Una secuencia resbaladiza es una pequeña sección de secuencias de nucleótidos de codones (generalmente UUUAAAC) que controla la tasa y la posibilidad de cambio de marco ribosómico . Una secuencia resbaladiza provoca una transferencia ribosómica más rápida que, a su vez, puede hacer que el ribosoma de lectura "se deslice". Esto permite que un ARNt cambie en 1 base (-1) después de que se haya emparejado con su anticodón, cambiando el marco de lectura. [2] [3] [4] [5] [6] Un desplazamiento de marco -1 desencadenado por una secuencia de este tipo es un cambio de marco Ribosómico -1 programado . Le sigue una región espaciadora y una estructura secundaria de ARN. Tales secuencias son comunes en poliproteínas de virus .[1]
El cambio de fotograma se produce debido al emparejamiento de oscilación. La energía libre de Gibbs de las estructuras secundarias aguas abajo da una pista de la frecuencia con la que ocurre el cambio de marco. [7] La tensión en la molécula de ARNm también juega un papel. [8] Una lista de secuencias resbaladizas encontradas en virus animales está disponible en Huang et al. [9]
Se han construido secuencias resbaladizas que causan un deslizamiento de 2 bases (desplazamiento de marco -2) a partir de la secuencia UUUUUUA del VIH. [8]
Ver también
Referencias
- ^ a b Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (noviembre de 1988). "Señales de cambio de marco ribosómico en la región gag-pol del virus del sarcoma de Rous" . Celular . 55 (3): 447–58. doi : 10.1016 / 0092-8674 (88) 90031-1 . PMC 7133365 . PMID 2846182 . S2CID 25672863 .
- ^ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (enero de 2008). "Caracterización del despliegue mecánico de pseudonudos de ARN" . Revista de Biología Molecular . 375 (2): 511–28. doi : 10.1016 / j.jmb.2007.05.058 . PMC 7094456 . PMID 18021801 .
- ^ Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (diciembre de 2010). "Estimulación del cambio de marco ribosómico por LNA antisentido" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (22): 8277–83. doi : 10.1093 / nar / gkq650 . PMC 3001050 . PMID 20693527 .
- ^ "Descripción de la investigación del Dr. Ian Brierley" . Departamento de Patología, Universidad de Cambridge . Archivado desde el original el 2 de octubre de 2013 . Consultado el 28 de julio de 2013 .
- ^ "Biología molecular: el desplazamiento de cuadros se produce en secuencias resbaladizas" . Molecularstudy.blogspot.com. 2012-10-16 . Consultado el 28 de julio de 2013 .
- ^ Farabaugh PJ, Björk GR (marzo de 1999). "Cómo la precisión traslacional influye en el mantenimiento del marco de lectura" . El diario EMBO . 18 (6): 1427–34. doi : 10.1093 / emboj / 18.6.1427 . PMC 1171232 . PMID 10075915 .
- ^ Cao S, Chen SJ (marzo de 2008). "Predicción de la eficiencia del cambio de marco ribosómico" . Biología física . 5 (1): 016002. Código Bibliográfico : 2008PhBio ... 5a6002C . doi : 10.1088 / 1478-3975 / 5/1/016002 . PMC 2442619 . PMID 18367782 .
- ^ a b Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (septiembre de 2012). "La dependencia de la longitud del espaciador del cambio de marco ribosómico -1 o -2 programado en un heptámero U6A apoya un papel para la tensión del ARN mensajero (ARNm) en el cambio de marco" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (17): 8674–89. doi : 10.1093 / nar / gks629 . PMC 3458567 . PMID 22743270 .
- ^ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). "Un análisis de todo el genoma de los pseudonudos de ARN que estimulan el cambio de marco ribosómico -1 eficiente o la lectura en virus animales" . BioMed Research International . 2013 : 984028. doi : 10.1155 / 2013/984028 . PMC 3835772 . PMID 24298557 .
enlaces externos
- Pseudobase
- Recodificar
- Cambio de fotograma, + ribosómico en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- Wise2 : alinea una proteína con una secuencia de ADN que permite cambios de marco e intrones
- FastY : compara una secuencia de ADN con una base de datos de secuencias de proteínas , lo que permite huecos y cambios de marco.
- Path - herramienta que compara dos de desplazamiento del marco proteínas (Back- traducción principio)
- Recode2 : base de datos de genes recodificados, incluidos aquellos que requieren un desplazamiento de marco de traducción programado.
- Página para el elemento de estimulación de cambio de marco de Coronavirus en Rfam