama de enfermedades (por ejemplo, anemia de células falciformes , β-talasemia y fibrosis quística ). [5] [6] [7] La gravedad de la enfermedad y la forma en que el cuerpo responde a los tratamientos también son manifestaciones de variaciones genéticas causadas por SNP. Por ejemplo, una mutación de base única en el gen APOE ( apolipoproteína E ) se asocia con un riesgo menor de enfermedad de Alzheimer . [8]

Una variante de un solo nucleótido ( SNV ) es una variación en un solo nucleótido. Los SNV se diferencian de los SNP en que un SNV puede ser somático [9] y puede ser causado por cáncer, [10] pero un SNP tiene que segregarse en la población de organismos de una especie. Los SNV también surgen comúnmente en el diagnóstico molecular, como el diseño de cebadores de PCR para detectar virus, en los que la muestra de ARN o ADN viral puede contener SNV.

Tipos

Tipos de SNP
  • Región no codificante
  • Región de codificación
    • Sinónimo
    • No sinónimo
      • Sin sentido
      • Disparates
Tipos de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)

Los polimorfismos de un solo nucleótido pueden caer dentro de secuencias codificantes de genes , regiones no codificantes de genes o en regiones intergénicas (regiones entre genes). Los SNP dentro de una secuencia codificante no cambian necesariamente la secuencia de aminoácidos de la proteína que se produce, debido a la degeneración del código genético .

Los SNP en la región de codificación son de dos tipos: SNP sinónimos y no sinónimos. Los SNP sinónimos no afectan la secuencia de la proteína, mientras que los SNP no sinónimos cambian la secuencia de aminoácidos de la proteína.

  • Los SNP en regiones no codificantes pueden manifestar un mayor riesgo de cáncer, [11] y pueden afectar la estructura del ARNm y la susceptibilidad a la enfermedad. [12] Los SNP no codificantes también pueden alterar el nivel de expresión de un gen, como un eQTL (locus de rasgo cuantitativo de expresión).
  • SNP en regiones de codificación :
    • Las sustituciones sinónimos, por definición, no dan como resultado un cambio de aminoácido en la proteína, pero aún pueden afectar su función de otras formas. Un ejemplo sería una mutación aparentemente silenciosa en el gen 1 de resistencia a múltiples fármacos ( MDR1 ), que codifica una bomba de membrana celular que expulsa fármacos de la célula, puede ralentizar la traducción y permitir que la cadena peptídica se pliegue en una conformación inusual, provocando la bomba mutante para ser menos funcional (en la proteína MDR1, por ejemplo, el polimorfismo C1236T cambia un codón GGC a GGT en la posición del aminoácido 412 del polipéptido (ambos codifican glicina) y el polimorfismo C3435T cambia ATC a ATT en la posición 1145 (ambos codifican isoleucina)). [13]
    • sustituciones no sinónimas :
      • sentido erróneo : un solo cambio en la base da como resultado un cambio en el aminoácido de la proteína y su mal funcionamiento, lo que conduce a la enfermedad (p. ej., c1580G> T SNP en el gen LMNA - posición 1580 (nt) en la secuencia de ADN (codón CGT), lo que hace que la guanina sea ​​reemplazada con la timina , que produce el codón CTT en la secuencia de ADN, da como resultado a nivel de proteína el reemplazo de la arginina por leucina en la posición 527, [14] a nivel de fenotipo , esto se manifiesta en displasia mandibuloacral superpuesta y síndrome de progeria )
      • sin sentido - punto de mutación en una secuencia de ADN que resulta en un prematuro codón de parada , o un codón sin sentido en el transcrito de ARNm , y en un truncada , incompleta, y producto de proteína por lo general no funcional (por ejemplo, fibrosis quística causados por la mutación G542X en el quística gen regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis ). [15]

Los SNP que no se encuentran en regiones codificantes de proteínas aún pueden afectar el corte y empalme de genes , la unión del factor de transcripción , la degradación del ARN mensajero o la secuencia de ARN no codificante. La expresión génica afectada por este tipo de SNP se denomina eSNP (SNP de expresión) y puede estar aguas arriba o aguas abajo del gen.

Frecuencia

Se han encontrado más de 335 millones de SNP en humanos de múltiples poblaciones. [ cita requerida ] Un genoma típico difiere del genoma humano de referencia en 4 a 5 millones de sitios, la mayoría de los cuales (más del 99,9%) consisten en SNP e indeles cortos . [dieciséis]

Dentro de un genoma

La distribución genómica de los SNP no es homogénea; Los SNP ocurren en regiones no codificantes con más frecuencia que en regiones codificantes o, en general, donde la selección natural está actuando y "fijando" el alelo (eliminando otras variantes) del SNP que constituye la adaptación genética más favorable. [17] Otros factores, como la recombinación genética y la tasa de mutación, también pueden determinar la densidad de SNP. [18]

La densidad de SNP se puede predecir por la presencia de microsatélites : los microsatélites AT en particular son potentes predictores de la densidad de SNP, con tractos de repetición larga (AT) (n) que tienden a encontrarse en regiones de densidad de SNP significativamente reducida y bajo contenido de GC . [19]

Dentro de una población

Existen variaciones entre las poblaciones humanas, por lo que un alelo SNP que es común en un grupo geográfico o étnico puede ser mucho más raro en otro. Sin embargo, este patrón de variación es relativamente raro; en una muestra global de 67,3 millones de SNP, el Proyecto de diversidad del genoma humano

no encontró variantes privadas que estén fijas en un continente o región principal determinados. Las frecuencias más altas son alcanzadas por unas pocas decenas de variantes presentes en> 70% (y algunos miles en> 50%) en África, América y Oceanía. Por el contrario, las variantes de frecuencia más altas privadas para Europa, Asia oriental, Oriente Medio o Asia central y meridional alcanzan solo entre el 10 y el 30%. [20]

Dentro de una población, a los SNP se les puede asignar una frecuencia de alelos menor, la frecuencia de alelos más baja en un locus que se observa en una población en particular. [21] Esta es simplemente la menor de las dos frecuencias alélicas de los polimorfismos de un solo nucleótido.

