EGR1

EGR1
Estructuras disponibles PDB Búsqueda de ortólogos: PDBe RCSB Lista de códigos de identificación de PDB 4R2A , 4R2C , 4R2D , 4X9J
Identificadores
Alias	EGR1 , AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, respuesta de crecimiento temprano 1
Identificaciones externas	OMIM : 128990 MGI : 95295 HomoloGene : 56394 GeneCards : EGR1
Ubicación de genes ( humanos ) Chr. Cromosoma 5 (humano) [1] Banda 5q31.2 Comienzo 138.465.479 pb [1] Fin 138.469.303 pb [1]
Patrón de expresión de ARN Más datos de expresión de referencia
Ontología de genes Función molecular • la unión al ADN • de unión a ADN específica de secuencia • ARN polimerasa II región de unión a ADN específica de la secuencia reguladora • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNA-binding factor de transcripción actividad • GO: 0001077, GO: 0001212 , GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 ADN vinculante actividad del activador de la transcripción, la ARN polimerasa II-específico • unión transcripción región reguladora de ADN específica de secuencia • de unión de iones metálicos • la actividad del factor de transcripción, la ARN polimerasa secuencia de la región proximal del promotor II núcleo -unión específica • GO: 0001948 unión a proteínas • unión a histona acetiltransferasa • de unión de ácido nucleico • hemi-metilado de unión a ADN • unión de doble cadena de ADN metilado • zinc ion de unión • unión de la cromatina-promotor específico • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 ADN vinculante actividad del factor de transcripción, la ARN polimerasa II- específico Componente celular • nucleoplasma • núcleo celular • citoplasma Proceso biológico • regulación del proceso apoptótico • respuesta celular a la sustancia orgánica • regulación de la transcripción, plantilla de ADN • proliferación de células mesangiales glomerulares • regulación negativa de la transcripción del promotor de la ARN polimerasa II • respuesta a la glucosa • transcripción del promotor de la ARN polimerasa II • vía de señalización de BMP • transcripción, plantilla de ADN • regulación positiva de la transcripción, plantilla de ADN • respuesta a la insulina • vía de señalización mediada por interleucina-1 • respuesta celular al ácido micofenólico • Diferenciación de células T • vía de señalización del interferón tipo I • regulación positiva de la proliferación de células mesangiales metanéfricas glomerulares • respuesta celular a la radiación gamma • regulación de la transcripción del promotor de la ARN polimerasa II en respuesta a hipoxia • diferenciación de las células del músculo esquelético • respuesta celular a la heparina • regulación de sumoilación de proteínas • regulación negativa de la vía de señalización de Wnt canónica • regulación positiva de la transcripción del promotor de la ARN polimerasa II • respuesta celular a la interleucina-8 • respuesta a la hipoxia • respuesta a la isquemia • ciclo estral • regulación positiva del proceso biosintético hormonal • regulación del proceso biosintético de la progesterona • regulación de la transcripción del promotor de la ARN polimerasa II • regulación positiva de la expresión génica • regulación circadiana de la expresión génica • ritmo locomotor • proceso rítmico • homeostasis de la temperatura circadiana • regulación positiva de la muerte neuronal • regulación positiva de la actividad de la proteína quinasa tau Fuentes: Amigo / QuickGO
Ortólogos
Especies	Humano	Ratón
Entrez	1958	13653
Ensembl	ENSG00000120738	ENSMUSG00000038418
UniProt	P18146	P08046
RefSeq (ARNm)	NM_001964	NM_007913
RefSeq (proteína)	NP_001955	NP_031939
Ubicación (UCSC)	Crónicas 5: 138,47 - 138,47 Mb	n / A
Búsqueda en PubMed	[2]	[3]
Wikidata
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EGR-1 (proteína de respuesta de crecimiento temprano 1) también conocida como ZNF268 (proteína 268 con dedo de zinc) o NGFI-A (proteína A inducida por el factor de crecimiento nervioso) es una proteína que en los seres humanos está codificada por el gen EGR1 .

EGR-1 es un factor de transcripción de mamíferos . También se denominó Krox-24, TIS8 y ZENK . Originalmente se descubrió en ratones .

Función

La proteína codificada por este gen pertenece a la familia EGR de proteínas con dedos de zinc de tipo Cys ₂ His ₂ . Es una proteína nuclear y funciona como regulador transcripcional. Los productos de los genes diana que activa son necesarios para la diferenciación y la mitogénesis . Los estudios sugieren que este es un gen supresor de tumores . ^[4]

Tiene un patrón de expresión distinto en el cerebro y se ha demostrado que su inducción está asociada con la actividad neuronal. Varios estudios sugieren que tiene un papel en la plasticidad neuronal . ^[5]

