DESCIFRAR
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Este artículo trata sobre la base de datos biológica. Para otros usos, consulte Descifrar (desambiguación) .
Un segmento del genoma de referencia humano, visto usando Ensembl con la pista DECIPHER habilitada. Las barras rojas representan mutaciones individuales para pacientes anónimos con deleciones en esta región, mientras que las barras verdes representan pacientes con duplicaciones en esta región. La región que se muestra abarca el segmento de cromosoma que falta en pacientes con síndrome de microdeleción recurrente 17q21.3 .

DECIPHER es un recurso basado en la web y una base de datos de datos de variación genómica del análisis del ADN del paciente . [1] [2] [3] Documenta anomalías cromosómicas submicroscópicas ( microdeleciones y duplicaciones ) y variantes de secuencias patogénicas (variantes de un solo nucleótido: SNV, inserciones, deleciones, InDels) de más de 25000 pacientes y los asigna al genoma humano utilizando Ensembl. o UCSC Genome Browser . [1] [2] [4] Además, cataloga las características clínicas de cada paciente y mantiene una base de datos de microdeleción / duplicaciónsíndromes , junto con enlaces a informes científicos relevantes y grupos de apoyo . [1] [5]

Un acrónimo de DatabasE of Chromosomal Ibalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources , DECIPHER se inició en 2004 en el Instituto Sanger en el Reino Unido, financiado por Wellcome Trust . [1] Sin embargo, cuenta con el apoyo de un consorcio de investigación internacional, con datos de pacientes aportados por más de 240 centros de genética clínica de 33 países. Cada centro está representado por un genetista clínico experimentado y un citogenetista molecular senior . [6]

Objetivos

Una representación esquemática de una deleción cromosómica. DECIPHER mapea pequeñas deleciones detectadas en pacientes con el genoma de referencia producido por el Proyecto Genoma Humano .

DECIPHER fue establecido en 2004 por Nigel Carter del Wellcome Trust Sanger Institute y Helen Firth , consultora de genética clínica en el Addenbrooke's Hospital en Cambridge . Tiene tres objetivos principales: [6] [7]

  • Ayudar en la interpretación de variantes patógenas plausibles a partir de análisis de todo el genoma colocándolas en el contexto de variantes patógenas conocidas, otras variantes patógenas plausibles y variación poblacional.
  • Anote las variantes patógenas plausibles con su probable impacto funcional utilizando las herramientas de Ensembl para comparar la secuencia y las variantes estructurales con la última anotación funcional del genoma de referencia humano actual, por ejemplo, defina qué genes están involucrados en una variante de número de copia específica (microdeleción / microduplicación) o para variantes de secuencia , ya sea que estén posicionados dentro de un gen o elemento regulador.
  • Facilitar la investigación sobre el estudio de genes que afectan la salud y el desarrollo humanos para mejorar el diagnóstico, la gestión y la terapia de enfermedades raras.

Como herramienta para genetistas clínicos, citogenetistas y biólogos moleculares , DECIPHER se utiliza para determinar si las variaciones en el número de copias de genes identificadas en los pacientes tienen importancia clínica. Los miembros pueden visualizar los genes dentro de la región del ADN alterado en sus pacientes y determinar si se sabe que alguno de ellos está implicado en la enfermedad. Los desequilibrios cromosómicos son una causa importante de retraso en el desarrollo, problemas de aprendizaje y anomalías congénitas y, según Emily Niemitz en Nature Genetics , la base de datos facilita la colaboración entre investigadores y médicos que tienen pacientes con características clínicas similares, que pueden "ayudar en el descubrimiento de nuevos síndromes y en el reconocimiento de genes de importancia clínica ".[4] [5]

Proceso

Los pacientes ingresan en DECIPHER por miembros registrados del consorcio. Por lo general, un genetista clínico organiza un análisis de cromosomas (generalmente basado en microarrays ) del ADN de un paciente. Se puede identificar una posible microdeleción / microduplicación, pero se desconoce la importancia médica. [8] El médico puede ingresar los datos anonimizados en la base de datos de DECIPHER restringida y protegida por contraseña y mapear la ubicación y el tamaño de la deleción / duplicación cromosómica en el genoma de referencia . Con DECIPHER, el médico puede identificar los genes específicos afectados por la deleción / duplicación, determinar si alguno tiene una importancia clínica conocida (por ejemplo, si se han eliminado los genes supresores de tumores ), [9]y vea la región en el navegador del genoma de Ensembl para ver si hay otros pacientes consentidos en DECIPHER con deleciones / duplicaciones superpuestas. [8] Esto permite determinar mejor si un cambio en el número de copias es una variante polimórfica normal o la causa probable de los síntomas clínicos del paciente . Luego, el médico puede asesorar al paciente sobre la posible importancia de la eliminación / duplicación y sus implicaciones para su salud. [8]

Los datos de cada paciente se anonimizan y se representan solo mediante una identificación con un genotipo asociado y un conjunto de síntomas clínicos ( fenotipos ). Los datos del paciente se ponen a disposición de otros miembros del consorcio y se pueden ver a través de Ensembl si el paciente firma un formulario de consentimiento . [8] Con el consentimiento informado, la eliminación / duplicación anónima y los fenotipos están disponibles para la vista de los miembros del consorcio DECIPHER y los usuarios públicos, con diferentes niveles de acceso (por ejemplo, solo los usuarios registrados pueden ver los detalles de contacto del centro que ingresó los datos). Los usuarios públicos que deseen encontrar más información sobre un paciente pueden enviar una solicitud a DECIPHER, que luego la remitirá al coordinador clínico responsable del centro de envío.

La mayoría de los pacientes depositados en DECIPHER presentan mutaciones genéticas con una incidencia muy baja en la población general. Por tanto, la probabilidad de que los mismos médicos encuentren pacientes similares también es baja. Dado que DECIPHER está abierto a cualquier médico o citogenético acreditado de todo el mundo, las posibilidades de encontrar casos raros similares aumentan significativamente. Este intercambio en línea de información genética clínica no solo promueve una mejor comprensión de las microdeleciones / microduplicaciones y sus fenotipos patógenos asociados, sino que también ha facilitado el descubrimiento de nuevos síndromes . [10] [11] [12] [13] En enero de 2014, se habían ingresado más de 23000 pacientes en la base de datos de DECIPHER, de los cuales más de 10000 tienen su consentimiento.

Ética y privacidad

El médico que envía el consentimiento obtiene el consentimiento apropiado para ingresar los datos del paciente en DECIPHER. [14] El consentimiento del paciente puede retirarse en cualquier momento y sus datos se eliminan. [7] A menudo, los registros de los niños se muestran con el consentimiento de los padres o tutores. DECIPHER advierte que, cuando el niño cumpla dieciséis años, se le informe de la inscripción y se le dé la oportunidad de retirarse o continuar como participante. [7] Cada centro miembro que utiliza DECIPHER obtiene la aprobación ética de un comité de ética de la investigación en su propia institución o país, cuando corresponda. En el Reino Unido, la Oficina del Comisionado de Información ha sido notificada sobre DECIPHER de acuerdo con laLey de Protección de Datos de 1998 . [14] El proyecto está supervisado por un consejo asesor de representantes del campo de la genética humana, la biología computacional, la ética y el derecho. [15]

Para garantizar la privacidad de la información , los datos se envían a través de una conexión TLS / SSL cifrada . Solo las personas de confianza de los centros de investigación médica reconocidos pueden acceder a la identidad del centro que envió a otro paciente (lo que les permite ponerse en contacto con los médicos del paciente si desean colaborar). Los miembros del público pueden buscar datos de pacientes anónimos y consentidos en DECIPHER y Ensembl, sin que se muestre la identidad del centro de envío. [8] [14]

Ver también

  • Cariotipo virtual
  • Herencia mendeliana en el hombre
  • MARRVEL , un sitio web que utiliza DECIPHER como una de las seis bases de datos genéticas humanas y siete bases de datos de organismos modelo para integrar información.