Con este conocimiento, los científicos han desarrollado nuevos métodos para analizar las estructuras de la población en especies menos estudiadas. [22] [23] [24] Al utilizar técnicas de agrupación, el costo del análisis se reduce significativamente. [ cita requerida ] Estas técnicas se basan en secuenciar una población en una muestra combinada en lugar de secuenciar a cada individuo dentro de la población por sí mismo. Con las nuevas herramientas bioinformáticas existe la posibilidad de investigar la estructura de la población, el flujo de genes y la migración de genes mediante la observación de las frecuencias alélicas dentro de toda la población. Con estos protocolos existe la posibilidad de combinar las ventajas de los SNP con marcadores de microsatélites. [25] [26] Sin embargo, hay información perdida en el proceso, como información de desequilibrio de ligamiento e información de cigosidad.

Aplicaciones

  • Los estudios de asociación pueden determinar si una variante genética está asociada con una enfermedad o rasgo. [27]
  • Un SNP de etiqueta es un polimorfismo de un solo nucleótido representativo en una región del genoma con alto desequilibrio de ligamiento (la asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci). Los SNP de etiqueta son útiles en estudios de asociación de SNP de genoma completo, en los que se genotipifican cientos de miles de SNP de todo el genoma.
  • Mapeo de haplotipos : se pueden agrupar conjuntos de alelos o secuencias de ADN para que un único SNP pueda identificar muchos SNP enlazados.
  • El desequilibrio de ligamiento (LD), un término utilizado en genética de poblaciones, indica una asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci, no necesariamente en el mismo cromosoma. Se refiere al fenómeno de que el alelo de SNP o la secuencia de ADN que están muy juntos en el genoma tienden a heredarse juntos. La LD puede verse afectada por dos parámetros (entre otros factores, como la estratificación de la población): 1) La distancia entre los SNP [cuanto mayor es la distancia, menor LD]. 2) Tasa de recombinación [cuanto menor es la tasa de recombinación, mayor es la LD]. [28]

Importancia

Las variaciones en las secuencias de ADN de los humanos pueden afectar la forma en que los humanos desarrollan enfermedades y responden a patógenos , sustancias químicas , medicamentos , vacunas y otros agentes. Los SNP también son fundamentales para la medicina personalizada . [29] Los ejemplos incluyen la investigación biomédica, la medicina forense, la farmacogenética y las causas de enfermedades, como se describe a continuación.

Investigación clínica

La mayor importancia de los SNP en la investigación clínica es la comparación de regiones del genoma entre cohortes (como cohortes emparejadas con y sin una enfermedad) en estudios de asociación de todo el genoma . Los SNP se han utilizado en estudios de asociación de todo el genoma como marcadores de alta resolución en el mapeo de genes relacionados con enfermedades o rasgos normales. [30] Los SNP sin un impacto observable en el fenotipo (las llamadas mutaciones silenciosas ) siguen siendo útiles como marcadores genéticos en estudios de asociación de todo el genoma, debido a su cantidad y la herencia estable a lo largo de generaciones. [31]

Forense

Históricamente, los SNP se han utilizado para hacer coincidir una muestra de ADN forense con un sospechoso, pero se han vuelto obsoletos debido al avance de las técnicas de huellas dactilares de ADN basadas en STR . Sin embargo, el desarrollo de la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) puede permitir más oportunidades para el uso de SNP en pistas fenotípicas como el origen étnico, el color del cabello y el color de los ojos con una buena probabilidad de coincidencia. Esto también se puede aplicar para aumentar la precisión de las reconstrucciones faciales al proporcionar información que de otro modo podría ser desconocida, y esta información se puede utilizar para ayudar a identificar sospechosos incluso sin una coincidencia de perfil de ADN STR .

Algunas desventajas de usar SNP frente a STR es que los SNP producen menos información que los STR y, por lo tanto, se necesitan más SNP para el análisis antes de que se pueda crear un perfil de un sospechoso. Además, los SNP dependen en gran medida de la presencia de una base de datos para el análisis comparativo de muestras. Sin embargo, en casos con muestras degradadas o de pequeño volumen, las técnicas SNP son una excelente alternativa a los métodos STR. Los SNP (a diferencia de los STR) tienen una gran cantidad de marcadores potenciales, pueden automatizarse completamente y una posible reducción de la longitud requerida del fragmento a menos de 100 pb. [26]

Farmacogenética

Algunos SNP están asociados con el metabolismo de diferentes fármacos. [32] [33] Los SNP pueden ser mutaciones, como deleciones, que pueden inhibir o promover la actividad enzimática; tal cambio en la actividad enzimática puede conducir a una disminución de las tasas de metabolismo de los fármacos [34] La asociación de una amplia gama de enfermedades humanas como cáncer , enfermedades infecciosas ( SIDA , lepra , hepatitis , etc.) autoinmunes , neuropsiquiátricas y muchas otras enfermedades con diferentes SNP se pueden hacer como dianas farmacogenómicas relevantes para la terapia con medicamentos. [35]

