HOTAIR (para el ARN antisentido de la transcripción HOX ) [3] es un gen humano ubicado entre HOXC11 y HOXC12 en el cromosoma 12 . Es el primer ejemplo de un ARN expresado en un cromosoma que se ha encontrado que influye en la transcripción de genes posteriores del grupo HOXD ubicados en el cromosoma 2. La secuencia y función de HOTAIR es diferente en humanos y ratones. [4] El análisis de secuencia de HOTAIR reveló que existe en mamíferos, tiene secuencias mal conservadas y estructuras considerablemente conservadas, y ha evolucionado más rápido que los genes HoxC cercanos. [5] Un estudio posterior identificó que HOTAIR tiene un elemento no codificante conservado de 32 nucleótidos durante mucho tiempo (CNE ) que tiene una copia paráloga en la región del clúster HOXD (ubicada entre HOXD11 y HOXD12), [6] lo que sugiere que las secuencias conservadas de HOTAIR son anteriores a los eventos de duplicación del genoma completo en la raíz de los vertebrados. Mientras que la secuencia conservada paráloga con el grupo HOXD tiene una longitud de 32 nucleótidos, la secuencia HOTAIR conservada de humanos a peces tiene una longitud de aproximadamente 200 nucleótidos y está marcada por características potenciadoras activas (transcripción bidireccional, picos de H3K4me1 y H3K27ac). [6]
AIRE CALIENTE | |||||||||||||||||||||||||
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Identificadores | |||||||||||||||||||||||||
Alias | HOTAIR , HOXAS, HOXC-AS4, HOXC11-AS1, NCRNA00072, ARN antisentido de transcripción HOX | ||||||||||||||||||||||||
Identificaciones externas | OMIM : 611400 GeneCards : HOTAIR | ||||||||||||||||||||||||
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Ortólogos | |||||||||||||||||||||||||
Especies | Humano | Ratón | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
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Ensembl |
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UniProt |
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RefSeq (ARNm) |
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RefSeq (proteína) |
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Ubicación (UCSC) | Crónicas 12: 53,96 - 53,97 Mb | n / A | |||||||||||||||||||||||
Búsqueda en PubMed | [2] | n / A | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
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Producto genético y de ARN transcrito
El gen HOTAIR contiene 6.232 pb y codifica una molécula de ARN no codificante de 2,2 kb de longitud , que controla la expresión génica. Su ADN fuente se encuentra dentro de un grupo de genes HOXC . Es transportado del cromosoma 12 al cromosoma 2 por la proteína Suz-Twelve . [7]
Función
El extremo 5 ′ de HOTAIR interactúa con una proteína del grupo Polycomb Polycomb Repressive Complex 2 ( PRC2 ) y, como resultado, regula el estado de la cromatina . Es necesario para el silenciamiento génico del locus HOXD por PRC2. [8] [9] PRC2 es prescindible para el silenciamiento transcripcional mediado por HOTAIR. [10] El extremo 3 ′ de HOTAIR interactúa con la histona desmetilasa LSD1 . [9]
Es un factor importante en la diferenciación epigenética de la piel sobre la superficie del cuerpo. La piel de varias posiciones anatómicas es distinta, por ejemplo, la piel del párpado difiere notablemente de la de la planta del pie. [8] [11]
Significación clínica
HOTAIR se expresa altamente en cánceres de mama metastásicos . Los altos niveles de expresión en los tumores de mama primarios son un predictor significativo de metástasis y muerte posteriores. Esto se debe en parte a la sobreexpresión mediada por HOTAIR del oncogén HER2 a través del secuestro de miR-331-3p, que es un regulador negativo de la expresión de HER2. [12] En las células, especialmente aquellas que sobreexpresan PRC2 , la prevención de la expresión de HOTAIR conduce a una reducción del potencial invasivo de esa célula. [13] También participa en el carcinoma de células escamosas de esófago . [14]
Referencias
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000228630 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Entrada de Genecards en HOTAIR" . Consultado el 20 de julio de 2010 .
- ^ Schorderet P, Duboule D (mayo de 2011). "Diferencias estructurales y funcionales en el aire caliente del ARN no codificante largo en ratones y humanos" . PLoS Genetics . 7 (5): e1002071. doi : 10.1371 / journal.pgen.1002071 . PMC 3102750 . PMID 21637793 .
- ^ He S, Liu S, Zhu H (abril de 2011). "La secuencia, estructura y características evolutivas de HOTAIR en mamíferos" . Biología Evolutiva BMC . 11 (1): 102. doi : 10.1186 / 1471-2148-11-102 . PMC 3103462 . PMID 21496275 .
- ^ a b Nepal C, Taranta A, Hadzhiev Y, Pundhir S, Mydel P, Lenhard B, et al. (Abril de 2020). "El elemento no codificante conservado duplicado ancestralmente sugiere roles reguladores duales de HOTAIR en cis y trans" . iScience . 23 (4): 101008. doi : 10.1016 / j.isci.2020.101008 . PMID 32268280 .
