Blast2GO , publicado por primera vez en 2005, [1] [2] [3] [4] es una herramienta de software bioinformática para la anotación funcional automática de alto rendimiento de datos de secuencias novedosas ( genes proteínas ). Hace uso del algoritmo BLAST [5] para identificar secuencias similares y luego transfiere la anotación funcional existente de las secuencias aún caracterizadas a la nueva. La información funcional se representa a través de Gene Ontology (GO), un vocabulario controlado de atributos funcionales. La Ontología Genética , o GO , es una importante bioinformáticainiciativa para unificar la representación de genes y atributos de productos génicos en todas las especies . [6]
![]() Blast2GO | |
Tipo | Software de bioinformática |
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Comienzo | 2011 |
Fabricante | Bioinformática BioBam |
Modelos realizados | Demostración, Básico, De prueba, Pro, Complemento, Línea de comandos |
Sitio web | https://www.blast2go.com |
Ver también
Referencias
- ^ Conesa, A; Götz, S; García-Gómez, JM; Terol, J; Talón, M; Robles, M (15 de septiembre de 2005). "Blast2GO: una herramienta universal para la anotación, visualización y análisis en la investigación de la genómica funcional" . Bioinformática . 21 (18): 3674–6. doi : 10.1093 / bioinformática / bti610 . PMID 16081474 .
- ^ Götz, S; García-Gómez, JM; Terol, J; Williams, TD; Nagaraj, SH; Nueda, MJ; Robles, M; Talón, M; Dopazo, J; Conesa, A (junio de 2008). "Anotación funcional de alto rendimiento y minería de datos con la suite Blast2GO" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (10): 3420–35. doi : 10.1093 / nar / gkn176 . PMC 2425479 . PMID 18445632 .
- ^ Conesa, A; Götz, S (2008). "Blast2GO: una suite integral para el análisis funcional en genómica vegetal" . Revista Internacional de Genómica Vegetal . 2008 : 1–12. doi : 10.1155 / 2008/619832 . PMC 2375974 . PMID 18483572 .
- ^ Götz, S; Arnold, R; Sebastián-León, P; Martín-Rodríguez, S; Tischler, P; Jehl, MA; Dopazo, J; Rattei, T; Conesa, A (1 de abril de 2011). "B2G-FAR, un repositorio de anotaciones GO centrado en especies" . Bioinformática . 27 (7): 919–24. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr059 . PMC 3065692 . PMID 21335611 .
- ^ Altschul, SF; Gish, W; Miller, W; Myers, EW; Lipman, DJ (5 de octubre de 1990). "Herramienta básica de búsqueda de alineación local". Revista de Biología Molecular . 215 (3): 403–10. doi : 10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2 . PMID 2231712 .
- ^ The Gene Ontology Consortium (enero de 2008). "El proyecto Gene Ontology en 2008" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D440–4. doi : 10.1093 / nar / gkm883 . PMC 2238979 . PMID 17984083 .
enlaces externos
- Sitio web oficial Blast2GO - Herramienta para la anotación funcional de secuencias (novedosas) y el análisis de datos de anotaciones.
- Empresa desarrolladora de Blast2GO - BioBam Bioinformatics SL, una empresa de bioinformática dedicada a la creación de software fácil de usar para la comunidad científica, desarrolla, mantiene y distribuye Blast2GO.
- Herramientas de ontología genética : proporciona acceso a las ontologías, herramientas de software, listas de productos genéticos anotadas y documentos de referencia que describen el GO y sus usos.
- PlantRegMap : anotación de Plant GO para 165 especies y análisis de enriquecimiento de GO