Enfermedad

Un solo SNP puede causar una enfermedad mendeliana , aunque en el caso de enfermedades complejas , los SNP no suelen funcionar de forma individual, sino que trabajan en coordinación con otros SNP para manifestar una enfermedad como la osteoporosis. [33] Uno de los primeros éxitos en este campo fue encontrar una mutación de una sola base en la región no codificante de APOC3 (gen de la apolipoproteína C3) que se asoció con mayores riesgos de hipertrigliceridemia y aterosclerosis . [34]. Algunas enfermedades causadas por SNP incluyen artritis reumatoide , enfermedad de Crohn , cáncer de mama , alzheimer y algunastrastornos autoinmunes . Se han realizado estudios de asociación a gran escala para intentar descubrir SNP causantes de enfermedades adicionales dentro de una población, pero aún se desconoce un gran número de ellos.

Ejemplos de

  • rs6311 y rs6313 son SNP en el gen del receptor de serotonina 5-HT2A en el cromosoma humano 13. [36]
  • El SNP - 3279C / A (rs3761548) se encuentra entre los SNP que se localizan en la región promotora del gen Foxp3 y podrían estar implicados en la progresión del cáncer. [37]
  • Un SNP en el gen F5 causa trombofilia del factor V Leiden. [38]
  • rs3091244 es un ejemplo de un SNP trialélico en el gen CRP en el cromosoma humano 1. [39]
  • TAS2R38 codifica la capacidad de degustación de PTC y contiene 6 SNP anotados. [40]
  • rs148649884 y rs138055828 en el gen FCN1 que codifica M-ficolina paralizó la capacidad de unión al ligando de la M-ficolina recombinante. [41]
  • Un SNP intrónico en el gen de reparación de errores de apareamiento del ADN PMS2 (rs1059060, Ser775Asn) se asocia con un mayor daño en el ADN de los espermatozoides y el riesgo de infertilidad masculina . [42]

Bases de datos

Como ocurre con los genes, existen bases de datos bioinformáticas para los SNP.

  • dbSNP es una base de datos SNP del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). Al 8 de junio de 2015, dbSNP enumeró 149,735,377 SNP en humanos. [43] [44]
  • Kaviar [45] es un compendio de SNP de múltiples fuentes de datos, incluido dbSNP.
  • SNPedia es una base de datos estilo wiki que respalda la anotación, interpretación y análisis del genoma personal.
  • La base de datos OMIM describe la asociación entre polimorfismos y enfermedades (p. Ej., Proporciona enfermedades en forma de texto)
  • dbSAP: base de datos de polimorfismos de un solo aminoácido para la detección de variaciones de proteínas [46]
  • La base de datos de mutaciones de genes humanos proporciona mutaciones genéticas que causan o están asociadas con enfermedades hereditarias humanas y SNP funcionales.
  • El Proyecto Internacional HapMap , donde los investigadores están identificando Tag SNP para poder determinar la colección de haplotipos presentes en cada sujeto.
  • GWAS Central permite a los usuarios interrogar visualmente los datos de asociación de nivel de resumen reales en uno o más estudios de asociación de todo el genoma .

El grupo de trabajo International SNP Map mapeó la secuencia que flanquea cada SNP por alineación con la secuencia genómica de clones de inserto grande en Genebank. Estas alineaciones se convirtieron en coordenadas cromosómicas que se muestran en la Tabla 1. [47] Esta lista ha aumentado enormemente desde que, por ejemplo, la base de datos Kaviar ahora enumera 162 millones de variantes de un solo nucleótido (SNV).

CromosomaLongitud (pb)Todos los SNPTSC SNP
SNP totaleskb por SNPSNP totaleskb por SNP
1214,066,000129,9311,6575,1662,85
2222,889,000103.6642.1576,9852,90
3186,938,00093,1402.0163,6692,94
4169,035,00084,4262,0065,7192,57
5170,954,000117,8821,4563.5452,69
6165,022,00096,3171,7153,7973,07
7149,414,00071,7522,0842,3273,53
8125.148.00057.8342.1642,6532,93
9107,440,00062,0131,7343,0202,50
10127,894,00061,2982,0942,4663,01
11129.193.00084,6631,5347,6212,71
12125.198.00059,2452.1138,1363,28
1393,711,00053.0931,7735,7452,62
1489,344,00044,1122,0329,7463,00
1573,467,00037,8141,9426,5242,77
dieciséis74,037,00038,7351,9123,3283,17
1773,367,00034,6212.1219,3963,78
1873,078,00045,1351,6227.0282,70
1956,044,00025,6762.1811,1855.01
2063,317,00029,4782.1517.0513,71
2133,824,00020,9161,629,1033,72
2233,786,00028.4101,1911,0563,06
X131,245,00034,8423,7720,4006,43
Y21,753,0004.1935.191,78412.19
RefSeq15,696,67414,5341.08
Totales2.710.164.0001.419.1901,91887,4503,05

Nomenclatura

La nomenclatura de los SNP incluye varias variaciones para un SNP individual, aunque carece de un consenso común.

El estándar rs ### es el que ha sido adoptado por dbSNP y usa el prefijo "rs", para "referencia SNP", seguido de un número único y arbitrario. [48] ​​Los SNP se denominan con frecuencia por su número dbSNP rs, como en los ejemplos anteriores.

