Fue educado en Oxford y se graduó de BA el 7 de abril de 1565; pero el 21 de octubre del año siguiente entró en la Compañía de Jesús en Roma, a los 19 años. Según Charles Dodd , estuvo entre los jesuitas durante muchos años; pero gradualmente se alejó de ellos, y mientras estaba en Venecia , quizás alrededor de 1585, escribió un libro sobre la sociedad; no parece haber sido publicado. En general, adoptó una opinión favorable, pero parece que posteriormente el gobierno inglés pensó que probablemente resultaría perjudicial. Casi al mismo tiempo, William Cecil visitó Roma; Perkins intervino cuando sus opiniones religiosas crearon una situación difícil. Se dice que Perkins regresó con el joven Cecil, quien lo recomendó a su abuelo Lord Burghley.favor.
En 1587 residía en Praga , siendo descrito en la lista del gobierno de recusantes en el extranjero como jesuita. Allí conoció a Edward Kelley , quien en junio de 1589 lo acusó de ser un emisario del Papa y de complicidad en un complot para asesinar a la reina Isabel . Poco después, Perkins llegó a Inglaterra y parece haber sido encarcelado por sospecha. El 12 de marzo de 1590 escribió a Francis Walsingham , socavando a Kelley y apelando a un elogio del rey de Polonia como prueba de su inocencia. El 9 de mayo se le concedieron los gastos de una misión a Polonia y Prusia.
A partir de este momento, Perkins fue empleado frecuentemente como agente diplomático en Dinamarca, Polonia, Rodolfo II, Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y la Liga Hanseática ; sus misiones se ocuparon principalmente de asuntos comerciales. En 1591 fue embajador en Dinamarca, teniendo su primera audiencia con el rey el 4 de julio , y el 22 de diciembre recibió una anualidad de cien marcos por sus servicios. Se dirigió a Polonia en enero de 1592 y estuvo de nuevo en Dinamarca en el verano. En junio y julio de 1593 estaba negociando con el emperador en Praga; en 1595 visitó Elbing , Lübecky otras ciudades de Hanse, y pasó algún tiempo en Polonia. Dice que era aceptable para los polacos en general, y el rey trató de inducirlo a entrar a su servicio; pero (por su propia cuenta) el clero fue amargamente hostil, y el Papa ofreció poner precio a su cabeza. En 1598 fue enviado nuevamente a Dinamarca, regresando el 8 de diciembre; en 1600 se empleó para negociar con los emisarios daneses en Emden . Actuó como principal asesor del gobierno en sus relaciones mercantiles con los países bálticos; el 3 de enero de 1593 estaba en una comisión para decidir sin apelación todas las disputas entre los ingleses y los súbditos del rey francés en referencia a la piratería , y el 3 de julio estaba en otra para investigar y castigar a todos los cómplices de piratas.
Fue nombrado decano de Carlisle en 1595. El 20 de febrero de 1597 fue admitido como miembro de Gray's Inn . El 16 de septiembre de 1597 fue elegido diputado por Ripon , y nuevamente el 21 de octubre de 1601; participó con frecuencia en los negocios mercantiles de la Cámara de los Comunes. Con la adhesión de Jacobo I, su anualidad se incrementó; en 1603 estaba en una comisión para suprimir libros impresos sin autorización; el 23 de julio fue nombrado caballero por el rey en Whitehall , y el 20 de marzo de 1605 fue admitido plebeyo del colegio de abogados. De 1604 a 1611 fue diputado de Morpeth ; también actuó como diputado de Sir Daniel Donne , maestro de solicitudes, a quien sucedió en 1617. En 1620 se suscribió a laCompañía de Virginia .
Murió a fines de agosto de 1622 y fue enterrado el 1 de septiembre en el lado norte del largo pasillo de la Abadía de Westminster .
Perkins se casó, posiblemente por segunda vez, el 5 de noviembre de 1617, en St. Martin's-in-the-Fields , Londres, con Anne, hija de Anthony Beaumont de Glenfield , Leicestershire , y viuda de James Brett de Hoby en el mismo condado. Era hermana de la condesa de Buckingham , cuyo hijo, George Villiers, se convirtió en duque de Buckingham , y madre, por su primer marido, de Anne, segunda esposa de Lionel Cranfield, primer conde de Middlesex . Ella le sobrevivió.