GROMACS es un paquete de dinámica molecular diseñado principalmente para simulaciones de proteínas , lípidos y ácidos nucleicos . Originalmente se desarrolló en el departamento de Química Biofísica de la Universidad de Groningen , y ahora lo mantienen contribuyentes en universidades y centros de investigación de todo el mundo. [4] [5] [6] GROMACS es uno de los paquetes de software más rápidos y populares disponibles, [7] [8] y puede ejecutarse en unidades de procesamiento central (CPU) y unidades de procesamiento de gráficos (GPU). [9] Es un software gratuito de código abierto.publicado bajo la Licencia Pública General GNU (GPL), [3] y comenzando con la versión 4.6, la Licencia Pública General Reducida GNU (LGPL).
Desarrollador (es) | Universidad de Groningen Real Instituto de Tecnología de la Universidad de Uppsala [1] |
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Versión inicial | 1991 |
Lanzamiento estable | 2021.2 / 5 de mayo de 2021 [2] |
Repositorio | |
Escrito en | C ++ , C , CUDA , OpenCL , SYCL |
Sistema operativo | Linux , macOS , Windows , cualquier otra variedad de Unix |
Plataforma | Muchos |
Disponible en | inglés |
Tipo | Simulación de dinámica molecular |
Licencia | Versiones LGPL > = 4.6, versiones GPL <4.6 [3] |
Sitio web | www |
Historia
El proyecto GROMACS comenzó originalmente en 1991 en el Departamento de Química Biofísica de la Universidad de Groningen , Países Bajos (1991-2000). Su nombre deriva originalmente de esta época ( GROningen MAchine for Chemical Simulations ), aunque actualmente GROMACS no es una abreviatura de nada, ya que en Groningen se ha producido poco desarrollo activo en las últimas décadas. El objetivo original era construir un sistema informático paralelo dedicado para simulaciones moleculares, basado en una arquitectura de anillo (desde entonces reemplazada por diseños de hardware modernos). Las rutinas específicas de dinámica molecular se reescribieron en el lenguaje de programación C del programa GROMOS basado en Fortran 77 , que había sido desarrollado en el mismo grupo. [ cita requerida ]
Desde 2001, GROMACS es desarrollado por los equipos de desarrollo de GROMACS en el Instituto Real de Tecnología y la Universidad de Uppsala , Suecia .
Características
GROMACS se opera a través de la interfaz de línea de comandos y puede usar archivos para entrada y salida. Proporciona información sobre el progreso del cálculo y el tiempo estimado de llegada (ETA), un visor de trayectorias y una amplia biblioteca para el análisis de trayectorias. [3] Además, la compatibilidad con diferentes campos de fuerza hace que GROMACS sea muy flexible. Se puede ejecutar en paralelo, utilizando la interfaz de paso de mensajes (MPI) o subprocesos . Contiene un script para convertir coordenadas moleculares de archivos de Protein Data Bank (PDB) a los formatos que usa internamente. Una vez que se ha creado un archivo de configuración para la simulación de varias moléculas (posiblemente incluido el disolvente ), la ejecución de la simulación (que puede llevar mucho tiempo) produce un archivo de trayectoria que describe los movimientos de los átomos a lo largo del tiempo. Luego, ese archivo se puede analizar o visualizar con varias herramientas suministradas. [10]
OpenCL y CUDA son posibles para GPU reales de AMD, Intel y Nvidia con una gran aceleración frente a ejecuciones basadas en CPU desde la Versión 5 o superior. En la versión 2021, OpenCL está obsoleto y SYCL se encuentra en un nuevo soporte inicial. [11]
huevos de Pascua
En enero de 2010[actualizar], El código fuente de GROMACS contiene aproximadamente 400 siglas alternativas a GROMACS como bromas entre los desarrolladores e investigadores de bioquímica . Estos incluyen " Gromacs se ejecuta en la mayoría de todos los sistemas informáticos ", " Gromacs se ejecuta en un microsegundo a velocidades de bala de cañón ", " Buen altar de metal oscilante para el pecador crónico ", " Trabajar en GRowing Old MAkes el Chrono Sweat " y " Great Red Owns Many Acres de arena ". Se seleccionan al azar para que aparezcan posiblemente en el flujo de salida de GROMACS. En un caso, ese acrónimo provocó una ofensa. [12]
Aplicaciones
Con una licencia que no es GPL, GROMACS se usa ampliamente en el proyecto de computación distribuida Folding @ home para simulaciones de plegamiento de proteínas , donde es el código base para la serie de núcleos de cálculo más grande y más utilizada del proyecto . [13] [14] EvoGrid, un proyecto de computación distribuida para hacer evolucionar la vida artificial , también emplea GROMACS. [15]
Ver también
- OPLS
- GROMOS
- CHARMM
- NAMD
- Yasara
- Comparación de implementaciones de campos de fuerza
- Abulón (mecánica molecular)
- Grace (herramienta de trazado)
- Plegable en casa
- Rosetta en casa
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Software de diseño molecular
- OpenMM
- Índice de aceptación de Bennett
- Visita
- VOTCA
- LAMPARAS
Referencias
- ^ El equipo de desarrollo de GROMACS
- ^ "Descargas de Gromacs" . gromacs.org . Consultado el 14 de agosto de 2020 .