La Sociedad de Variación del Genoma Humano (HGVS) utiliza un estándar que transmite más información sobre el SNP. Algunos ejemplos son:

  • c.76A> T: "c." para la región de codificación , seguido de un número para la posición del nucleótido, seguido de una abreviatura de una letra para el nucleótido (A, C, G, T o U), seguido de un signo mayor que (">") para indicar sustitución, seguida de la abreviatura del nucleótido que reemplaza al anterior [49] [50] [51]
  • p.Ser123Arg: "p." para proteína, seguida de una abreviatura de tres letras para el aminoácido, seguida de un número para la posición del aminoácido, seguido de la abreviatura del aminoácido que reemplaza al primero. [52]

Análisis SNP

Los SNP se pueden analizar fácilmente debido a que solo contienen dos posibles alelos y tres posibles genotipos que involucran a los dos alelos: homocigoto A, homocigoto B y heterocigoto AB, lo que lleva a muchas técnicas posibles de análisis. Algunos incluyen: secuenciación de ADN ; electroforesis capilar ; espectrometría de masas ; polimorfismo de conformación monocatenario (SSCP); extensión de base única ; análisis electroquímico; HPLC desnaturalizante y electroforesis en gel ; polimorfismo de la longitud del fragmento de restricción ; y análisis de hibridación .

Programas de predicción de efectos SNP

Un grupo importante de SNP son los que corresponden a mutaciones sin sentido que provocan cambios de aminoácidos a nivel de proteínas. La mutación puntual de un residuo particular puede tener un efecto diferente en la función de la proteína (desde ningún efecto hasta la interrupción completa de su función). Por lo general, el cambio de aminoácidos con tamaño y propiedades físico-químicas similares (por ejemplo, sustitución de leucina por valina) tiene un efecto leve y opuesto. De manera similar, si el SNP altera los elementos de la estructura secundaria (por ejemplo, la sustitución por prolina en la región de la hélice alfa ), dicha mutación generalmente puede afectar la estructura y función de la proteína completa. Usando ese aprendizaje automático simple y muchos otrosreglas derivadas se desarrolló un grupo de programas para la predicción del efecto SNP: [53]

  • SIFT Este programa proporciona información sobre cómo una mutación sin sentido o no sinónima inducida por un laboratorio afectará la función de la proteína en función de las propiedades físicas del aminoácido y la homología de secuencia.
  • LIST [54] [55] (Identidad local y taxa compartida) estima el potencial deletéreo de las mutaciones como resultado de la alteración de sus funciones proteicas. Se basa en el supuesto de que las variaciones observadas en especies estrechamente relacionadas son más significativas cuando se evalúa la conservación en comparación con las de especies relacionadas lejanamente.
  • SNAP2
  • Sospechar
  • PolyPhen-2
  • PredictSNP
  • MutationTaster : sitio web oficial
  • Predictor de efecto variante del proyecto Ensembl
  • SNPViz [56] Este programa proporciona una representación en 3D de la proteína afectada, destacando el cambio de aminoácidos para que los médicos puedan determinar la patogenicidad de la proteína mutante.
  • PROVEAN
  • PhyreRisk es una base de datos que mapea variantes de estructuras de proteínas experimentales y predichas. [57]
  • Missense3D es una herramienta que proporciona un informe estereoquímico sobre el efecto de las variantes sin sentido en la estructura de la proteína. [58]

Ver también

  • Affymetrix
  • HapMap
  • Illumina
  • Proyecto Internacional HapMap
  • Repetición corta en tándem (STR)
  • Extensión de base única
  • Matriz SNP
  • Genotipado de SNP
  • SNPedia
  • Snpstr
  • Llamadas SNV desde datos NGS
  • Etiqueta SNP
  • TaqMan
  • Variome

