Pere participó en la Guerra de Te Kooti , una de las Guerras de Nueva Zelanda . Cuando las fuerzas de Te Kooti fueron derrotadas en el sitio de Ngatapa , en 1869, unas 270 personas fueron hechas prisioneras. Junto con otros cuatro supervivientes (Hetariki Te Oikau, Matene Te Karo, Rewi Tamanui Totitoti y Wi Tamararo), Pere fue llevado a Wellington , donde fue juzgado por alta traición a la corona británica . Pere y Tamararo también fueron acusados de asesinato.
Tres de los acusados, Te Oikau, Te Karo y Totitoti, comenzaron su juicio el 20 de septiembre de 1869 y fueron declarados culpables después de cuatro días. Fueron condenados a ser ahorcados , luego decapitados y luego descuartizados : esta era la sentencia obligatoria por traición, aunque el juez indicó que tal vez la decapitación y el descuartizamiento no se llevarían a cabo. Pere y Tamararo debían ser juzgados por separado, ya que estaban acusados de asesinato y traición. El juicio de Tamararo comenzó el 27 de septiembre, aunque se retiraron los cargos de traición, dejando solo los cargos de asesinato. Fue declarado culpable y condenado al mismo castigo que los demás.
Cuando el propio Pere comenzó su juicio, se retiraron los cargos de asesinato, dejando solo el cargo de traición. La defensa de Pere se centró en tres reclamos principales:
Pere fue apoyado en su juicio por Maata Te Owai , una de las esposas de Te Kooti. Te Owai testificó que Pere no se había unido voluntariamente a las fuerzas de Te Kooti. Otras pruebas indicaron que Pere había estado presente cuando ocurrieron varios asesinatos de colonos, aunque no se presentó ninguna prueba no corroborada de que Pere hubiera cometido o tolerado el crimen. (Curiosamente, esta evidencia se ajusta mejor al cargo de asesinato que al cargo de traición, pero fue el cargo de asesinato el que se abandonó). Al final, Pere fue declarado culpable de traición. El juez aplazó la sentencia de Pere por un tiempo, pero finalmente ordenó el mismo castigo que para los demás.
Wi Tamararo se había suicidado dos días después de ser sentenciado, dejando con vida a solo cuatro de los condenados. Posteriormente, el 13 de octubre, el Gobernador optó por conmutar la sentencia de Hetariki Te Oikau por cadena perpetua. El 2 de noviembre, una decisión sorpresiva también conmutó las sentencias de Matene Te Karo y Rewi Tamanui Totitoti. Esto dejó a Pere como la única persona que enfrentaba la ejecución. Al abordar directamente el caso de Pere, el Consejo Ejecutivo afirmó que la participación de Pere en la guerra había sido voluntaria y lo acusó de participar activamente en asesinatos de colonos. También dijo que Pere, a diferencia de otros, no tenía lealtades tribales que lo obligaran a participar.
Pere fue ahorcado en Wellington el 16 de noviembre de 1869. Es el único neozelandés que ha sido ejecutado por traición, y todos los demás ejecutados han sido condenados por asesinato. Como la pena capital en Nueva Zelanda ya no está en vigor, se espera que conserve esta distinción de forma permanente.