- ^ a b c "Acerca de Gromacs" . gromacs.org. 16 de agosto de 2010 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ "Gente - Gromacs" . gromacs.org. 14 de marzo de 2012 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJ (2005). "GROMACS: rápido, flexible y gratuito". J Comput Chem . 26 (16): 1701-18. doi : 10.1002 / jcc.20291 . PMID 16211538 . S2CID 1231998 .
- ^ Hess B, Kutzner C, Van Der Spoel D, Lindahl E (2008). "GROMACS 4: algoritmos para simulación molecular altamente eficiente, con equilibrio de carga y escalable". J Chem Theory Comput . 4 (2): 435–447. doi : 10.1021 / ct700301q . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0 . PMID 26620784 .
- ^ Carsten Kutzner; David Van Der Spoel; Martin Fechner; Erik Lindahl; Udo W. Schmitt; Bert L. De Groot; Helmut Grubmüller (2007). "Aceleración de GROMACS paralelos en redes de alta latencia". Revista de Química Computacional . 28 (12): 2075-2084. doi : 10.1002 / jcc.20703 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-E29A-0 . PMID 17405124 . S2CID 519769 .
- ^ Berk Hess; Carsten Kutzner; David van der Spoel; Erik Lindahl (2008). "GROMACS 4: algoritmos para simulación molecular altamente eficiente, con equilibrio de carga y escalable". Revista de teoría química y computación . 4 (3): 435–447. doi : 10.1021 / ct700301q . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0 . PMID 26620784 .
- ^ "GPU - Gromacs" . gromacs.org. 20 de enero de 2012 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ "Diagrama de flujo GROMACS" . gromacs.org. 18 de enero de 2009. Archivado desde el original el 24 de junio de 2010 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ https://www.iwocl.org/wp-content/uploads/22-iwocl-syclcon-2021-alekseenko-slides.pdf
- ^ "Re: trabajar en dar opio a los rusos puede alterar la situación actual" . Plegable en casa . 17 de enero de 2010 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ Laboratorio Pande (11 de junio de 2012). "Preguntas frecuentes sobre código abierto de Folding @ home" . Plegable en casa . Universidad de Stanford . Archivado desde el original (FAQ) el 17 de julio de 2012 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ Adam Beberg; Daniel Ensign; Guha Jayachandran; Siraj Khaliq; Vijay Pande (2009). Folding @ home: lecciones de ocho años de informática distribuida voluntaria (PDF) . Procesamiento paralelo y distribuido, IEEE International Symposium . págs. 1–8. doi : 10.1109 / IPDPS.2009.5160922 . ISBN 978-1-4244-3751-1. ISSN 1530-2075 . S2CID 15677970 .
- ^ Markoff, John (29 de septiembre de 2009). "Se busca: equipos domésticos para unirse a la investigación sobre la vida artificial" . The New York Times . Consultado el 26 de junio de 2012 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Foro GROMACS
- GROMACS en GPU
- Binarios de GROMACS 4.6.5 para Windows / Cygwin
- GROMACS en los clústeres bwHPC en Alemania