Referencias

  1. ^ "polimorfismo de un solo nucleótido / SNP | Aprenda ciencias en Scitable" . www.nature.com . Archivado desde el original el 10 de noviembre de 2015 . Consultado el 13 de noviembre de 2015 .
  2. ^ Jerez, ST; Ward, M .; Sirotkin, K. (1999). "dbSNP: base de datos de polimorfismos de un solo nucleótido y otras clases de variación genética menor". Investigación del genoma . 9 (8): 677–679. PMID 10447503 . 
  3. ^ Lander, ES; et al. (2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 . 
  4. ^ Auton, Adam; et al. (2015). "Una referencia mundial para la variación genética humana" . Naturaleza . 526 (7571): 68–74. Código Bib : 2015Natur.526 ... 68T . doi : 10.1038 / nature15393 . PMC 4750478 . PMID 26432245 .  
  5. ^ Ingram VM (octubre de 1956). "Una diferencia química específica entre las globinas de la hemoglobina humana normal y la anemia de células falciformes". Naturaleza . 178 (4537): 792–4. Código Bibliográfico : 1956Natur.178..792I . doi : 10.1038 / 178792a0 . PMID 13369537 . S2CID 4167855 .  
  6. ^ Chang JC, Kan YW (junio de 1979). "Talasemia beta 0, una mutación sin sentido en el hombre" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 76 (6): 2886–9. Código Bibliográfico : 1979PNAS ... 76.2886C . doi : 10.1073 / pnas.76.6.2886 . PMC 383714 . PMID 88735 .  
  7. ^ Hamosh A, King TM, Rosenstein BJ, Corey M, Levison H, Durie P, Tsui LC, McIntosh I, Keston M, Brock DJ (agosto de 1992). "Los pacientes con fibrosis quística que portan tanto la mutación sin sentido común Gly ---- Asp en el codón 551 como la mutación delta F508 son clínicamente indistinguibles de los homocigotos delta F508, excepto por la disminución del riesgo de íleo meconial" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 51 (2): 245–50. PMC 1682672 . PMID 1379413 .  
  8. ^ Wolf AB, Caselli RJ, Reiman EM, Valla J (abril de 2013). "APOE y neuroenergética: un paradigma emergente en la enfermedad de Alzheimer" . Neurobiología del envejecimiento . 34 (4): 1007–17. doi : 10.1016 / j.neurobiolaging.2012.10.011 . PMC 3545040 . PMID 23159550 .  
  9. ^ Goya, R .; Sun, MG; Morin, RD; Leung, G .; Ha, G .; Wiegand, KC; Senz, J .; Crisan, A .; Marra, MA; Hirst, M .; Huntsman, D .; Murphy, KP; Aparicio, S .; Shah, SP (2010). "SNVMix: predicción de variantes de un solo nucleótido a partir de la secuenciación de tumores de próxima generación" . Bioinformática (Oxford, Inglaterra) . 26 (6): 730–736. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq040 . PMC 2832826 . PMID 20130035 .  
  10. ^ Khurana, Ekta; Fu, Yao; Chakravarty, hoyuelo; Demichelis, Francesca; Rubin, Mark A .; Gerstein, Mark (19 de enero de 2016). "Papel de las variantes de secuencia no codificante en el cáncer" . Nature Reviews Genética . 17 (2): 93–108. doi : 10.1038 / nrg.2015.17 . ISSN 1471-0056 . PMID 26781813 . S2CID 14433306 .   
  11. ^ Li G, Pan T, Guo D, Li LC (2014). "Variantes reguladoras y enfermedad: el SNP E-Cadherin -160C / A como ejemplo" . Biología Molecular Internacional . 2014 : 967565. doi : 10.1155 / 2014/967565 . PMC 4167656 . PMID 25276428 .  
  12. ^ Lu YF, Mauger DM, Goldstein DB, Urban TJ, Weeks KM, Bradrick SS (noviembre de 2015). "La estructura del ARNm de IFNL3 está remodelada por un polimorfismo funcional no codificante asociado con la eliminación del virus de la hepatitis C" . Informes científicos . 5 : 16037. Código Bibliográfico : 2015NatSR ... 516037L . doi : 10.1038 / srep16037 . PMC 4631997 . PMID 26531896 .  
  13. ^ Kimchi-Sarfaty C, Oh JM, Kim IW, Sauna ZE, Calcagno AM, Ambudkar SV, Gottesman MM (enero de 2007). "Un polimorfismo" silencioso "en el gen MDR1 cambia la especificidad del sustrato" . Ciencia . 315 (5811): 525–8. Código Bibliográfico : 2007Sci ... 315..525K . doi : 10.1126 / science.1135308 . PMID 17185560 . S2CID 15146955 .  
  14. ^ Al-Haggar M, Madej-Pilarczyk A, Kozlowski L, Bujnicki JM, Yahia S, Abdel-Hadi D, Shams A, Ahmad N, Hamed S, Puzianowska-Kuznicka M (noviembre de 2012). "Una nueva mutación homocigótica p.Arg527Leu LMNA en dos familias egipcias no relacionadas causa displasia mandibuloacral superpuesta y síndrome de progeria" . Revista europea de genética humana . 20 (11): 1134–40. doi : 10.1038 / ejhg.2012.77 . PMC 3476705 . PMID 22549407 .  
  15. ^ Cordovado SK, Hendrix M, Greene CN, Mochal S, Earley MC, Farrell PM, Kharrazi M, Hannon WH, Mueller PW (febrero de 2012). "Análisis de mutación CFTR y asociaciones de haplotipos en pacientes con FQ" . Genética molecular y metabolismo . 105 (2): 249–54. doi : 10.1016 / j.ymgme.2011.10.013 . PMC 3551260 . PMID 22137130 .  
  16. ^ Auton A, Brooks LD, Durbin RM, Garrison EP, Kang HM, Korbel JO, Marchini JL, McCarthy S, McVean GA, Abecasis GR (octubre de 2015). "Una referencia mundial para la variación genética humana" . Naturaleza . 526 (7571): 68–74. Código Bib : 2015Natur.526 ... 68T . doi : 10.1038 / nature15393 . PMC 4750478 . PMID 26432245 .  
  17. ^ Barreiro LB, Laval G, Quach H, Patin E, Quintana-Murci L (marzo de 2008). "La selección natural ha impulsado la diferenciación de la población en los humanos modernos". Genética de la naturaleza . 40 (3): 340–5. doi : 10.1038 / ng.78 . PMID 18246066 . S2CID 205357396 .  
  18. ^ Nachman MW (septiembre de 2001). "Polimorfismos de un solo nucleótido y tasa de recombinación en humanos". Tendencias en Genética . 17 (9): 481–5. doi : 10.1016 / S0168-9525 (01) 02409-X . PMID 11525814 . 
  19. ^ Varela MA, Amos W (marzo de 2010). "Distribución heterogénea de SNP en el genoma humano: microsatélites como predictores de la diversidad y divergencia de nucleótidos" . Genómica . 95 (3): 151–9. doi : 10.1016 / j.ygeno.2009.12.003 . PMID 20026267 . 
