El repositorio general biológica para la interacción de datos ( BIOGRID ) es un curada base de datos biológicos de proteína -proteína interacciones, interacciones genéticas , químicas interacciones, y modificaciones post-traduccionales creados en 2003 (en lo originalmente como simplemente el Repositorio General para la interacción de datos (GRID) [2] por Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz y Chris Stark en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en el Hospital Mount Sinai . Se esfuerza por proporcionar un recurso completo y curado para todos los principales organismos modelo. especies al intentar eliminar la redundancia para crear un único mapeo de datos. Los usuarios de The BioGRID pueden buscar su proteína , sustancia química o publicación de interés y recuperar anotaciones, así como datos curados según lo informado, por la literatura primaria y compilados por esfuerzos internos de curación a gran escala. El BioGRID está alojado en Toronto , Ontario , Canadá y Dallas , Texas , Estados Unidos y está asociado con Saccharomyces Genome Database , FlyBase , WormBase , PomBase y Alliance of Genome Resources. El BioGRID está financiado por los NIH y CIHR . BioGRID es miembro observador del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx).
Contenido | |
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Descripción | BioGRID es un repositorio de interacción biomédica con datos compilados a través de esfuerzos integrales de curación. |
Tipos de datos capturados | Interacciones proteicas , interacciones genéticas , interacciones químicas, modificaciones postraduccionales . |
Organismos | 80 |
Contacto | |
Centro de Investigación | Universidad de Montreal , Universidad de Princeton , Hospital Mount Sinai (Toronto) |
Laboratorio | Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie, Instituto Lewis-Sigler de Genómica Integrativa, Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum |
Autores | Lorrie Boucher, Ashton Breitkreutz, Bobby-Joe Breitkreutz, Christie Chang, Andrew Chatr-Aryamontri, Kara Dolinski, Sven Heinicke, Nadine Kolas, Lara O'Donnell, Sara Oster, Rose Oughtred, Jennifer Rust, Adnane Sellam, Chris Stark, Jean Tang , Chandra Theesfeld, Mike Tyers. |
Cita primaria | Stark & al. (2006) [1] |
Acceso | |
Formato de datos | Archivos planos personalizados, PSI-MI, MITAB |
Sitio web | thebiogrid |
URL de descarga | descargas |
URL del servicio web | Sí - wiki |
Herramientas | |
Web | Búsqueda avanzada, visor de red integrado, descargas personalizadas, recuperación / descarga masiva |
Diverso | |
Control de versiones | sí |
Frecuencia de publicación de datos | Mensual (4 semanas) |
Versión | 4.2.193; 1 de enero de 2021 |
Política de curación | Sí - manual; También se centraron los esfuerzos de curación. |
Entidades que se pueden marcar | Sí, tanto los resultados individuales como las búsquedas, |
Historia
El BioGRID se publicó originalmente y se lanzó simplemente como el repositorio general para conjuntos de datos de interacción [2], pero luego se le cambió el nombre a BioGRID [1] para describir de manera más concisa el proyecto y ayudar a distinguirlo de varios proyectos de GRID Computing con un nombre similar. . Originalmente separada en bases de datos específicas de organismos , la versión más reciente ahora proporciona una interfaz unificada que permite búsquedas en varios organismos simultáneamente. El BioGRID se desarrolló inicialmente como un proyecto en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en el Hospital Mount Sinai, pero desde entonces se ha expandido para incluir equipos en el Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie en la Université de Montréal y el Instituto Lewis-Sigler de Genómica Integrativa. en la Universidad de Princeton . El enfoque original de BioGRID era la curación de interacciones genéticas y proteínas binarias, pero se ha expandido a lo largo de varias actualizaciones [1] [3] [4] [5] [6] [7] [8] para incorporar modificaciones postraduccionales curadas datos, [9] [10] datos de interacción química e interacciones complejas de múltiples genes / proteínas. Además, sobre una base mensual, BioGRID continúa expandiendo datos curados y también desarrollando y lanzando nuevas herramientas, [9] [10] [11] [12] datos de proyectos integrales de curación dirigida, [13] y realizando análisis científicos específicos. [14]
