La notación gráfica de biología de sistemas (SBGN) es una representación gráfica estándar destinada a fomentar el almacenamiento, el intercambio y la reutilización eficientes de información sobre vías de señalización, redes metabólicas y redes reguladoras de genes entre comunidades de bioquímicos, biólogos y teóricos. El sistema fue creado durante varios años por una comunidad de bioquímicos , modeladores e informáticos . [1]
SBGN se compone de tres lenguajes ortogonales para representar diferentes visiones de sistemas biológicos: descripciones de procesos , relaciones entre entidades y flujos de actividad . Cada idioma define un conjunto completo de símbolos con semántica precisa, junto con reglas sintácticas detalladas sobre la construcción e interpretación de mapas. Usando estas tres notaciones, un científico de la vida puede representar de manera inequívoca redes de interacciones (por ejemplo , interacciones bioquímicas ). Estas notaciones hacen uso de una idea y símbolos similares a los utilizados por ingenieros eléctricos y de otro tipo y conocidos como diagrama de bloques.. La simplicidad de la sintaxis y la semántica de SBGN hace que los mapas de SBGN sean adecuados para su uso en la escuela secundaria. [ cita requerida ]
Ya está disponible algún soporte de software para SBGN, principalmente para el lenguaje de descripción de procesos. [2] Las visualizaciones SBGN se pueden intercambiar con el formato de archivo basado en XML SBGN-ML. [3]
Lenguaje de descripción de procesos SBGN
El lenguaje de descripción de procesos (PD) de SBGN muestra los cursos temporales de interacciones bioquímicas en una red. Puede usarse para mostrar todas las interacciones moleculares que tienen lugar en una red de entidades bioquímicas, con la misma entidad apareciendo varias veces en el mismo diagrama. [4]
Lenguaje de relación de entidad SBGN
El lenguaje SBGN Entity Relationship (ER) permite ver todas las relaciones en las que participa una determinada entidad, independientemente de los aspectos temporales. Las relaciones pueden verse como reglas que describen las influencias de los nodos de las entidades en otras relaciones. [5]
Lenguaje del flujo de actividades de SBGN
El lenguaje SBGN Activity Flow (AF) describe el flujo de información entre entidades bioquímicas en una red. Omite información sobre las transiciones de estado de las entidades y es particularmente conveniente para representar los efectos de las perturbaciones, ya sean de naturaleza genética o ambiental. [6]
Historia
El trabajo para definir un conjunto de símbolos para describir interacciones y relaciones de moléculas fue iniciado por Kurt Kohn en el Instituto Nacional del Cáncer con sus Mapas de Interacción Molecular (MIM). [7] El desarrollo de SBGN fue iniciado por Hiroaki Kitano , con el apoyo de una financiación de la Organización Japonesa de Desarrollo de Tecnología Industrial y Nuevas Energías . La reunión que inició el desarrollo de la notación gráfica de biología de sistemas se llevó a cabo del 11 al 12 de febrero de 2006 en el Instituto Nacional de Ciencia y Tecnología Industrial Avanzada (AIST), en Tokio, Japón.
La primera especificación del lenguaje de descripción de procesos SBGN, entonces denominada Diagramas de proceso, se publicó el 23 de agosto de 2008 (Nivel 1 Versión 1). [8] Las correcciones del documento se publicaron el 1 de septiembre de 2009 (Nivel 1 Versión 1.1), [9] 3 de octubre de 2010 (Nivel 1 Versión 1.2) [10] y el 14 de febrero de 2011 (Nivel 1 Versión 1.3). [4]
La primera especificación del lenguaje de relaciones de entidades SBGN se publicó el 1 de septiembre de 2009 (Nivel 1 Versión 1). [11] Las correcciones del documento se publicaron el 6 de octubre de 2010 (Nivel 1, Versión 1.1) [12] y el 14 de abril de 2011 (Nivel 1, Versión 1.2). [5]
La primera especificación del lenguaje SBGN Activity Flow se publicó el 1 de septiembre de 2009. [6]
enlaces externos
Referencias
- ^ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Schreiber F, Sorokin A, et al. (2009). "La notación gráfica de biología de sistemas" . Nat Biotechnol . 27 (8): 735–41. doi : 10.1038 / nbt.1558 . PMID 19668183 .
- ^ "Comunidad # SBGN_Software" . sbgn.org. Archivado desde el original el 4 de mayo de 2012 . Consultado el 30 de noviembre de 2009 .
- ^ "Notación gráfica de biología de sistemas" . Biología de sistemas, notación gráfica . Consultado el 11 de agosto de 2020 .
- ^ a b Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H y Villéger A. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de descripción de procesos Nivel 1. Nature Precedings (2011) doi : 10.1038 / npre.2011.3721.4
- ^ a b Le Novère N, Demir E, Mi H, Moodie S & Villéger A. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de relación de entidades Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2010) doi : 10.1038 / npre.2011.5902.1
- ^ a b Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de flujo de actividad Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3724.1
- ^ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Mapas de interacción molecular de redes biorreguladoras: una rúbrica general para la biología de sistemas. Mol Biol Cell (2006) doi : 10.1091 / mbc.E05-09-0824
- ^ Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Biología de sistemas Notación gráfica: Diagrama de proceso Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2008) doi: 10101 /npre.2008.2320.1
- ^ Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de descripción de procesos Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3721.1
- ^ Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H, Schreiber F. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de descripción de procesos Nivel 1. Nature Precedings (2010) doi: 10101 / npre.2010.3721.2
- ^ Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de relación de entidades Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3719.1
- ^ Le Novère N, Moodie S, Demir E, Schreiber F, Mi H. Biología de sistemas Notación gráfica: Lenguaje de relación de entidad Nivel 1. Precedencias de la naturaleza (2010) doi : 10.1038 / npre.2010.3719.2