  20. ^ Bergström A, McCarthy SA, Hui R, Almarri MA, Ayub Q, Danecek P; et al. (2020). "Información sobre la variación genética humana y la historia de la población de 929 genomas diversos" . Ciencia . 367 (6484): eaay5012. doi : 10.1126 / science.aay5012 . PMC 7115999 . PMID 32193295 .  CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  21. ↑ Zhu Z, Yuan D, Luo D, Lu X, Huang S (24 de julio de 2015). "Enriquecimiento de alelos menores de SNP comunes y predicción de riesgo mejorada para la enfermedad de Parkinson" . PLOS ONE . 10 (7): e0133421. Código Bibliográfico : 2015PLoSO..1033421Z . doi : 10.1371 / journal.pone.0133421 . PMC 4514478 . PMID 26207627 .  
  22. ^ Hivert, Valentin; Leblois, Raphaël; Petit, Eric J .; Gautier, Mathieu; Vitalis, Renaud (30 de julio de 2018). "Medición de la diferenciación genética a partir de datos de pool-seq" . Genética . 210 (1): 315–330. doi : 10.1534 / genetics.118.300900 . ISSN 0016-6731 . PMC 6116966 . PMID 30061425 .   
  23. ^ Ekblom, R; Galindo, J (8 de diciembre de 2010). "Aplicaciones de la secuenciación de próxima generación en ecología molecular de organismos no modelo" . Herencia . 107 (1): 1-15. doi : 10.1038 / hdy.2010.152 . ISSN 0018-067X . PMC 3186121 . PMID 21139633 .   
  24. ^ Ellegren, Hans (enero de 2014). "Secuenciación del genoma y genómica de poblaciones en organismos no modelo" . Tendencias en Ecología y Evolución . 29 (1): 51–63. doi : 10.1016 / j.tree.2013.09.008 . ISSN 0169-5347 . PMID 24139972 .  
  25. ^ Dorant, Yann; Benestan, Laura; Rougemont, Quentin; Normandeau, Eric; Boyle, Brian; Rochette, Rémy; Bernatchez, Louis (2019). "Comparación de genotipos de Pool-seq, Rapture y GBS para inferir una estructura de población débil: la langosta americana (Homarus americanus) como estudio de caso" . Ecología y Evolución . 9 (11): 6606–6623. doi : 10.1002 / ece3.5240 . ISSN 2045-7758 . PMC 6580275 . PMID 31236247 .   
  26. ↑ Vendrami, David LJ; Telesca, Luca; Weigand, Hannah; Weiss, Martina; Fawcett, Katie; Lehman, Katrin; Clark, MS; Leese, Florian; McMinn, Carrie; Moore, Heather; Hoffman, Joseph I. (2017). "La secuenciación RAD resuelve la estructura de la población a escala fina en un invertebrado bentónico: implicaciones para comprender la plasticidad fenotípica" . Ciencia Abierta de la Royal Society . 4 (2): 160548. Bibcode : 2017RSOS .... 460548V . doi : 10.1098 / rsos.160548 . PMC 5367306 . PMID 28386419 .  
  27. ^ Zhang K, Qin ZS, Liu JS, Chen T, Waterman MS, Sun F (mayo de 2004). "Partición de bloques de haplotipos y selección de SNP de etiquetas utilizando datos de genotipo y sus aplicaciones para estudios de asociación" . Investigación del genoma . 14 (5): 908–16. doi : 10.1101 / gr.1837404 . PMC 479119 . PMID 15078859 .  
  28. ^ Gupta PK, Roy JK, Prasad M (25 de febrero de 2001). "Polimorfismos de un solo nucleótido: un nuevo paradigma para la tecnología de marcadores moleculares y la detección de polimorfismos de ADN con énfasis en su uso en plantas" . Ciencia actual . 80 (4): 524–535. Archivado desde el original el 13 de febrero de 2017.
  29. ^ Carlson, Bruce (15 de junio de 2008). "SNPs - un atajo a la medicina personalizada" . Noticias de Ingeniería Genética y Biotecnología . Mary Ann Liebert, Inc. 28 (12). Archivado desde el original el 26 de diciembre de 2010 . Consultado el 6 de julio de 2008 . (subtítulo) Las aplicaciones médicas son donde se espera el crecimiento del mercado
  30. ^ Yu A, Li F, Xu W, Wang Z, Sun C, Han B, et al. (Agosto de 2019). "Aplicación de un mapa genético de alta resolución para el ensamblaje del genoma a escala cromosómica y el mapeo fino de QTLs del tamaño de la semilla y los rasgos de peso en ricino" . Informes científicos . 9 (1): 11950. Bibcode : 2019NatSR ... 911950Y . doi : 10.1038 / s41598-019-48492-8 . PMC 6697702 . PMID 31420567 .  
  31. ^ Thomas PE, Klinger R, Furlong LI, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2011). "Desafíos en la asociación de menciones de polimorfismo de nucleótido único humano con identificadores únicos de base de datos" . BMC Bioinformática . 12 Supl. 4: S4. doi : 10.1186 / 1471-2105-12-S4-S4 . PMC 3194196 . PMID 21992066 .  
  32. ^ Goldstein JA (octubre de 2001). "Relevancia clínica de los polimorfismos genéticos en la subfamilia CYP2C humana" . Revista británica de farmacología clínica . 52 (4): 349–55. doi : 10.1046 / j.0306-5251.2001.01499.x . PMC 2014584 . PMID 11678778 .  
  33. ^ Lee CR (julio-agosto de 2004). "Genotipo CYP2C9 como predictor de la disposición del fármaco en humanos". Métodos y hallazgos en farmacología clínica y experimental . 26 (6): 463–72. PMID 15349140 . 
  34. ^ Yanase K, Tsukahara S, Mitsuhashi J, Sugimoto Y (marzo de 2006). "SNP funcionales de la proteína de resistencia al cáncer de mama-efectos terapéuticos y desarrollo de inhibidores". Letras de cáncer . 234 (1): 73–80. doi : 10.1016 / j.canlet.2005.04.039 . PMID 16303243 . 
  35. ^ Fareed M, Afzal M (abril de 2013). "Polimorfismo de un solo nucleótido en la asociación de todo el genoma de la población humana: una herramienta para el servicio de amplio espectro" . Revista Egipcia de Genética Humana Médica . 14 (2): 123-134. doi : 10.1016 / j.ejmhg.2012.08.001 .
  36. ^ Giegling I, Hartmann AM, Möller HJ, Rujescu D (noviembre de 2006). "Los rasgos relacionados con la ira y la agresión están asociados con polimorfismos en el gen 5-HT-2A". Revista de trastornos afectivos . 96 (1–2): 75–81. doi : 10.1016 / j.jad.2006.05.016 . PMID 16814396 . 
  37. ^ Ezzeddini R, Somi MH, Taghikhani M, Moaddab SY, Masnadi Shirazi K, Shirmohammadi M, Eftekharsadat AT, Sadighi Moghaddam B, Salek Farrokhi A (febrero de 2021). "Asociación del polimorfismo Foxp3 rs3761548 con concentración de citocinas en pacientes con adenocarcinoma gástrico" . Cytokine . 138 : 155351. doi : 10.1016 / j.cyto.2020.155351 . ISSN 1043-4666 . PMID 33127257 . S2CID 226218796 .   
  38. ^ Kujovich JL (enero de 2011). "Trombofilia del factor V Leiden" . Genética en Medicina . 13 (1): 1–16. doi : 10.1097 / GIM.0b013e3181faa0f2 . PMID 21116184 . 
  39. ^ Morita A, Nakayama T, Doba N, Hinohara S, Mizutani T, Soma M (junio de 2007). "Genotipado de SNP trialélicos usando TaqMan PCR". Sondas moleculares y celulares . 21 (3): 171–6. doi : 10.1016 / j.mcp.2006.10.005 . PMID 17161935 . 
