William James Kent (nacido el 10 de febrero de 1960) es un americano científico de investigación y equipo programador . Ha sido colaborador de proyectos de bases de datos genómicas y ganador del premio Benjamin Franklin en 2003 .
Jim Kent | |
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Foto cortesía de Jim Kent. | |
Nació | |
Nacionalidad | Estados Unidos |
alma mater | Universidad de California, Santa Cruz |
Premios | Premio Overton Premio Benjamin Franklin (Bioinformática) |
Carrera científica | |
Tesis | Parcheando y pintando el borrador de trabajo del genoma humano (2002) |
Asesor de doctorado | Alan M Zahler |
Otros asesores académicos | David Haussler [1] |
Sitio web | www |
Vida temprana
Kent nació en Hawaii y creció en San Francisco, California , Estados Unidos .
Animación por ordenador
Kent comenzó su carrera de programación en 1983 con Island Graphics Inc., donde escribió el programa Aegis Animator para la computadora doméstica Amiga . Este programa combinó la interpolación de polígonos en 3D con una simple animación basada en celdas 2D. En 1985 fundó y dirigió una empresa de software, Dancing Flame, que adaptó Aegis Animator al Atari ST , [2] y creó Cyber Paint [3] para esa máquina. Cyber Paint era un programa de animación 2D que reunía una amplia variedad de funciones de animación y pintura y el formato de animación comprimido delta desarrollado para CAD-3D. El usuario puede moverse libremente entre los fotogramas de animación y pintar de forma arbitraria, o utilizar varias herramientas de animación para el movimiento de interpolación automático entre fotogramas. Cyber Paint fue uno de los primeros, si no el primero, programa de consumo que permitió al usuario pintar a lo largo del tiempo en un formato de video digital comprimido. Posteriormente desarrolló un programa similar, el Autodesk Animator para PC compatibles , donde la compresión de la imagen mejoró hasta el punto que podía reproducirse en el disco duro, y se podía pintar usando "tintas" que realizaban transformaciones algorítmicas como suavizado, transparencia y mosaico. patrones. Autodesk Animator se utilizó para crear ilustraciones para una amplia variedad de videojuegos. [4]
Participación en el Proyecto Genoma Humano
En 2000, escribió un programa, GigAssembler, [5] que permitió al Proyecto Genoma Humano financiado con fondos públicos ensamblar y publicar la primera secuencia del genoma humano. Sus esfuerzos fueron motivados por las necesidades de investigación de él y sus colegas, pero también por la preocupación de que los datos pudieran convertirse en propietarios a través de patentes de Celera Genomics . [6] En su carrera cerrada con Celera, Kent y el profesor de UCSC David Haussler rápidamente construyeron un grupo modesto de 50 computadoras personales básicas que ejecutan el sistema operativo Linux para ejecutar el software. Por el contrario, Celera estaba usando lo que se pensaba entonces que era una de las supercomputadoras civiles más poderosas del mundo. El primer ensamblaje de Kent sobre el genoma humano se publicó el 22 de junio. Celera terminó su ensamblaje tres días después, el 25 de junio, y los resultados duales se anunciaron en la Casa Blanca el 26 de junio. El 7 de julio de 2000, se hicieron los datos de Santa Cruz. disponible públicamente en la World Wide Web, mientras que el artículo de investigación que describe este genoma financiado con fondos públicos se publicó en el número especial de febrero de 2001 de Nature , [7] en paralelo con los resultados de Celera en la revista Science . [8] En 2002, Tim O'Reilly describió el trabajo de Kent como "el trabajo más significativo de desarrollo de código abierto en el último año". Si bien todo el software de genómica de Kent es de código abierto en el sentido de que el código fuente se puede descargar y leer de forma gratuita, y todo el software se puede usar libremente para uso académico, sin fines de lucro y personal, algunos de ellos requieren una licencia , ya sea de UCSC o de Kent Informatics Inc., para uso comercial. [9]
Después de GigAssembler, Kent pasó a escribir BLAT (herramienta de alineación similar a BLAST) [10] y UCSC Genome Browser [11] para ayudar a analizar datos importantes del genoma. Kent continúa trabajando en UCSC principalmente en herramientas web para ayudar a comprender el genoma humano. Ayuda a mantener y actualizar el navegador y ha trabajado en genómica comparativa, [12] Parasol, un software de gestión de control de trabajos para el kilocluster UCSC y el proyecto ENCODE .
Referencias
- ^ Gitschier, J. (2013). "La vida, el universo y todo: una entrevista con David Haussler" . PLOS Genetics . 9 (1): e1003282. doi : 10.1371 / journal.pgen.1003282 . PMC 3561096 . PMID 23382705 .
- ^ "Aegis Animator ST y Art Pak ST" . Atarimagazines.com . Consultado el 21 de octubre de 2016 .
- ^ "Cyber Paint" . Ataricq.org . 2009-05-23 . Consultado el 21 de octubre de 2016 .
- ^ Breton Slivka (8 de mayo de 2009). "Rompiendo las costuras: Autodesk Animator" . Bustingseams.blogspot.com . Consultado el 21 de octubre de 2016 .
- ^ Kent WJ, Haussler D (2001). "Montaje del Borrador de Trabajo del Genoma Humano con GigAssembler" . Investigación del genoma . 11 (9): 1461–2. doi : 10.1101 / gr.183201 . PMC 311095 . PMID 11544197 .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2012 . Consultado el 19 de septiembre de 2010 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )
- ^ Consorcio Internacional de Secuenciación del Genoma Humano (2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bib : 2001Natur.409..860L . doi : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 .
- ^ Venter, JC; et al. (2001). "La secuencia del genoma humano" (PDF) . Ciencia . 291 (5507): 1304-1351. Código Bibliográfico : 2001Sci ... 291.1304V . doi : 10.1126 / science.1058040 . PMID 11181995 . S2CID 85981305 .
- ^ "Índice de / ~ kent / src" . Hgwdev.cse.ucsc.edu . Consultado el 21 de octubre de 2016 .
- ^ Kent, WJ (2002). "BLAT --- La herramienta de alineación BLAST-Like" . Investigación del genoma . 12 (4): 656–664. doi : 10.1101 / gr.229202 . PMC 187518 . PMID 11932250 .
- ^ Kent, WJ ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, AD (2002). "El navegador del genoma humano en UCSC" . Investigación del genoma . 12 (6): 996–1006. doi : 10.1101 / gr.229102 . PMC 186604 . PMID 12045153 .
- ^ Kent WJ, Baertsch R, Hinrichs A, Miller W, Haussler D (2003). "Caldero de la evolución: duplicación, deleción y reordenamiento en los genomas humanos y de ratón" . Proc Natl Acad Sci USA . 100 (20): 11484–9. Código bibliográfico : 2003PNAS..10011484K . doi : 10.1073 / pnas.1932072100 . PMC 208784 . PMID 14500911 .
enlaces externos
- Entrevista de O'Reilly con Jim Kent
- Artículo por cable sobre Jim Kent