Temple Ferris Smith (nacido el 7 de marzo de 1939) es un profesor emérito de ingeniería biomédica [4] [5] que ayudó a desarrollar el algoritmo Smith-Waterman con Michael Waterman en 1981. [1] El algoritmo Smith-Waterman sirve como base para comparaciones de múltiples secuencias, identificando el segmento con la máxima similitud de secuencia local, ver alineación de secuencia . Este algoritmo se utiliza para identificar segmentos similares de ADN , ARN y proteínas . Él era director [ ¿cuándo? ] del Centro de Investigación de Ingeniería BioMolecular [4] enBoston University durante veinte años y ahora [ ¿cuándo? ] profesor emérito .
Temple Smith | |
---|---|
Nació | Temple Ferris Smith 7 de marzo de 1939 (edad 82) Auburn, Nueva York |
alma mater | |
Conocido por | Algoritmo de Smith-Waterman [1] |
Premios |
|
Carrera científica | |
Instituciones | Universidad de Boston |
Tesis | Las amplitudes del deuterón de una teoría de dispersión nuclear de partículas compuestas (1969) |
Influencias | Michael Waterman |
Sitio web | www |
Educación
Smith obtuvo su licenciatura en 1963 del Departamento de Física de la Universidad de Purdue , seguido de un doctorado en 1969 en el Departamento de Física de la Universidad de Colorado en Boulder . [6]
Investigación y carrera
Después de su doctorado, Smith realizó una investigación postdoctoral desde marzo de 1969 hasta agosto de 1971 en el Departamento de Biofísica y Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Colorado, Boulder. [ cita requerida ]
Su investigación se centra en la aplicación de diversos métodos informáticos y matemáticos para el descubrimiento de patrones sintácticos y semánticos en secuencias de ácidos nucleicos y aminoácidos. En los últimos años, esto se ha centrado en la evolución molecular de las familias de proteínas. como las hélices beta de repetición WD, la GTPasa asociada a la traducción y las proteínas ribosómicas. [7] Es conocido por la creación del algoritmo Smith-Waterman . [1]
Smith ha ocupado los siguientes nombramientos:
- 1965-1966: Instructor , Fuerza Aérea de los EE. UU. Lowery, Denver, CO
- 1971–1984: Profesor , Departamento de Física, Universidad del Norte de Michigan, Marquette, MI
- 1985-1991: Director , Recursos de investigación informática de biología molecular, Instituto de cáncer Dana-Farber, Facultad de medicina de Harvard y Facultad de salud pública de Harvard
- 1991–2009: Director , Centro de Recursos de Ingeniería BioMolecular, Universidad de Boston
- 1999–: Co-organizador , 1999 Instituto para el Avance Académico de los Jóvenes Descubriendo la Biotecnología Día
- 2000–: cofundador y director de información de Modular Genetics, Inc.
- 2000–: Entrenador de hockey juvenil [ cita requerida ]
Publicaciones Seleccionadas
- M. Mariotti, TF Smith, PH Sudmant y G. Goldberger, "La pseudogeneización de Lfg5 específica de testículo precede a la divergencia entre humanos y neandertales", Journal of Human Genetics 59, 288-291 (2014)
- Hyman Hartman y Temple F. Smith “La evolución del ribosoma y el código genético”, Life, 4 (2), 227–249 (2014)
- Hartman, H y TF Smith, "GTPasas y el origen del ribosoma", Biology Direct, 5: 36-39, (2010)
- Hartman, Hyman y Smith, Temple F. “La evolución del cilio y la célula eucariota” La motilidad celular y el citoesqueleto. 66: 215-219. (2009)
- Hu, Lan, Smith, Temple F. y Goldberger, Gabriel. "LFG: un candidato de la familia de genes reguladores de la apoptosis" Apoptosis. 14: 1255-1265. (2009)
- Smith, Temple F., Lee, Jung C., Gutell, Robin R. y Hartman, Hyman. "El origen y evolución del ribosoma" Biology Direct 3: 16, 1–13 (2008)
- Smith, Temple F. “Capítulo 2: Diversidad de proteínas de repetición WD” La familia de proteínas coronina, 20–30 (2008)
- Bhutkar, Arjun V., Gelbart, William M. y Smith, Temple F. (2007). Inferir filogenia de reordenamiento a escala del genoma y orden de genes ancestrales: un estudio de caso de Drosophila. Biología del genoma 8, R236
- Bhutkar, Arjun, Russo, Susan M., Smith, Temple F. y Gelbart, William M. “Análisis a escala genómica de genes reubicados posicionalmente” Genome Research 17: 1880-1887 (2007)
- Hartman, Hyman, Favaretto, Paola y Smith, Temple F. "Los orígenes arqueológicos del sistema traslacional eucariota" Archaea 2: 1-9 (2006)
- Bienkowska, Jadwiga, Hartman, Hyman y Smith, Temple F. (2003). ¿Un método de búsqueda de homólogos de proteínas pequeñas, proteínas similares a la ubiquitina en células procariotas? Ingeniería de proteínas 16 (12), 897–904.
- Venkatesan, Kavitha, McManus, Heather R., Mello, Craig C., Smith, Temple F. y Hansen, Ulla. (2003). Conservación funcional entre miembros de una antigua familia de factores de transcripción duplicados, LSF / Grainyhead. Investigación de ácidos nucleicos 31 (15), 4304–4316.
- Zhang YX1, Fox JG, Ho Y, Zhang L, Stills HF Jr, Smith TF. Comparación del gen de la proteína principal de la membrana externa (MOMP) de las cepas de neumonitis de ratón (MoPn) y de hámster SFPD de Chlamydia trachomatis con otras cepas de Chlamydia. Mol Biol Evol. Noviembre de 1993; 10 (6): 1327–42.
Premios y honores
Smith recibió el premio ISCB Senior Scientist Award [2] y fue elegido miembro de la ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [3]
En 2002, fue admitido en el Instituto Americano de Ingeniería Médica y Biológica (AIMBE) "por sus extraordinarias contribuciones en la definición y el avance del campo de la bioinformática, con énfasis en nuevos métodos de ingeniería para predecir la estructura y función de las proteínas". [ cita requerida ]
Referencias
- ^ a b c Smith, T .; Waterman, MS (1981). "Identificación de subsecuencias moleculares comunes". Revista de Biología Molecular . 147 (1): 195-197. CiteSeerX 10.1.1.63.2897 . doi : 10.1016 / 0022-2836 (81) 90087-5 . PMID 7265238 .
- ^ a b Maisel, M. (2007). "ISCB honra el templo F. Smith y Eran Segal" . PLOS Biología Computacional . 3 (6): e128. Código Bibliográfico : 2007PLSCB ... 3..128M . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0030128 . PMC 1904388 . PMID 17604447 .
- ^ a b "Becarios ISCB" . iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . 2017. Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
- ^ a b "Centro de Investigación de Ingeniería BioMolecular | Universidad de Boston" . Bmerc-www.bu.edu . Consultado el 24 de marzo de 2017 .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 7 de julio de 2007 . Consultado el 3 de mayo de 2007 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )
- ^ Smith, Temple Ferris (1969). Las amplitudes del deuterón a partir de una teoría de dispersión nuclear de partículas compuestas (tesis doctoral). Universidad de Colorado en Boulder. OCLC 50252533 . ProQuest 302393082 .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 4 de abril de 2012 . Consultado el 28 de octubre de 2011 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )