La subunidad ribosómica pequeña eucariota ( 40S ) es la subunidad más pequeña de los ribosomas 80S eucariotas , siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica grande (60S) . Los nombres "40S" y "60S" se originan en la convención de que las partículas ribosómicas se denotan de acuerdo con sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 30S de los ribosomas procarióticos 70S . [1] [2] [3] [4] [5] Sin embargo, la subunidad 40S es mucho más grande que la subunidad procariota 30S y contiene muchos segmentos de proteínas adicionales, así como segmentos de expansión de rRNA.
Función
La subunidad 40S contiene el centro de decodificación que monitorea la complementariedad del ARNt y el ARNm en la traducción de proteínas. Es el componente más grande de varios complejos de iniciación de la traducción, incluidos los complejos de preiniciación (PIC) 43S y 48S, y está unido por varios factores de iniciación eucariotas , incluidos eIF1 , eIF1A y eIF3 . [6] La subunidad ribosómica 40S también está fuertemente unida por el VHC IRES para formar un complejo binario mediado por interacciones proteína-mRNA y rRNA-mRNA. [7] Se puede encontrar más información en los artículos sobre el ribosoma , el ribosoma eucariota (80S) y el artículo sobre traducción de proteínas .
Estructura general
La forma de la subunidad pequeña se puede subdividir en dos grandes segmentos, la cabeza y el cuerpo. Los rasgos característicos del cuerpo incluyen el pie izquierdo y derecho, el hombro y la plataforma. La cabeza presenta una protuberancia puntiaguda que recuerda al pico de un pájaro. El ARNm se une en la hendidura entre la cabeza y el cuerpo, y hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 40S está formado por el ARN ribosómico 18S (abreviado ARNr 18S), que es homólogo al ARNr 16S procariota . Este núcleo de ARNr está decorado con decenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica eucariota 40S de T. thermophila ", el núcleo de ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
Proteínas ribosomales 40S
La tabla "Proteínas ribosomales 40S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 40S coloreados por conservación. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias (EAB) se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas (EA) se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas (E) se muestran como cintas rojas. Las extensiones específicas de eucariotas de proteínas conservadas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2] Para obtener más detalles, consulte el artículo sobre el ribosoma eucariota . Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado de acuerdo con sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel. Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "proteínas ribosomales 40S" hace una referencia cruzada de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [8] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosomales (RPG) . [8]
Estructura (eucariota) [9] | H. sapiens [8] [10] | Nombre universal [11] | Conservación [12] | S. cerevisiae [13] | Homólogo bacteriano ( E. coli ) | Homólogo de Archaeal |
---|---|---|---|---|---|---|
RPSA | uS2 | EAB | S0 | S2p | S2 | |
RPS2 | uS5 | EAB | S2 | S5p | S5p | |
RPS3 | uS3 | EAB | S3 | S3p | S3p | |
RPS3A | eS1 | EA | S1 | n / A | S3Ae | |
RPS4 ( RPS4X , RPS4Y1 , RPS4Y2 ) | eS4 | EA | S4 | n / A | T4e | |
RPS5 | uS7 | EAB | S5 | S7p | S5p | |
RPS6 | eS6 | EA | S6 | n / A | T6e | |
RPS7 | eS7 | mi | S7 | n / A | n / A | |
RPS8 | eS8 | EA | S8 | n / A | S8e | |
RPS9 | EE. UU. 4 | EAB | S9 | S4p | S4p | |
RPS10 | eS10 | mi | S10 | n / A | n / A | |
RPS11 | EE. UU. 17 | EAB | S11 | S17p | S17p | |
RPS12 | eS12 | mi | S12 | n / A | n / A | |
RPS13 | EE. UU. 15 | EAB | T13 | S15p | S15p | |
RPS14 | uS11 | EAB | T14 | S11p | S11p | |
RPS15 | uS19 | EAB | S15 | S19p | S19p | |
RPS15A | uS8 | EAB | S22 | S8p | S8p | |
RPS16 | uS9 | EAB | T16 | S9p | S9p | |
RPS17 | eS17 | EA | T17 | n / A | T17e | |
RPS18 | EE. UU. 13 | EAB | T18 | S13p | S13p | |
RPS19 | eS19 | EA | T19 | n / A | T19e | |
RPS20 | EE. UU. 10 | EAB | S20 | S10p | S10p | |
RPS21 | eS21 | mi | S21 | n / A | n / A | |
RPS23 | US12 | EAB | S23 | S12p | S12p | |
RPS24 | eS24 | EA | S24 | n / A | S24e | |
RPS25 | eS25 | EA | S25 | n / A | S25e | |
RPS26 | eS26 | EA | S26 | n / A | T26e | |
RPS27 | eS27 | EA | S27 | n / A | T27e | |
RPS27A | eS31 | EA | S31 | n / A | S27ae | |
RPS28 | eS28 | EA | S28 | n / A | T28e | |
RPS29 | uS14 | EAB | S29 | S14p | S14p | |
RPS30 | eS30 | EA | S30 | n / A | S30e | |
RACK1 | RACK1 | mi | Asc1 | n / A | n / A |
Ver también
- Subunidad ribosomal grande eucariota (60S)
Referencias
- ^ 40S + Ribosomal + Subunits en los encabezados de temas médicos de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.(MeSH)
- ^ a b Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (febrero de 2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica eucariota 40S en complejo con factor de iniciación 1". Ciencia . 331 (6018): 730–736. doi : 10.1126 / science.1198308 . hdl : 20.500.11850 / 153130 . PMID 21205638 .
- ^ Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (diciembre de 2011). "La estructura del ribosoma eucariota a una resolución de 3,0 Å". Ciencia . 334 (6062): 1524-1529. doi : 10.1126 / science.1212642 . PMID 22096102 .
- ^ Wimberly, BT; Brodersen, DE; Clemons, WM Jr; Morgan-Warren, RJ; Carter, AP; Vonrhein, C; Hartsch, T; Ramakrishnan, V (septiembre de 2000). "Estructura de la subunidad ribosómica 30S". Naturaleza . 407 (6802): 327–339. doi : 10.1038 / 35030006 . PMID 11014182 .
- ^ Schmeing, TM; Ramakrishnan, V (octubre de 2009). "Lo que las estructuras ribosómicas recientes han revelado sobre el mecanismo de traducción". Naturaleza . 461 (7268): 1234–1242. doi : 10.1038 / nature08403 . PMID 19838167 .
- ^ Aitken, Colin E .; Lorsch, Jon R. (2012). "Una descripción mecanicista de la iniciación de la traducción en eucariotas". Nat. Struct. Mol. Biol . 19 (6): 568–576. doi : 10.1038 / nsmb.2303 . PMID 22664984 .
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- ^ Estructura de la 'T. thermophila, 'proteínas de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19 y la subunidad pequeña PDB 2XZM
- ^ Nomenclatura según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas, se aplica a H. sapiens y T. thermophila
- ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragón, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosomales" . Opinión actual en biología estructural . Elsevier BV. 24 : 165-169. doi : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . hdl : 11603/14279 . ISSN 0959-440X . PMC 4358319 . PMID 24524803 .
- ^ EAB significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
- ^ Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se nombraban de acuerdo con su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que lleva a diferentes nombres para proteínas homólogas de diferentes organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para genes de proteínas ribosomales basada en la homología.
enlaces externos
- Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)