Curación de interacciones genéticas, proteicas y químicas
El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción (BioGRID) es una base de datos de acceso abierto que alberga interacciones genéticas y de proteínas seleccionadas de la literatura biomédica primaria para todas las principales especies de organismos modelo y humanos. A 18 de octubre de 2020[actualizar], [15] el BioGRID contiene 1.928 millones de interacciones extraídas de 63.083 publicaciones que representan 71 organismos modelo. A principios de 2021 ya contenía más de 2,0 millones de interacciones biológicas, 29,023 interacciones químico-proteicas y 506,485 modificaciones postraduccionales seleccionadas colectivamente de 75,988 publicaciones para más de 80 especies. [16] Los datos de BioGRID se distribuyen libremente a través de bases de datos y metadatos de organismos modelo asociados y se pueden descargar directamente en una variedad de formatos. La curación de BioGRID se coordina a través de un Sistema de Gestión de Interacción (IMS) que facilita la compilación de registros de interacción a través de códigos de evidencia estructurados, ontologías de fenotipo y anotación de genes. La arquitectura de BioGRID se ha mejorado para admitir una gama más amplia de tipos de interacción y modificación postraduccional, para permitir la representación de interacciones de múltiples genes / proteínas más complejas, para tener en cuenta los fenotipos celulares a través de ontologías estructuradas, para acelerar la curación a través de semi -enfoques de minería de texto automatizados y para mejorar el control de calidad de la curación. A través de esfuerzos integrales de curación, BioGRID ahora incluye un conjunto virtualmente completo de interacciones reportadas hasta la fecha en la literatura primaria para la levadura en ciernes ( Saccharomyces cerevisiae ), el berro ( Arabidopsis thaliana ) y la levadura de fisión ( Schizosaccharomyces pombe ).
Proyectos de curación temáticos
Debido al abrumador tamaño de la literatura científica publicada que contiene genes humanos ( Homo sapiens ) , proteínas e interacciones químicas , BioGRID ha adoptado un enfoque específico y basado en proyectos para la conservación de datos de interacción humana en colecciones manejables de datos de alto impacto. Estos proyectos de curación temática representan procesos biológicos centrales con relevancia patológica como la modificación de la cromatina , la autofagia y el sistema ubiquitina - proteasoma o enfermedades de interés como el glioblastoma , la anemia de Fanconi y el COVID-19 . A 18 de octubre de 2020[actualizar], [15] Los esfuerzos del proyecto de curación temática de BioGRID han dado como resultado la extracción de 424,631 interacciones que involucran a 2,361 proteínas de más de 37,000 artículos científicos.
Curación de pantallas CRISPR de todo el genoma
En numerosas publicaciones se han informado ahora cribados genéticos basados en CRISPR que relacionan la función de los genes con la viabilidad celular , la resistencia química y al estrés , y otros fenotipos . Para aumentar la accesibilidad de los datos de la pantalla CRISPR y facilitar la asignación de la función de la proteína , BioGRID ha desarrollado un recurso integrado llamado Open Repository of CRISPR Screens (ORCS) [7] [15] para albergar y distribuir colecciones completas y seleccionadas manualmente de conjuntos de datos de pantalla CRISPR usando Cas9 y otras nucleasas CRISPR . A 18 de octubre de 2020[actualizar], [15] BioGRID-ORCS contiene más de 1.042 pantallas CRISPR seleccionadas de 114 publicaciones que representan más de 60.000 genes únicos en tres especies de humanos ( Homo sapiens ), mosca de la fruta ( Drosophila melanogaster ) y ratón doméstico ( Mus musculus ) en más de 670 células. líneas y 17 fenotipos .
Organismos compatibles
Los siguientes organismos son actualmente compatibles con BioGRID , y cada uno tiene datos de interacción seleccionados disponibles de acuerdo con las últimas estadísticas .
