La Base de datos de proteínas que interactúan (DIP) es una base de datos biológica que cataloga las interacciones determinadas experimentalmente entre proteínas . [2] [3] Combina información de una variedad de fuentes para crear un conjunto único y consistente de interacciones proteína-proteína. Los datos almacenados en DIP han sido seleccionados, tanto manualmente, por curadores expertos , como automáticamente, utilizando enfoques computacionales que utilizan el conocimiento sobre las redes de interacción proteína-proteína extraídas del subconjunto central más confiable de los datos DIP. La base de datos se publicó inicialmente en 2002. A partir de 2014, DIP está comisariada por el grupo de investigación de David Eisenberg en UCLA.
Contenido | |
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Descripción | base de datos de interacción de proteínas |
Contacto | |
Centro de Investigación | Universidad de California, Los Angeles |
Autores | David Eisenberg |
Cita primaria | Xenarios, & al. (2002) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2002 |
Acceso | |
Sitio web | http://dip.doe-mbi.ucla.edu |
Diverso | |
Licencia | CC BY-ND 3.0 |
Se puede buscar DIP a través de su interfaz web; Las búsquedas pueden basarse en las interacciones descritas en un artículo de revista seleccionado, o interacciones respaldadas por evidencia experimental, entre otros. [4]
DIP es miembro del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx), [5] un grupo de los principales proveedores públicos de datos de interacción. Otras bases de datos participantes incluyen Biomolecular Interaction Network Database (BIND), [6] IntAct, [7] Molecular Interaction Database (MINT), [8] MIPS, [9] MPact y BioGRID . [5] Las bases de datos de IMEx trabajan juntas para evitar la duplicación de esfuerzos, recopilando datos de fuentes que no se superponen y compartiendo los datos de interacción seleccionados. El consorcio IMEx también trabajó para desarrollar el formato XML HUPO - PSI -MI, que ahora está ampliamente implementado. [5] [10]
Toda la información contenida en DIP está disponible gratuitamente bajo una licencia Creative Commons BY-ND 3.0 . [2]
Referencias
- ^ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (1 de enero de 2002). "DIP, la base de datos de proteínas que interactúan: una herramienta de investigación para estudiar las redes celulares de interacciones de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 303–5. doi : 10.1093 / nar / 30.1.303 . PMC 99070 . PMID 11752321 .
- ^ a b "DIP: Inicio" . dip.doe-mbi.ucla.edu . Consultado el 8 de septiembre de 2014 .
- ^ Salwinski, L .; Miller, CS; Smith, AJ; Pettit, FK; Bowie, JU; Eisenberg, D. (2004). "La base de datos de proteínas que interactúan: actualización de 2004" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (90001): D449 – D451. doi : 10.1093 / nar / gkh086 . PMC 308820 . PMID 14681454 .
- ^ "DIP: Buscar" . dip.doe-mbi.ucla.edu . Consultado el 8 de septiembre de 2014 .
- ^ a b c Orchard, S .; Kerrien, S .; Abbani, S .; Aranda, B .; Bhate, J .; Bidwell, S .; Bridge, A .; Briganti, L .; Brinkman, F .; Cesareni, G .; Chatr-Aryamontri, A .; Chautard, E .; Chen, C .; Dumousseau, M .; Goll, J .; Hancock, R .; Hannick, LI; Jurisica, I .; Khadake, J .; Lynn, DJ; Mahadevan, U .; Perfetto, L .; Raghunath, A .; Ricard-Blum, S .; Roechert, B .; Salwinski, L .; Stümpflen, V .; Tyers, M .; Uetz, P .; Xenarios, I. (2012). "Curación de datos de interacción de proteínas: el consorcio de intercambio molecular internacional (IMEx)" . Métodos de la naturaleza . 9 (4): 345–350. doi : 10.1038 / nmeth.1931 . PMC 3703241 . PMID 22453911 .
- ^ Alfarano, C. (17 de diciembre de 2004). "Actualización 2005 de la base de datos de la red de interacción biomolecular y herramientas relacionadas" . Investigación de ácidos nucleicos . 33 (Problema de la base de datos): D418 – D424. doi : 10.1093 / nar / gki051 . PMC 540005 . PMID 15608229 .
- ^ Kerrien, S .; Aranda, B .; Breuza, L .; Bridge, A .; Broackes-Carter, F .; Chen, C .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Feuermann, M .; Hinz, U .; Jandrasits, C .; Jiménez, RC; Khadake, J .; Mahadevan, U .; Masson, P .; Pedruzzi, I .; Pfeiffenberger, E .; Porras, P .; Raghunath, A .; Roechert, B .; Orchard, S .; Hermjakob, H. (24 de noviembre de 2011). "La base de datos de interacción molecular IntAct en 2012" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (D1): D841 – D846. doi : 10.1093 / nar / gkr1088 . PMC 3245075 . PMID 22121220 .
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- ^ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Huerta, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, Christian; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Paul; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Christine; Shanker, K; Grant, Seth GN; Sander, Chris; Bork, Peer; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernard; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). "El formato de interacción molecular de HUPO PSI: un estándar comunitario para la representación de datos de interacción de proteínas". Biotecnología de la naturaleza . 22 (2): 177–183. doi : 10.1038 / nbt926 . PMID 14755292 . S2CID 17557764 .
enlaces externos
- Página de inicio de DIP