CLC bio era una empresa de software bioinformático con sede en Aarhus , Dinamarca , y oficinas en Cambridge, Massachusetts , Tokio , Taipei y Delhi . El software de CLC bio tiene más de 250.000 usuarios [1] en más de 100 países de todo el mundo. QIAGEN adquirió CLC bio en 2013 y sigue existiendo como parte de QIAGEN Digital Insights , la división de investigación y desarrollo bioinformático de QIAGEN.
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Tipo | Empresa de capital privado |
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Industria | Bioinformática |
Fundado | 2005 |
Sede | , |
Área de servicio | Dinamarca Cambridge, Massachusetts Tokio Taipei Delhi |
Productos | Software y consultoría |
Sitio web | http://www.clcbio.com |
Software
CLC bio desarrolla software de escritorio, [3] empresarial y en la nube ampliamente citado [2] para el análisis de datos biológicos . Si bien ofrece algunos algoritmos de código abierto con sus herramientas, CLC bio tiene sus propias implementaciones de varias aplicaciones populares, que se han acelerado utilizando la tecnología SIMD . En 2010, CLC bio fue la primera plataforma comercial para el análisis bioinformático que utilizó una interfaz gráfica de usuario para construir, administrar e implementar flujos de trabajo de análisis. [4]
Entre otras características, el software admite mapeo de lectura de Sanger y datos de secuenciación de alto rendimiento , ensamblaje de novo de Sanger y datos de secuenciación de alto rendimiento , detección de SNP en genomas completos de cualquier tamaño, detección de variaciones estructurales en genomas completos de cualquier tamaño, Análisis de ChIP-seq , análisis de RNA-Seq , análisis de ARN pequeño y BLAST . CLC bio también proporciona complementos adicionales (tanto gratuitos como comerciales) que amplían la plataforma para su uso en áreas temáticas específicas, incluido el acabado del genoma, la genómica microbiana y la biología estructural.
El software de CLC bio permite al usuario analizar, visualizar y comparar datos genómicos , transcriptómicos y epigenómicos de todas las principales plataformas de secuenciación de alto rendimiento como Illumina , Life Technologies , Roche 454, Pacific Biosciences , Oxford Nanopore y Complete Genomics . El software de CLC bio es independiente de la plataforma y se puede utilizar para Mac OS X , Windows y Linux . La plataforma incluye una interfaz gráfica de usuario de escritorio, herramientas de línea de comandos, una API SOAP y REST , y la capacidad de ejecutar herramientas en contenedores.
La plataforma de análisis de CLC bio se ha instalado en varias de las instituciones de investigación del mundo y en más de 2000 organizaciones diferentes [5] en todo el mundo, incluidas las 10 principales empresas farmacéuticas del mundo.
Computación en la nube
En 2017, CLC bio lanzó su CLC Genomics Cloud Engine [6] como una plataforma impulsada por línea de comandos para la ejecución del flujo de trabajo de bioinformática basada en la nube en Amazon Web Services. En 2019, esta plataforma se adaptó y aprobó para su uso en AWS GovCloud. En 2020, CLC bio lanzó un complemento gratuito que permite la ejecución del flujo de trabajo en AWS directamente desde el software de escritorio CLC Genomics Workbench.
Hardware
Al principio, la empresa presentó soluciones informáticas de alto rendimiento desarrolladas por ellos mismos , centrándose en la aceleración de algoritmos de código abierto como HMMER , Smith-Waterman y ClustalW , utilizando tecnología FPGA . CLC bio ya no está desarrollando sus propios productos basados en hardware.
Acerca de
CLC bio inició sus actividades comerciales el 1 de enero de 2005 con sede en Dinamarca. Es una empresa privada rentable con 100 empleados y fue adquirida por Qiagen a finales de 2013. El 30% de los empleados tiene un doctorado y otro 50% tiene una maestría. [7]
CLC bio mantiene un enfoque científico al inicializar y participar en varios proyectos de investigación en todo el mundo, incluidos múltiples proyectos financiados por subvenciones. [8] [9]
Referencias
- ^ Número de usuarios
- ^ Citas de Google Scholar
- ^ "QIAGEN CLC Genomics Workbench | QIAGEN Digital Insights" . Software y servicios de bioinformática | Información digital de QIAGEN . Consultado el 7 de mayo de 2020 .
- ^ "Últimas mejoras" . Software y servicios de bioinformática | Información digital de QIAGEN . Consultado el 7 de mayo de 2020 .
- ^ Lista de clientes
- ^ "Últimas mejoras" . Software y servicios de bioinformática | Información digital de QIAGEN . Consultado el 7 de mayo de 2020 .
- ^ "Perfil de la empresa (PDF)" (PDF) . Archivado desde el original (PDF) el 4 de mayo de 2012 . Consultado el 29 de mayo de 2012 .
- ^ GenomeWeb
- ^ GenomeWeb