- Anopheles gambiae PEST (mosquito africano de la malaria)
- Apis mellifera (abeja melífera)
- Arabidopsis thaliana (berro thale)
- Bacilo subtilis 168
- Bos taurus (vaca)
- Caenorhabditis elegans (gusano nematodo)
- Candida albicans SC5314
- Canis familiaris (perro)
- Cavia porcellus (conejillo de indias)
- Chlamydomonas reinhardtii (alga verde)
- Chlorocebus sabaeus (mono verde)
- Cricetulus griseus (hámster chino)
- Danio rerio (pez cebra)
- Dictyostelium discoideum AX4 (moho de limo)
- Drosophila melanogaster (mosca de la fruta)
- Emericella nidulans FGSC A4
- Equus caballus (caballo)
- Escherichia coli ( E. coli )
- Felis catus (gato)
- Gallus gallus (pollo)
- Glycine max (soja)
- Virus de la hepatitis C
- Homo sapiens (humano)
- Virus del herpes humano (1,2,3,4,5,6A, 6B, 7,8)
- Virus de inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1)
- Virus de inmunodeficiencia humana 2 (VIH-2)
- Virus del papiloma humano (VPH, 10, 16, 32, 5, 6B, 7, 9)
- Leishmania mayor
- Macaca mulatta (mono rhesus)
- Meleagris gallopavo (turquía)
- Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV)
- Monodelphis domestica (zarigüeya gris de cola corta)
- Mus musculus (ratón doméstico)
- Mycobacterium tuberculosis H37Rv
- Mycoplasma pneumoniae M129
- Neurospora crassa OR74A
- Nicotiana tomentosiformis
- Oryctolagus cuniculus (conejo)
- Oryza sativa Japonica (arroz japonés)
- Ovis aries (oveja)
- Pan troglodytes (chimpancé)
- Pediculus humanus (un tipo de piojo que infecta a los humanos)
- Plasmodium falciparum 3D7 (parásito de la malaria)
- Rattus norvegicus (rata noruega)
- Ricinus communis (ricino)
- Saccharomyces cerevisiae (levadura en ciernes)
- Schizosaccharomyces pombe (levadura de fisión)
- Selaginella moellendorffii
- Coronavirus causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV)
- Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
- Virus de inmunodeficiencia de simios
- Solanum lycopersicum (tomate)
- Solanum tuberosum (patata)
- Sorgo bicolor (sorgo)
- Streptococcus pneumoniae (neumococo)
- Strongylocentrotus purpuratus (erizo morado)
- Sus scrofa (cerdo)
- Virus del mosaico del tabaco
- Ustilago maydis 521 (carbón de maíz)
- Virus vaccinia
- Vitis vinifera (vid de uva común)
- Xenopus laevis (rana de garras africana)
- Zea mays (maíz)
Financiamiento para BioGRID
BioGRID está financiado por subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud y los Institutos Canadienses de Investigación en Salud.
Referencias
- ^ a b c Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (enero de 2006). "BioGRID: un repositorio general de conjuntos de datos de interacción" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): 535–539. doi : 10.1093 / nar / gkj109 . PMC 1347471 . PMID 16381927 .
- ^ a b Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (enero de 2003). "La GRID: el repositorio general de conjuntos de datos de interacción" . Biología del genoma . 4 (3): R23. doi : 10.1186 / gb-2003-4-3-r23 . PMC 153463 . PMID 12620108 .
- ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone MS, Dolinski K, Tyers M (enero de 2015). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización 2015" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): 470–478. doi : 10.1093 / nar / gku1204 . PMC 4383984 . PMID 25428363 .
- ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S, Boucher L, Winter A, Stark C, Nixon J, Ramage L, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Breitkreutz A, Sellam A, Chen D, Chang C, Rust JM, Livstone MS, Oughtred R, Dolinski K, Tyers M (enero de 2013). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2013" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): 816–823. doi : 10.1093 / nar / gks1158 . PMC 3531226 . PMID 23203989 .