  40. ^ Prodi DA, Drayna D, Forabosco P, Palmas MA, Maestrale GB, Piras D, Pirastu M, Angius A (octubre de 2004). "El estudio del sabor amargo en un aislado genético de Cerdeña apoya la asociación de la sensibilidad a la feniltiocarbamida al gen del receptor amargo TAS2R38" . Sentidos químicos . 29 (8): 697–702. doi : 10.1093 / chemse / bjh074 . PMID 15466815 . 
  41. ^ Ammitzbøll CG, Kjær TR, Steffensen R, Stengaard-Pedersen K, Nielsen HJ, Thiel S, Bøgsted M, Jensenius JC (28 de noviembre de 2012). "Los polimorfismos no sinónimos en el gen FCN1 determinan la capacidad de unión al ligando y los niveles séricos de M-ficolina" . PLOS ONE . 7 (11): e50585. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 750585A . doi : 10.1371 / journal.pone.0050585 . PMC 3509001 . PMID 23209787 .  
  42. ^ Ji G, Long Y, Zhou Y, Huang C, Gu A, Wang X (mayo de 2012). "Variantes comunes en genes de reparación de desajustes asociados con un mayor riesgo de daño en el ADN de los espermatozoides e infertilidad masculina" . Medicina BMC . 10 : 49. doi : 10.1186 / 1741-7015-10-49 . PMC 3378460 . PMID 22594646 .  
  43. ^ Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos. 2014. NCBI dbSNP build 142 para humanos. "[DBSNP-anuncio] DBSNP Human Build 142 (GRCh38 y GRCh37.p13)" . Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2017 . Consultado el 11 de septiembre de 2017 .
  44. ^ Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos. 2015. NCBI dbSNP build 144 para humanos. Página de resumen. "Resumen de DBSNP" . Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2017 . Consultado el 11 de septiembre de 2017 .
  45. ^ Glusman G, Caballero J, Mauldin DE, Hood L, Roach JC (noviembre de 2011). "Kaviar: un sistema accesible para probar la novedad de SNV" . Bioinformática . 27 (22): 3216–7. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr540 . PMC 3208392 . PMID 21965822 .  
  46. ^ Cao R, Shi Y, Chen S, Ma Y, Chen J, Yang J, Chen G, Shi T (enero de 2017). "dbSAP: base de datos de polimorfismo de un solo aminoácido para la detección de variaciones de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D827 – D832. doi : 10.1093 / nar / gkw1096 . PMC 5210569 . PMID 27903894 .  
  47. ^ Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt SC, Kakol JM, Stein LD , Marth G, Sherry S, Mullikin JC, Mortimore BJ, Willey DL, Hunt SE, Cole CG, Coggill PC, Rice CM, Ning Z, Rogers J, Bentley DR, Kwok PY, Mardis ER, Yeh RT, Schultz B, Cook L, Davenport R, Dante M, Fulton L, Hillier L, Waterston RH, McPherson JD, Gilman B, Schaffner S, Van Etten WJ, Reich D, Higgins J , Daly MJ, Blumenstiel B, Baldwin J, Stange-Thomann N, Zody MC, Linton L, Lander ES, Altshuler D (febrero de 2001). "Un mapa de la variación de la secuencia del genoma humano que contiene 1,42 millones de polimorfismos de un solo nucleótido" . Naturaleza . 409 (6822): 928–33. Código bibliográfico : 2001Natur.409..928S . doi :10.1038 / 35057149 . PMID  11237013 .
  48. ^ "RefSNP agrupados (rs) y otros datos calculados en casa" . Archivo de preguntas frecuentes de SNP . Bethesda (MD): Centro Nacional de Información Biotecnológica de EE. UU. 2005.
  49. ↑ JT Den Dunnen (20 de febrero de 2008). "Recomendaciones para la descripción de variantes de secuencia" . Sociedad de variación del genoma humano . Archivado desde el original el 14 de septiembre de 2008 . Consultado el 5 de septiembre de 2008 .
  50. ↑ den Dunnen JT, Antonarakis SE (2000). "Extensiones de nomenclatura de mutaciones y sugerencias para describir mutaciones complejas: una discusión" . Mutación humana . 15 (1): 7–12. doi : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (200001) 15: 1 <7 :: AID-HUMU4> 3.0.CO; 2-N . PMID 10612815 . 
  51. ^ Ogino S, Gulley ML, den Dunnen JT, Wilson RB (febrero de 2007). "Nomenclatura de mutación estándar en diagnóstico molecular: desafíos prácticos y educativos" . La Revista de Diagnóstico Molecular . 9 (1): 1–6. doi : 10.2353 / jmoldx.2007.060081 . PMC 1867422 . PMID 17251329 .  
  52. ^ "Nomenclatura de variantes de secuencia" . varnomen.hgvs.org . Consultado el 2 de diciembre de 2019 .
  53. ^ Johnson, Andrew D. (octubre de 2009). "Bioinformática SNP: una revisión integral de los recursos" . Circulación: Genética cardiovascular . 2 (5): 530–536. doi : 10.1161 / CIRCGENETICS.109.872010 . ISSN 1942-325X . PMC 2789466 . PMID 20031630 .   
  54. ^ Malhis N, Jones SJ, Gsponer J (abril de 2019). "Medidas mejoradas para la conservación evolutiva que aprovechan las distancias taxonómicas" . Comunicaciones de la naturaleza . 10 (1): 1556. Bibcode : 2019NatCo..10.1556M . doi : 10.1038 / s41467-019-09583-2 . PMC 6450959 . PMID 30952844 .  
  55. ^ Nawar Malhis; Matthew Jacobson; Steven JM Jones; Jörg Gsponer (2020). "LISTA-S2: clasificación basada en taxonomía de mutaciones deletéreas sin sentido entre especies" . Investigación de ácidos nucleicos . 48 (W1): W154 – W161. doi : 10.1093 / nar / gkaa288 . PMC 7319545 . PMID 32352516 .  
  56. ^ "Vista de SNPViz - Visualización de SNP en proteínas" . genomicscomputbiol.org . doi : 10.18547 / gcb.2018.vol4.iss1.e100048 . Consultado el 20 de octubre de 2018 .
  57. ^ Ofoegbu TC, David A, Kelley LA, Mezulis S, Islam SA, Mersmann SF, et al. (Junio ​​de 2019). "PhyreRisk: una aplicación web dinámica para unir genómica, proteómica y datos estructurales 3D para guiar la interpretación de variantes genéticas humanas" . Revista de Biología Molecular . 431 (13): 2460–2466. doi : 10.1016 / j.jmb.2019.04.043 . PMC 6597944 . PMID 31075275 .  
  58. ^ Ittisoponpisan S, Islam SA, Khanna T, Alhuzimi E, David A, Sternberg MJ (mayo de 2019). "¿Pueden las estructuras 3D de proteínas predichas proporcionar conocimientos fiables sobre si las variantes de sentido erróneo están asociadas a enfermedades?" . Revista de Biología Molecular . 431 (11): 2197–2212. doi : 10.1016 / j.jmb.2019.04.009 . PMC 6544567 . PMID 30995449 .  

