Aunque menos común que en el período medieval, todavía ocurren cargos formales de herejía dentro de las iglesias cristianas. Los temas clave en las iglesias protestantes han incluido la crítica bíblica moderna , la naturaleza de Dios, las pastoras y la aceptabilidad del clero homosexual. La Iglesia Católica, a través de la Congregación para la Doctrina de la Fe , parece estar particularmente preocupada por la teología académica.
En los tiempos modernos, la herejía formal se ha convertido en gran medida en un problema interno y profesional para la mayoría de las iglesias cristianas. Antes y durante la Reforma Inglesa, las acciones por herejía podían entablarse contra clérigos y laicos, y la iglesia nacional establecida podía entablarlas contra una facción minoritaria o una nueva secta. Desde finales del siglo XVII, la persecución activa de una denominación por parte de otra ha cesado en gran medida, y los grupos disidentes han tenido libertad para separarse de la iglesia madre y establecer nuevas denominaciones. Las diferentes denominaciones son libres de elaborar su propia interpretación del cristianismo y, aunque cada una puede considerarse la "única fe verdadera", por lo general evitan criticarse abiertamente entre sí. La disciplina doctrinal se ha convertido en un asunto interno de cada denominación y se ha centrado cada vez más en el clero pastoral y académico, como los portavoces profesionales de la denominación. Dentro de la Iglesia Anglicana y Metodistalas tradiciones, los casos de herejía, la disciplina formal o la destitución por motivos de doctrina teológica han tendido a centrarse en el clero parroquial. En las tradiciones presbiteriana , bautista del sur y luterana , la mayoría de los casos han involucrado a profesores de teología en seminarios denominacionales.
El tema de tales acciones ha cambiado considerablemente durante el último siglo. Los casos entre 1900 y 1970 generalmente se centraron en el conflicto entre la crítica bíblica moderna y los "fundamentos" de la fe; los disidentes fueron acusados con mayor frecuencia de rechazar la infalibilidad de la Biblia , el nacimiento virginal , la resurrección, y otras doctrinas. Por lo tanto, en las primeras tres décadas del siglo XX, hubo varios casos de este tipo en la Iglesia Presbiteriana que condujeron a su eventual división en ramas fundamentalistas y liberales. En las décadas de 1950 y 1960, se libraron batallas similares en los seminarios de la Iglesia Bautista del Sur en los Estados Unidos. Desde la década de 1970, los casos de disciplina formal o despido han sido poco frecuentes y ha habido un cambio notable en el tipo de tema que llama la atención: los casos ahora tienden a enfocarse en cuestiones relacionadas con la naturaleza de Dios y la divinidad de Cristo (Ray Billington en 1971, Anthony Freeman en 1994, Andrew Furlong en 2002) o la aceptabilidad del clero gay (Righter en 1996, Stroud en 2001).
Algunas denominaciones han adoptado cada vez más la opinión de que las acciones contra el clero deben tomarse solo en las circunstancias más extremas. Las razones pueden ser en parte doctrinales y en parte tácticas. Desde un punto de vista táctico, los "juicios por herejía" han resultado casi invariablemente en una cobertura mediática poco halagüeña, presentando a las iglesias como obsesionadas con cuestiones doctrinales que tienen poca relevancia o significado en el mundo moderno. Además, al menos en la Iglesia de Inglaterra, los procedimientos para presentar cargos formales por herejía son complejos y costosos. La revisión de 2000-2003 de la disciplina del clero, que condujo al informe Under Authority, hizo recomendaciones sobre la coherencia y la justicia natural en la disciplina del clero; dijo que las sanciones sobre cuestiones doctrinales deberían ser "raras y excepcionales", pero no entró en detalles sobre lo que podría provocar tales sanciones.