Se parece mucho a ciertos ciliados y originalmente se clasificó con ellos, pero ahora se considera relacionado con los flagelados heteroloboseanos . La celda es algo achatada, con múltiples flagelos lisos dispuestos en filas que van de adelante hacia atrás, y tiene una boca anterior sostenida por varillas. Se alimentan de bacterias , diatomeas y otros organismos más pequeños. Hay 2-16 núcleos , pero no se diferencian en macronúcleos y micronúcleos como ocurre en los ciliados.
Debido a que los núcleos son homogéneos, Stephanopogon se ha considerado anteriormente como un intermedio evolutivo entre los ciliados y otros protozoos, y posiblemente también un antepasado de los animales. Sin embargo, Corliss y Lipscomb demostraron que no está relacionado con los ciliados y carece de su compleja película e infraciliatura. [1] Stephanopogon tiene mitocondrias con crestas discoides y carece de dictiosomas , [2] como los Percolozoa . Estas comparaciones morfológicas son consistentes con los análisis filogenéticos moleculares de Yubuki y Leander, [3] que demostraron que Stephanopogonestá estrechamente relacionado con Percolomonas dentro de la Heterolobosea.