Expasy es un recurso bioinformático en línea operado por el Instituto Suizo de Bioinformática SIB . Es un portal extensible e integrador que brinda acceso a más de 160 bases de datos y herramientas de software y es compatible con una variedad de áreas de investigación clínica y de ciencias de la vida, desde genómica , proteómica y biología estructural , hasta evolución y filogenia , biología de sistemas y química médica.. Los recursos individuales (bases de datos, herramientas de software descargables y basadas en la web) son alojados de forma descentralizada por diferentes grupos del Instituto Suizo de Bioinformática SIB e instituciones asociadas.
Buscador
Las consultas de Expasy permiten:
- búsquedas paralelas en bases de datos SIB a través de una única búsqueda
- resultados de búsqueda agregados del conjunto completo de> 160 recursos accesibles desde el portal. [1]
Expasy proporciona información actualizada de la versión más reciente de cada recurso.
Los términos utilizados en Expasy se basan en la ontología integral EDAM . [2]
Historia
Expasy fue creado en agosto de 1993. Originalmente, se llama ExPASy ( Ex pert P rotein A nálisis Sy tallo) y actuó como la proteómica servidor para analizar proteínas secuencias y estructuras y electroforesis en gel bidimensional (2-D electroforesis PAGE). [3] Entre otros, ExPASy alojó la base de conocimientos de secuencias de proteínas, UniProtKB / Swiss-Prot , y su suplemento anotado por computadora, UniProtKB / TrEMBL, antes de que estos se trasladaran al sitio web de UniProt . [ cita requerida ]
ExPASy fue uno de los primeros sitios web de las ciencias de la vida y uno de los primeros 150 sitios web del mundo. Al 5 de abril de 2007[actualizar], ExPASy ha sido consultado mil millones de veces desde su instalación el 1 de agosto de 1993. [4]
En junio de 2011, se convirtió en el Portal de Recursos SIB ExPASy Bioformatics: un catálogo diverso de recursos bioinformáticos desarrollado por SIB Groups. [5] La versión actual de Expasy se lanzó en octubre de 2020. [6]
notas y referencias
- ^ "Recursos de SIB" . sib.swiss . Consultado el 27 de octubre de 2020 .
- ^ Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H, et al. (Mayo 2013). "EDAM: una ontología de operaciones bioinformáticas, tipos de datos e identificadores, temas y formatos" . Bioinformática . 29 (10): 1325–32. doi : 10.1093 / bioinformatics / btt113 . PMC 3654706 . PMID 23479348 .
- ^ Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (julio de 2003). "ExPASy: el servidor de proteómica para el análisis y el conocimiento en profundidad de las proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (13): 3784–8. doi : 10.1093 / nar / gkg563 . PMC 168970 . PMID 12824418 .
- ^ ExPASy: Portal de recursos de bioinformática de SIB
- ^ Artimo P, Jonnalagedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E, et al. (Julio de 2012). "ExPASy: portal de recursos bioinformáticos SIB" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (problema del servidor web): W597-603. doi : 10.1093 / nar / gks400 . PMC 3394269 . PMID 22661580 .
- ^ "Descubra el nuevo Expasy.org, el portal de recursos bioinformáticos suizo" . sib.swiss . Consultado el 26 de octubre de 2020 .
enlaces externos
- Página web oficial