Otras lecturas

  • "Glosario" . Reseñas de la naturaleza .
  • Información del proyecto del genoma humano - Hoja de datos del SNP

enlaces externos

  • Recursos de NCBI - Introducción a los SNP de NCBI
  • The SNP Consortium LTD - Búsqueda de SNP
  • Base de datos NCBI dbSNP : "un depósito central para sustituciones de nucleótidos de una sola base y polimorfismos cortos de deleción e inserción"
  • HGMD : la base de datos de mutaciones de genes humanos, incluye mutaciones raras y SNP funcionales
  • GWAS Central : una base de datos central de hallazgos de asociación genética a nivel de resumen
  • Proyecto 1000 Genomas : un catálogo profundo de la variación genética humana
  • WatCut : una herramienta en línea para el diseño de ensayos SNP-RFLP
  • SNPStats - SNPStats, una herramienta web para el análisis de estudios de asociación genética
  • Página de inicio de restricción : un conjunto de herramientas para la restricción de ADN y la detección de SNP, incluido el diseño de cebadores mutagénicos
  • Hoja informativa sobre conceptos de cáncer de la Asociación Estadounidense para la Investigación del Cáncer sobre SNP
  • PharmGKB : la base de conocimientos de farmacogenética y farmacogenómica, un recurso para los SNP asociados con la respuesta a los medicamentos y los resultados de la enfermedad.
  • GEN-SNiP : herramienta en línea que identifica polimorfismos en secuencias de ADN de prueba.
  • Reglas para la nomenclatura de genes, marcadores genéticos, alelos y mutaciones en ratones y ratas
  • Directrices de la HGNC para la nomenclatura de genes humanos
  • Predictor de efectos SNP con integración de galaxias
  • Open SNP : un portal para compartir los propios resultados de las pruebas de SNP
  • dbSAP : base de datos SNP para la detección de variaciones de proteínas
Obtenido de " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Single-nucleotide_polymorphism&oldid=1050808400 "
Contribute a better translation