Referencias

  1. ^ a b c d Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M, et al. (Abril de 2009). "DECIPHER: base de datos de desequilibrio cromosómico y fenotipo en humanos utilizando recursos de Ensembl" . Soy. J. Hum. Genet . 84 (4): 524–33. doi : 10.1016 / j.ajhg.2009.03.010 . PMC  2667985 . PMID  19344873 .
  2. ^ a b Swaminathan GJ; Bragin E; Chatzimichali EA; Corpas M; et al. (2012). "DECIPHER: recurso comunitario basado en web para la interpretación clínica de variantes raras en trastornos del desarrollo" . Tararear. Mol. Genet . 21 (R1): R37 – R44. doi : 10.1093 / hmg / dds362 . PMC 3459644 . PMID 22962312 .  
  3. ^ Bragin E; Chatzimichali EA "; et al. (2014). " DECIPHER: base de datos para la interpretación de la secuencia plausiblemente patogénica ligada al fenotipo y la variación del número de copias " . Nucleic Acids Res . 42 (Edición de la base de datos): D993 – D1000. Doi : 10.1093 / nar / gkt937 . PMC 3.965.078 . PMID 24150940 .  
  4. ^ a b Stewart, A; Brice, P; Burton, H (2007). Genética, salud y políticas públicas: una introducción a la genética de la salud pública . Prensa de la Universidad de Cambridge. pag. 159 . ISBN 978-0-521-52907-5.
  5. ↑ a b Niemitz, E (2009). "DECIFERAR desequilibrios cromosómicos" . Genética de la naturaleza . 41 (5): 514. doi : 10.1038 / ng0509-514 .
  6. ^ a b "Acerca de DECIPHER" . Wellcome Trust Sanger Institute . Consultado el 12 de febrero de 2014 .
  7. ↑ a b c Firth, HV (enero de 2009). "Bienvenidos a la base de datos DECIPHER: Introducción para familias" (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Consultado el 12 de febrero de 2014 . [ enlace muerto permanente ]
  8. ^ a b c d e Firth, HV. "Diagrama de flujo de datos para la base de datos DECIPHER" (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute. Archivado desde el original (PDF) el 19 de mayo de 2015 . Consultado el 12 de febrero de 2014 .
  9. ^ Los genes de importancia clínica establecida, incluidos los enumerados en OMIM , se destacan al igual que los genes impresos .
  10. ^ Shaw-Smith C, Redon R, Rickman L, et al. (Abril de 2004). "Hibridación genómica comparativa basada en microarrays (array-CGH) detecta deleciones y duplicaciones cromosómicas submicroscópicas en pacientes con discapacidad de aprendizaje / retraso mental y características dismórficas" . J. Med. Genet . 41 (4): 241–8. doi : 10.1136 / jmg.2003.017731 . PMC 1735726 . PMID 15060094 .  
  11. ^ Shaw-Smith C, Pittman AM, Willatt L, et al. (Septiembre de 2006). "La microdeleción que abarca MAPT en el cromosoma 17q21.3 se asocia con retraso en el desarrollo y discapacidad de aprendizaje". Nat. Genet . 38 (9): 1032–7. doi : 10.1038 / ng1858 . PMID 16906163 . 
  12. ^ Zahir F, Firth HV, Baross A, et al. (Septiembre de 2007). "Nuevas deleciones de 14q11.2 asociadas con retraso en el desarrollo, deterioro cognitivo y anomalías menores similares en tres niños" . J. Med. Genet . 44 (9): 556–61. doi : 10.1136 / jmg.2007.050823 . PMC 2597953 . PMID 17545556 .  
  13. ^ Malan V, Raoul O, Firth HV, et al. (Septiembre de 2009). "Síndrome de deleción 19q13.11: una nueva condición genética clínicamente reconocible identificada por hibridación genómica comparativa de matriz". J. Med. Genet . 46 (9): 635–40. doi : 10.1136 / jmg.2008.062034 . PMID 19126570 . 
  14. ^ a b c Firth, HV. "Marco ético para DECIPHER" (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Consultado el 24 de junio de 2010 . [ enlace muerto permanente ]
  15. ^ "Consejo asesor de DECIPHER" . Wellcome Trust Sanger Institute . Consultado el 24 de junio de 2010 .

enlaces externos

  • El sitio web de DECIPHER
  • Conjunto humano
  • Navegador UCSC Genome

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