- ^ Petherick A (agosto de 2008). "Genética: La línea de producción" . Naturaleza . 454 (7208): 1042–5. doi : 10.1038 / 4541042a . PMID 18756228 .
- ^ a b Rinn JL, Kertesz M, Wang JK, Squazzo SL, Xu X, Brugmann SA, et al. (Junio de 2007). "Demarcación funcional de dominios de cromatina activos y silenciosos en loci HOX humanos por ARN no codificantes" . Celular . 129 (7): 1311–23. doi : 10.1016 / j.cell.2007.05.022 . PMC 2084369 . PMID 17604720 .
- ^ a b Tsai MC, Manor O, Wan Y, Mosammaparast N, Wang JK, Lan F, et al. (Agosto de 2010). "ARN no codificante largo como andamio modular de complejos de modificación de histonas" . Ciencia . 329 (5992): 689–93. doi : 10.1126 / science.1192002 . PMC 2967777 . PMID 20616235 .
- ^ Portoso M, Ragazzini R, Brenčič Ž, Moiani A, Michaud A, Vassilev I, et al. (Abril de 2017). "PRC2 es prescindible para la represión transcripcional mediada por HOTAIR " . El diario EMBO . 36 (8): 981–994. doi : 10.15252 / embj.201695335 . PMC 5391141 . PMID 28167697 .
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- ^ Liu XH, Sun M, Nie FQ, Ge YB, Zhang EB, Yin DD, et al. (Abril de 2014). "Lnc RNA HOTAIR funciona como un ARN endógeno que compite para regular la expresión de HER2 esponjando miR-331-3p en cáncer gástrico" . Cáncer molecular . 13 : 92. doi : 10.1186 / 1476-4598-13-92 . PMC 4021402 . PMID 24775712 .
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- ^ Chen FJ, Sun M, Li SQ, Wu QQ, Ji L, Liu ZL, et al. (Noviembre de 2013). "La regulación al alza del ARN no codificante largo HOTAIR promueve la metástasis del carcinoma de células escamosas de esófago y el mal pronóstico". Carcinogénesis molecular . 52 (11): 908-15. doi : 10.1002 / mc.21944 . PMID 24151120 . S2CID 12457373 .
Otras lecturas
- Woo CJ, Kingston RE (junio de 2007). "HOTAIR eleva los ARN no codificantes a nuevos niveles". Celular . 129 (7): 1257–9. doi : 10.1016 / j.cell.2007.06.014 . PMID 17604716 . S2CID 18124576 .
- Khalil AM, Guttman M, Huarte M, Garber M, Raj A, Rivea Morales D, et al. (Julio de 2009). "Muchos ARN no codificantes intergénicos grandes humanos se asocian con complejos modificadores de cromatina y afectan la expresión génica" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 106 (28): 11667–72. doi : 10.1073 / pnas.0904715106 . PMC 2704857 . PMID 19571010 .
- Wan Y, Chang HY (septiembre de 2010). "HOTAIR: Vuelo de ARN no codificantes en metástasis del cáncer" . Ciclo celular . 9 (17): 3391–2. doi : 10.4161 / cc.9.17.13122 . PMC 3066151 . PMID 20864820 .
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- Kaneko S, Li G, Son J, Xu CF, Margueron R, Neubert TA, Reinberg D (diciembre de 2010). "La fosforilación del componente Ezh2 de PRC2 está regulada por el ciclo celular y regula su unión a ncRNA" . Genes y desarrollo . 24 (23): 2615-20. doi : 10.1101 / gad.1983810 . PMC 2994035 . PMID 21123648 .
- Sun L, Fang J (enero de 2011). "El escritor se encuentra con el borrador en HOTAIR" . Acta Biochimica et Biophysica Sinica . 43 (1): 1-3. doi : 10.1093 / abbs / gmq110 . PMID 21138898 .
- Yang Z, Zhou L, Wu LM, Lai MC, Xie HY, Zhang F, Zheng SS (mayo de 2011). "La sobreexpresión de ARN no codificante largo HOTAIR predice la recurrencia del tumor en pacientes con carcinoma hepatocelular después de un trasplante de hígado". Annals of Surgical Oncology . 18 (5): 1243–50. doi : 10.1245 / s10434-011-1581-y . PMID 21327457 . S2CID 21457941 .
- Nie Y, Liu X, Qu S, Song E, Zou H, Gong C (abril de 2013). "HOTAIR de ARN no codificante largo es un marcador de pronóstico independiente para la progresión y supervivencia del carcinoma nasofaríngeo" . Ciencia del cáncer . 104 (4): 458–64. doi : 10.1111 / cas.12092 . PMID 23281836 . S2CID 207103684 .
enlaces externos
- Página para la región conservada 1 de HOTAIR en Rfam
- Página para la región conservada 2 de HOTAIR en Rfam
- Página para la región conservada 3 de HOTAIR en Rfam
- Página para la región conservada del intrón HOTAIR 4 en Rfam
- Página para la región 5 conservada del intrón HOTAIR en Rfam