| Contenido | |
|---|---|
| Descripción | Un repositorio para almacenar, intercambiar y recuperar modelos computacionales de interés biológico. |
| Tipos de datos capturados | modelos computacionales |
| Organismos | todos |
| Contacto | |
| Centro de Investigación | EMBL-EBI , BI , Caltech |
| Cita primaria | PMID 20587024 |
| Fecha de lanzamiento | 2005 |
| Acceso | |
| Estándares | Miriam |
| Formato de datos | SBML , BioPAX , SciLab , Octave , XPP, VCML, RDF / XML |
| Sitio web | Instancia principal de EBI , espejo Caltech |
| URL de descarga | FTP de EBI |
| URL del servicio web | JABÓN |
| Instrumentos | |
| Web | Visualización del modelo, múltiples estrategias de navegación, búsqueda avanzada, descarga masiva, modelo del mes |
| Diverso | |
| Licencia | CC0 Dedicación de dominio público |
| Versión | 28 (septiembre de 2014) |
| Política de curación | si (manual) |
| Entidades que se pueden marcar | sí |
BioModels es un repositorio gratuito y de código abierto para almacenar, intercambiar y recuperar modelos cuantitativos de interés biológico creado en 2006. [1] [2] [3] Todos los modelos en la sección curada de BioModels Database se han descrito en revisión por pares literatura cientifica.
Los modelos almacenados en la rama curada de BioModels cumplen con MIRIAM , el estándar de curación y anotación de modelos. Los curadores han simulado los modelos para comprobar que, cuando se ejecutan en simulaciones, proporcionan los mismos resultados que se describen en la publicación. Los componentes del modelo están anotados, por lo que los usuarios pueden identificar cómodamente cada elemento del modelo y recuperar más información de otros recursos.
Los modeladores pueden enviar los modelos en SBML y CellML . Posteriormente, los modelos se pueden descargar en SBML , VCML , XPP , SciLab , Octave , BioPAX y RDF / XML . Las redes de reacción de los modelos se presentan en algunos formatos gráficos, como PNG , SVG y subprograma Java gráfico , en los que se presentan algunas redes siguiendo la notación gráfica de Biología de sistemas . Y un resumen legible por humanos de cada modelo está disponible en PDF .
Contenido
BioModels se compone de varias ramas. La rama seleccionada alberga modelos que están bien seleccionados y comentados. La rama no curada proporciona modelos que aún no están curados, no son curables (modelos espaciales, modelos de estado estable, etc.) o son demasiado grandes para ser curados. Los modelos no seleccionados se pueden mover posteriormente a la rama curada. El repositorio también alberga modelos que se generaron automáticamente a partir de bases de datos de rutas.
Todos los modelos están disponibles gratuitamente bajo la Dedicación de dominio público de Creative Commons CC0 , y se puede acceder fácilmente a ellos a través del sitio web o los Servicios web . [4] También se pueden descargar archivos de todos los modelos desde el servidor FTP de EBI .
BioModels anunció su lanzamiento número 31 el 26 de junio de 2017. [5] Ahora ofrece públicamente 144.710 modelos. Esto corresponde a 1.640 modelos publicados en la literatura y 143.070 modelos generados automáticamente a partir de recursos de la vía.
La deposición de modelos en BioModels es defendida por muchas revistas científicas, incluidas Molecular Systems Biology , todas las revistas de la Public Library of Science , todas las revistas de BioMed Central y todas las revistas publicadas por la Royal Society of Chemistry .
Desarrollo
BioModels es desarrollado por el equipo de BioModels.net en EMBL - EBI , Reino Unido, el laboratorio Le Novère en el Instituto Babraham , Reino Unido, y el equipo SBML en Caltech, EE. UU. [6]
Financiamiento
BioModels Development se ha beneficiado de los fondos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular , el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas , la Iniciativa de Medicamentos Innovadores , el Séptimo Programa Marco (FP7) , el Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales , la DARPA y el Centro Nacional para recursos de investigación .
Referencias
- ^ Le Novère N., Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Dharuri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep JL, Hucka M. BioModels Database : Una base de datos centralizada y gratuita de modelos cinéticos cuantitativos seleccionados, publicados y de sistemas bioquímicos y celulares. Investigación de ácidos nucleicos (2006), 34: D689-D691.
- ^ Li, Chen; Donizelli, Marco; Rodríguez, Nicolás; Dharuri, Harish; Endler, Lukas; Chelliah, Vijayalakshmi; Li, Lu; Él, Enuo; Henry, Arnaud; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). "Base de datos de BioModels: un recurso mejorado, curado y anotado para modelos cinéticos cuantitativos publicados" . Biología de sistemas BMC . 4 (1): 92. doi : 10.1186 / 1752-0509-4-92 . PMC 2909940 . PMID 20587024 .
- ^ Chelliah V., Juty N., Ajmera I., Raza A., Dumousseau M., Glont M., Hucka M., Jalowicki G., Keating S., Knight-Schrijver V., Lloret-Villas A., Natarajan K., Pettit J.-B., Rodríguez N., Schubert M., Wimalaratne S., Zhou Y., Hermjakob H., Le Novère N., Laibe C. BioModels: décimo aniversario. Investigación de ácidos nucleicos (2015) 43 (D1): D542-D548
- ^ Li C., Courtot M., Le Novère N. y Laibe C (2009) BioModels.net Web Services, un conjunto de herramientas gratuito e integrado para software de modelado computacional, Briefings in Bioinformatics, doi : 10.1093 / bib / bbp056
- ^ Base de datos de BioModels: Hinxton, 26 de junio de 2017
- ^ Financiadores y colaboradores de BioModels
Enlaces externos
- Sitio web oficial de BioModels
- Sitio de Caltech Mirror