EGR-1 es un factor de transcripción importante en la formación de la memoria . Tiene un papel fundamental en la reprogramación epigenética de las neuronas cerebrales . EGR-1 recluta la proteína TET1 que inicia una vía de desmetilación del ADN . ^{[6] La} eliminación de las marcas de metilación del ADN permite la activación de genes posteriores. EGR-1, junto con TET1, se emplea en la programación de la distribución de los sitios de metilación en el ADN del cerebro durante el desarrollo del cerebro, en el aprendizaje y en la plasticidad neuronal a largo plazo . También se ha encontrado que EGR-1 regula la expresión de VAMP2 (una proteína importante para la sináptica exocitosis ). ^[7]

Además de su función en el sistema nervioso, existe evidencia significativa de que EGR-1 junto con su parálogo EGR-2 se induce en enfermedades fibróticas tiene funciones clave en la fibrinogénesis y es necesaria para la fibrosis inducida experimentalmente en ratones. ^[8]

Estructura

El dominio de unión al ADN de EGR-1 consta de tres dominios con dedos de zinc del tipo Cys ₂ His ₂ . La estructura de aminoácidos del dominio de dedos de zinc EGR-1 se da en esta tabla, utilizando el código de aminoácidos de una sola letra. Los dedos 1 a 3 están indicados por f1 - f3. Los números se refieren a los residuos (aminoácidos) de la hélice alfa (no hay cero). Los residuos marcados con 'x' no son parte de los dedos de zinc, sino que sirven para conectarlos todos juntos.

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Clave de aminoácidos: Alanina (Ala, A), Arginina (Arg, R), Asparagina (Asn, N), Ácido aspártico (Asp, D), Cisteína (Cys, C), Ácido glutámico (Glu, E), Glutamina ( Gln, Q), glicina (Gly, G), histidina (His, H), isoleucina (Ile, I), leucina (Leu, L), lisina (Lys, K), metionina (Met, M), fenilalanina (Phe , F), prolina (Pro, P), serina (Ser, S), treonina (Thr, T), triptófano (Trp, W),Tirosina (Tyr, Y), Valina (Val, V)

La estructura cristalina del ADN unido por el dominio de dedos de zinc de EGR-1 se resolvió en 1991, lo que ayudó enormemente a las primeras investigaciones sobre los dominios de unión al ADN con dedos de zinc. ^[9]

La proteína EGR-1 humana contiene (en su forma no procesada) 543 aminoácidos con un peso molecular de 57,5 kDa y el gen se encuentra en el cromosoma 5 .

Especificidad de unión al ADN

EGR-1 se une a la secuencia de ADN 5'-GCG TGG GCG-3 '(y similares como 5'-GCG GGG GCG-3'). ^{[10] [11]} La posición 6 de f1 une al 5 'G (la cuenta de la primera base desde la izquierda); la posición 3 de f1 a la segunda base (C); f1 posición -1 se une a la tercera posición (G); f2 posición 6 a la cuarta base (T); etcétera.

Interacciones

Se ha demostrado que EGR-1 interactúa con:

• CEBPB , ^[12]
• Proteína de unión a CREB , ^[13]
• EP300 , ^[13]
• NAB1 , ^[14]
• P53 , ^[15] y
• PSMA3 ^[16]

