secuenciación de chips
La secuenciación de ChIP , también conocida como ChIP-seq , es un método utilizado para analizar las interacciones de proteínas con el ADN . ChIP-seq combina inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) con secuenciación masiva de ADN en paralelo para identificar los sitios de unión de las proteínas asociadas al ADN. Se puede usar para mapear sitios de unión globales con precisión para cualquier proteína de interés. Anteriormente, ChIP-on-chip era la técnica más común utilizada para estudiar estas relaciones proteína-ADN.
ChIP-seq se utiliza principalmente para determinar cómo los factores de transcripción y otras proteínas asociadas a la cromatina influyen en los mecanismos que afectan al fenotipo . Determinar cómo las proteínas interactúan con el ADN para regular la expresión génica es esencial para comprender completamente muchos procesos biológicos y estados de enfermedad. Esta información epigenética es complementaria al análisis de genotipo y expresión. La tecnología ChIP-seq actualmente se ve principalmente como una alternativa a ChIP-chip que requiere una matriz de hibridación .. Esto introduce cierto sesgo, ya que una matriz está restringida a un número fijo de sondas. Se cree que la secuenciación, por el contrario, tiene menos sesgo, aunque el sesgo de secuenciación de las diferentes tecnologías de secuenciación aún no se comprende por completo. [1]
Los sitios específicos de ADN en interacción física directa con factores de transcripción y otras proteínas pueden aislarse mediante inmunoprecipitación de cromatina . ChIP produce una biblioteca de sitios de ADN objetivo unidos a una proteína de interés. Los análisis de secuencias paralelas masivas se utilizan junto con las bases de datos de secuencias del genoma completo para analizar el patrón de interacción de cualquier proteína con el ADN, [2] o el patrón de cualquier modificación epigenética de la cromatina . Esto se puede aplicar al conjunto de proteínas y modificaciones compatibles con ChIP, como factores de transcripción, polimerasas y maquinaria transcripcional , proteínas estructurales , modificaciones de proteínas y modificaciones de ADN .. [3] Como alternativa a la dependencia de anticuerpos específicos, se han desarrollado diferentes métodos para encontrar el superconjunto de todas las regiones reguladoras activas del genoma con nucleosomas agotados o alterados, como DNase-Seq [4] y FAIRE-Seq . [5] [6]
