Proyecto 'El árbol vivo de todas las especies'

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Logotipo del proyecto 'The All-Species Living Tree'

El proyecto ' The All-Species Living Tree' es una colaboración entre varios grupos académicos / institutos, como ARB , el proyecto de base de datos de ARNr SILVA y LPSN , con el objetivo de ensamblar una base de datos de secuencias de ARNr 16S de todas las especies de Bacteria publicadas válidamente y Archaea . ^[1] En una etapa, también se recopilaron secuencias 23S , ^[2] pero esto se ha detenido desde entonces. ^[3]

Actualmente hay más de 10,950 especies en el conjunto de datos alineados y se están agregando varias más a medida que se descubren nuevas especies o se secuencian especies que no están representadas en la base de datos. Inicialmente, este último grupo estaba formado por un 7% de especies.

Proyectos similares (y más recientes) incluyen la Enciclopedia Genómica de Bacterias y Archaea (GEBA), que se centró en la secuenciación del genoma completo de bacterias y arqueas. ^{[4] [5]}

Árbol

Ver también: phyla bacteriano

El árbol se creó mediante un análisis de máxima verosimilitud sin bootstrap: en consecuencia, la precisión se intercambia por el tamaño y muchos clados de nivel de filo no se resuelven correctamente (como los Firmicutes). (Eucariotas no presentes en el análisis). Este árbol filogenético basado en ARNr 16S se basa en las LTP 121 de la liberación de ARB-SILVA (junio de 2015) y contiene todas las especies tipo con nombres publicados válidamente hasta diciembre de 2014. ^{[6] [7]}

Dominio  Archaea	Thaumarchaeota       Crenarchaeota ( Thermoprotei )   Euryarchaeota   Methanopyrus kandleri       Methanococcales     Eurythermea   Thermococcaceae     Thermoplasmata     Neobacterias   Methanobacteriales       Archaeoglobaceae   Halomebacterias   Metanomicrobia     Halobacteriaceae
Bacterias de dominio	Termotogales       Thermodesulfobiaceae (Firmicutes)       Synergistaceae {Clostridiales Family XV Incertae Sedis} (Firmicutes)       Caldisericum exilio         Termodesulfobacterias     Aquificales       Firmicutes   Thermaerobacter         Caldicellulosiruptor       Thermoanaerobacteraceae       Thermanaeromonas toyohensis       Dictyoglomus     Thermoanaerobacterales Clado I sin nombre (incl. Fervidicola )               Thermoanaerobacterales Clado II sin nombre         Gelria glutamica       Familia Clostridiales XVIII Incertae Sedis     Sulfobacillus           Clostridia ss (incluidos Thermolithobacter , Negativicutes y Thermoanaerobacterales Clado III sin nombre )     Bacilos (incluidos Erysipelotrichia y Mollicutes )                   Actinobacterias   Cloroflexi       Thermoflexus hugenholtzii     Dehalococcoidaceae         Caldilineaceae       Ardenticatena maritima     Anaerolineaceae             Ktedonobacterias       Termomicrobia     Cloroflexi               Nitrospiraceae       Deinococos       Thermoanaerobaculum aquaticum             Caldithrix       Gemmatimonas aurantiaca     Fibrobacter       Planctobacterias Planctomicetos   Phycisphaera mikrensis     Planctomicetales         Chlamydiales     Lentisphaerae   Oligosphaera etanolica     Lentisphaeria     Verrucomicrobia   Opitutae     Verrucomicrobiales             Esfingobacterias Clorobi   Ignavibacteriaceae     Clorobiaceae       Bacteroidetes         Tiobacterias   Deltaproteobacteria       Deferrisoma carnini       Desulfovibrionales       Desulfurellaceae     Epsilonproteobacteria               Acidobacterias   Holofagas       Bryobacter aggregatus     Acidobacteriaceae             Chrysiogenaceae     Deferribacteraceae         Espiroquetas       Fusobacteriales       Elusimicrobium minutum     Armatimonadetes                 Mariprofundus ferrooxydans   Rhodobacteria   Alfaproteobacterias   Cromatibacterias   Gammaproteobacteria (parafilético)     Betaproteobacterias

Referencias

1. Yarza, P .; Richter, M .; Peplies, JR; Euzeby, J .; Amann, R .; Schleifer, KH; Ludwig, W .; Glöckner, FO; Rosselló-Móra, R. (2008). "El proyecto de árbol vivo de todas las especies: un árbol filogenético basado en ARNr 16S de todas las cepas de tipo secuenciado". Microbiología sistemática y aplicada . 31 (4): 241–250. doi : 10.1016 / j.syapm.2008.07.001 . hdl : 10261/103580 . PMID  18692976 .
2. Yarza, Pablo; Ludwig, Wolfgang; Euzéby, Jean; Amann, Rudolf; Schleifer, Karl-Heinz; Glöckner, Frank Oliver; Rosselló-Móra, Ramon (2010). "Actualización del proyecto de árbol vivo de todas las especies basado en análisis de secuencias de ARNr 16S y 23S". Microbiología sistemática y aplicada . 33 (6): 291–299. doi : 10.1016 / j.syapm.2010.08.001 . PMID 20817437 . 
3. Muñoz, RL; Yarza, P .; Ludwig, W .; Euzéby, J .; Amann, R .; Schleifer, KH; Oliver Glöckner, F .; Rosselló-Móra, R. (2011). "Liberar LTPs104 del árbol vivo de todas las especies". Microbiología sistemática y aplicada . 34 (3): 169-170. doi : 10.1016 / j.syapm.2011.03.001 . PMID 21497273 . 
4. Wu, Dongying; Hugenholtz, Philip; Mavromatis, Konstantinos; Pukall, Rüdiger; Dalin, Eileen; Ivanova, Natalia N .; Kunin, Victor; Goodwin, Lynne; Wu, Martin; Tindall, Brian J .; Hooper, Sean D. (diciembre de 2009). "Una enciclopedia genómica impulsada por la filogenia de bacterias y arqueas" . Naturaleza . 462 (7276): 1056–1060. Código Bibliográfico : 2009Natur.462.1056W . doi : 10.1038 / nature08656 . ISSN 0028-0836 . PMC 3073058 . PMID 20033048 .   
5. Kyrpides, Nikos C .; Hugenholtz, Philip; Eisen, Jonathan A .; Woyke, Tanja; Göker, Markus; Parker, Charles T .; Amann, Rudolf; Beck, Brian J .; Cadena, Patrick SG; Chun, Jongsik; Colwell, Rita R. (5 de agosto de 2014). "Enciclopedia genómica de bacterias y arqueas: secuenciación de una miríada de cepas de tipo" . PLOS Biología . 12 (8): e1001920. doi : 10.1371 / journal.pbio.1001920 . ISSN 1545-7885 . PMC 4122341 . PMID 25093819 .   
6. LTP 121 de la versión ARB-SILVA: descripción general (PDF) (informe). Archivado desde el original (PDF) el 23 de septiembre de 2015.
7. ARB-SILVA lanzan LTP 121: árbol completo (PDF) (Informe). Archivado desde el original (PDF) el 23 de septiembre de 2015.

enlaces externos

• [1]