Ver también

• Dedo de zinc

Referencias

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120738 - Ensembl , mayo de 2017
2. "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
3. "Referencia de PubMed del ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
4. "Entrez Gene: respuesta de crecimiento temprano EGR1 1" .
5. Knapska E, Kaczmarek L (2004). "¿Un gen para la plasticidad neuronal en el cerebro de los mamíferos: Zif286 / Egr1 / NGFI-A / Krox-24 / TIS-8 / ZENK?". Progresos en neurobiología . 74 (4): 183–211. doi : 10.1016 / j.pneurobio.2004.05.007 . PMID 15556287 . S2CID 39251786 .  
6. Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H. EGR1 recluta TET1 para dar forma al metiloma cerebral durante el desarrollo y con la actividad neuronal. Nat Commun. 29 de agosto de 2019; 10 (1): 3892. doi: 10.1038 / s41467-019-11905-3. PMID: 31467272
7. Petersohn D, Thiel G (1996). "Papel de las proteínas de dedos de zinc Sp1 y zif268 / egr-1 en la regulación transcripcional del gen de la sinaptobrevina II humana" . Revista europea de bioquímica . 239 (3): 827–34. doi : 10.1111 / j.1432-1033.1996.0827u.x . PMID 8774732 . 
8. Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (mayo de 2011). "Factores de transcripción de respuesta de crecimiento temprano: mediadores clave de la fibrosis y nuevos objetivos para la terapia antifibrótica" . Biología matricial . 30 (4): 235–42. doi : 10.1016 / j.matbio.2011.03.005 . PMC 3135176 . PMID 21511034 .  
9. Pavletich NP, Pabo CO (mayo de 1991). "Reconocimiento de ADN-dedo de zinc: estructura cristalina de un complejo de ADN-Zif268 a 2,1 A". Ciencia . 252 (5007): 809–17. doi : 10.1126 / science.2028256 . PMID 2028256 . S2CID 38000717 .  
10. Christy B, Nathans D (noviembre de 1989). "Sitio de unión al ADN de la proteína inducible por factor de crecimiento Zif268" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 86 (22): 8737–41. doi : 10.1073 / pnas.86.22.8737 . PMC 298363 . PMID 2510170 .  
11. Swirnoff AH, Milbrandt J (abril de 1995). "Especificidad de unión al ADN de NGFI-A y factores de transcripción de dedos de zinc relacionados" . Biología Molecular y Celular . 15 (4): 2275–87. doi : 10.1128 / mcb.15.4.2275 . PMC 230455 . PMID 7891721 .  
12. Zhang F, Lin M, Abidi P, Thiel G, Liu J (noviembre de 2003). "La interacción específica de Egr1 yc / EBPbeta conduce a la activación transcripcional del gen del receptor de lipoproteínas de baja densidad humana" . La Revista de Química Biológica . 278 (45): 44246–54. doi : 10.1074 / jbc.M305564200 . PMID 12947119 . 
13. Silverman ES, Du J, Williams AJ, Wadgaonkar R, Drazen JM, Collins T (noviembre de 1998). "La proteína de unión a proteína de unión a elementos de respuesta a AMPc (CBP) y p300 son coactivadores transcripcionales del factor 1 de respuesta de crecimiento temprano (Egr-1)" . La revista bioquímica . 336 (1): 183–9. doi : 10.1042 / bj3360183 . PMC 1219856 . PMID 9806899 .  
14. Russo MW, Sevetson BR, Milbrandt J (julio de 1995). "Identificación de NAB1, un represor de la transcripción mediada por NGFI-A y Krox20" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 92 (15): 6873–7. doi : 10.1073 / pnas.92.15.6873 . PMC 41432 . PMID 7624335 .  
15. Liu J, Grogan L, Nau MM, Allegra CJ, Chu E, Wright JJ (abril de 2001). "Interacción física entre p53 y el gen de respuesta primaria Egr-1". Revista Internacional de Oncología . 18 (4): 863–70. doi : 10.3892 / ijo.18.4.863 . PMID 11251186 . 
16. Bae MH, Jeong CH, Kim SH, Bae MK, Jeong JW, Ahn MY, Bae SK, Kim ND, Kim CW, Kim KR, Kim KW (octubre de 2002). "Regulación de Egr-1 por asociación con el componente proteasoma C8" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Investigación de células moleculares . 1592 (2): 163–7. doi : 10.1016 / s0167-4889 (02) 00310-5 . PMID 12379479 . 

Lectura adicional

• Heath RG (marzo de 1975). "Función y comportamiento del cerebro. I. Emoción y fenómenos sensoriales en pacientes psicóticos y en animales de experimentación". The Journal of Nervous and Mental Disease . 160 (3): 159–75. doi : 10.1097 / 00005053-197503000-00002 . PMID  1090709 . S2CID  23024944 .
• Silverman ES, Collins T (marzo de 1999). "Vías de transcripción de genes mediada por Egr-1 en biología vascular" . La Revista Estadounidense de Patología . 154 (3): 665–70. doi : 10.1016 / S0002-9440 (10) 65312-6 . PMC  1866415 . PMID  10079243 .
• Adamson ED, Mercola D (2002). "Factor de transcripción Egr1: múltiples funciones en el crecimiento y la supervivencia de las células tumorales de próstata". Biología tumoral . 23 (2): 93-102. doi : 10.1159 / 000059711 . PMID  12065847 . S2CID  46795197 .
• Blaschke F, Bruemmer D, Law RE (agosto de 2004). "Egr-1 es un importante factor de transcripción patógeno vascular en la aterosclerosis y reestenosis". Reseñas en trastornos endocrinos y metabólicos . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023 / B: REMD.0000032413.88756.ee . PMID  15211096 . S2CID  11968305 .
• Abdulkadir SA (noviembre de 2005). "Mecanismos de tumorigénesis de próstata: funciones de los factores de transcripción Nkx3.1 y Egr1". Anales de la Academia de Ciencias de Nueva York . 1059 : 33–40. doi : 10.1196 / annals.1339.018 . PMID  16382041 . S2CID  6774788 .
• Khachigian LM (febrero de 2006). "Respuesta de crecimiento temprano-1 en patobiología cardiovascular" . Investigación de circulación . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161 / 01.RES.0000200177.53882.c3 . PMID  16456111 .

Enlaces externos

• Zif + 268 + proteína, + humano en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
• FactorBook Egr-1
• Descripción general de toda la información estructural disponible en el PDB para UniProt : P18146 (proteína de respuesta de crecimiento temprano humano 1) en el PDBe-KB .
• Resumen de toda la información estructural disponible en el PDB para UniProt : P08046 (proteína de respuesta de crecimiento temprano del ratón 1) en el PDBe-KB .