Factor asociado a TBP
| Factor asociado a TBP (TAF6) | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 drosophila dtafii42 / dtafii62 (como TAF6 / TAF9) heterotetrámero, HFD | ||||||||
| Identificadores | ||||||||
| Símbolo | TAF | |||||||
| Pfam | PF02969 | |||||||
| Clan pfam | CL0012 | |||||||
| InterPro | IPR004823 | |||||||
| SCOP2 | 1bh9 / SCOPe / SUPFAM | |||||||
| ||||||||
Los factores asociados a TBP ( TAF ) son proteínas que se asocian con la proteína de unión a TATA en el inicio de la transcripción. Es parte del complejo proteico multimérico del factor de iniciación de la transcripción TFIID . También incluye muchos otros factores, incluido SL1 . Ellos median en la formación del complejo de preiniciación de la transcripción , un paso que precede a la transcripción de ADN a ARN por la ARN polimerasa II .
Los TAF tienen un dominio de pliegue similar a histona N-terminal (HFD) característico. [1] Este dominio está implicado en la interacción por pares entre TAF específicos. [2]
Función
TFIID
TFIID juega un papel central en la mediación de las respuestas de los promotores a varios activadores y represores . Se une fuertemente a TAFII-250 e interactúa directamente con TAFII-40. TFIID se compone de proteína de unión a TATA (TBP) y varios factores asociados a TBP (TAFS). [3]
TAF es parte del complejo TFIID e interactúa con lo siguiente:
- Activadores transcripcionales específicos
- Factores de transcripción basales
- Otros TAFII
- Secuencias de ADN específicas, por ejemplo, el elemento promotor aguas abajo o la secuencia promotora central específica del gen.
Debido a tales interacciones, contribuyen a la activación de la transcripción y a la selectividad del promotor. [3]
Algunos pares de TAF interactúan entre sí para formar "lóbulos" en TFIID. Los pares que se sabe o se sugiere que existen en TFIID incluyen TAF6-TAF9, TAF4-TAF12, TAF11-13, TAF8-TAF10 y TAF3-TAF10. [2]
SL1
El factor selectivo 1 está compuesto por la proteína de unión a TATA y tres subunidades de TAF (factor asociado a la proteína de unión a caja de TATA) ( TAF1A , TAF1B y TAF1C ). Estos TAF no tienen un dominio de pliegue de tipo histona. [4]
Otros complejos
En esta sección falta información sobre las subunidades de SAGA y complejos relacionados, y la formación de pares en ellos. ( Abril de 2019 ) |
TAF es parte de SAGA (SPT-ADA-GCN5 acetilasa) y complejos de coactivación relacionados. [2] Tales complejos acetilan colas de histonas para activar genes. [5] El ser humano tiene tres complejos similares a SAGA: PCAF , TFTC (complejo que contiene TAF sin TBP) y STAGA ( SPT3 - TAF9 - GCN5L acetilasa). PCAF (GCN5) y KAT2A (GCN5L) son dos homólogos humanos de la levadura Gcn5. [6]
TAF8, TAF10 y SPT7L forman un pequeño complejo TAF llamado SMAT. [2]
Estructura
El dominio N-terminal de TAF tiene un pliegue proteico de tipo histona. Contiene dos hélices alfa cortas y una hélice alfa central larga. [1]
Genes humanos
En esta sección falta información sobre TAF en complejos que no son TF2D. ( Abril de 2019 ) |
- TAF1 (TAFII250)
- TAF2 (CIF150)
- TAF3 (TAFII140)
- TAF4 (TAFII130 / 135)
- TAF4B (TAFII105)
- TAF5 (TAFII100)
- TAF6 (TAFII70 / 80)
- TAF6L (PAF65A)
- TAF7 (TAFII55)
- TAF8 (TAFII43)
- TAF9 (TAFII31 / 32)
- TAF9B (TAFII31L)
- TAF10 (TAFII30)
- TAF11 (TAFII28)
- TAF12 (TAFII20 / 15)
- TAF13 (TAFII18)
- TAF15 (TAFII68)
Firmas surtidas
Los dominios TAF se distribuyen en muchas firmas digitales:
|
|
|
|
|
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Referencias
- ^ a b Xie X, Kokubo T, Cohen SL, Mirza UA, Hoffmann A, Chait BT, Roeder RG, Nakatani Y, Burley SK (marzo de 1996). "Similitud estructural entre TAF y el núcleo heterotetramérico del octámero de histonas". Naturaleza . 380 (6572): 316–22. doi : 10.1038 / 380316a0 . PMID 8598927 . S2CID 4329570 .
- ↑ a b c d Demény MA, Soutoglou E, Nagy Z, Scheer E, Jànoshàzi A, Richardot M, Argentini M, Kessler P, Tora L (marzo de 2007). "Identificación de un pequeño complejo TAF y su papel en el ensamblaje de complejos que contienen TAF" . PLOS ONE . 2 (3): e316. doi : 10.1371 / journal.pone.0000316 . PMC 1820849 . PMID 17375202 .
- ↑ a b Furukawa T, Tanese N (septiembre de 2000). "El ensamblaje de complejos TFIID parciales en células de mamíferos revela distintas actividades asociadas con factores asociados a proteínas de unión a la caja TATA individuales" . La revista de química biológica . 275 (38): 29847–56. doi : 10.1074 / jbc.M002989200 . PMID 10896937 .
- ^ Friedrich JK, Panov KI, Cabart P, Russell J, Zomerdijk JC (agosto de 2005). "El complejo TBP-TAF SL1 dirige la formación del complejo de preiniciación de la ARN polimerasa I y estabiliza el factor de unión aguas arriba en el promotor del ADNr" . La revista de química biológica . 280 (33): 29551–8. doi : 10.1074 / jbc.M501595200 . PMC 3858828 . PMID 15970593 .
- ^ Bonnet J, Wang CY, Baptista T, Vincent SD, Hsiao WC, Stierle M, Kao CF, Tora L, Devys D (septiembre de 2014). "El complejo coactivador SAGA actúa sobre todo el genoma transcrito y es necesario para la transcripción de la ARN polimerasa II" . Genes y desarrollo . 28 (18): 1999–2012. doi : 10.1101 / gad.250225.114 . PMC 4173158 . PMID 25228644 .
- ^ Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (octubre de 2001). "El complejo STAGA humano es un coactivador de transcripción de acetilación de cromatina que interactúa con factores de unión al daño de ADN y empalme de pre-mRNA in vivo" . Biología Molecular y Celular . 21 (20): 6782–95. doi : 10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001 . PMC 99856 . PMID 11564863 .
- IPR004823
- IPR003923
- Dominios proteicos