- ^ Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (enero de 2011 ). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2011" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): 698–704. doi : 10.1093 / nar / gkq1116 . PMC 3013707 . PMID 21071413 .
- ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M (enero de 2008). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2008" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Edición de la base de datos): 637–640. doi : 10.1093 / nar / gkm1001 . PMC 2238873 . PMID 18000002 .
- ^ a b Chatr-Aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Óxido, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K .; O'Donnell, Lara; Oster, Sara; Theesfeld, Chandra; Sellam, Adnane; Stark, Chris (4 de enero de 2017). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2017" . Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D369 – D379. doi : 10.1093 / nar / gkw1102 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210573 . PMID 27980099 .
- ^ Oughtred, Rose; Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Óxido, Jennifer; Boucher, Lorrie; Chang, Christie; Kolas, Nadine; O'Donnell, Lara; Leung, Genie; McAdam, Rochelle; Zhang, Frederick (1 de agosto de 2019). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización 2019" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D529 – D541. doi : 10.1093 / nar / gky1079 . ISSN 1362-4962 . PMC 6324058 . PMID 30476227 .
- ^ a b Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I (enero de 2010). "PhosphoGRID: una base de datos de sitios de fosforilación de proteínas in vivo verificados experimentalmente de la levadura en ciernes Saccharomyces cerevisiae" . Base de datos . 2010 : bap026. doi : 10.1093 / database / bap026 . PMC 2860897 . PMID 20428315 .
- ^ a b Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W, Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (mayo de 2013). "La base de datos del sitio de fosforilación de proteínas de Saccharomyces cerevisiae de PhosphoGRID: actualización de la versión 2.0" . Base de datos . 2013 : bat026. doi : 10.1093 / base de datos / bat026 . PMC 3653121 . PMID 23674503 .
- ^ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (abril de 2011). "Servicio REST BioGRID, BiogridPlugin2 y BioGRID WebGraph: nuevas herramientas para el acceso a los datos de interacción en BioGRID" . Bioinformática . 27 (7): 1043–1044. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr062 . PMC 3065694 . PMID 21300700 .
- ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (enero de 2003). "Osprey: un sistema de visualización en red" . Biología del genoma . 4 (3): R22. doi : 10.1186 / gb-2003-4-3-r22 . PMC 153462 . PMID 12620107 .
- ^ Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T , Dolinski K, Batada NN, Tyers M (2006). "Curación integral y análisis de redes de interacción global en Saccharomyces cerevisiae" . La revista de química biológica . 5 (4): 11. doi : 10.1186 / jbiol36 . PMC 1561585 . PMID 16762047 .
- ^ Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS, Pawson T, Gingras AC, Nesvizhskii AI, Tyers M (mayo de 2010). "Una red de interacción global de proteína quinasa y fosfatasa en levadura" . Ciencia . 328 (5981): 1043–1046. Código Bibliográfico : 2010Sci ... 328.1043B . doi : 10.1126 / science.1176495 . PMC 3983991 . PMID 20489023 .
- ^ a b c d Oughtred, Rose; Óxido, Jennifer; Chang, Christie; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Willems, Andrew; Boucher, Lorrie; Leung, Genie; Kolas, Nadine; Zhang, Frederick; Dolma, Sonam (18 de octubre de 2020). "La base de datos BioGRID: un recurso biomédico integral de proteínas curadas, interacciones genéticas y químicas" . Ciencia de las proteínas . 30 (1): 187–200. doi : 10.1002 / pro.3978 . ISSN 1469-896X . PMC 7737760 . PMID 33070389 .
- ^ "Estadísticas de construcción (4.2.193) - enero de 2021 | BioGRID" . wiki.thebiogrid.org . Consultado el 26 de enero de 2021 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Base de datos CRISPR de BioGRID-ORCS
- Proyectos de curación temáticos
- Página de inicio de Mike Tyers Lab
- Consorcio Internacional de Intercambio Molecular
- Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum
- Institut de Recherche en iImmunologie et en Cancérologie
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