En bioquímica , una proteína hipotética es una proteína cuya existencia se ha predicho , pero para la que hay una falta de evidencia experimental de que se exprese in vivo . La secuenciación de varios genomas ha dado lugar a numerosos marcos de lectura abiertos previstos a los que no se pueden asignar fácilmente funciones. Estas proteínas, ya sean huérfanas o proteínas hipotéticas conservadas, constituyen entre el 20% y el 40% de las proteínas codificadas en cada genoma recién secuenciado. [1]Incluso cuando hay suficiente evidencia de que el producto del gen se expresa, mediante técnicas como microarrays y espectrometría de masas, es difícil asignarle una función dada su falta de identidad con secuencias de proteínas con función bioquímica anotada. Hoy en día, la mayoría de las secuencias de proteínas se infieren del análisis computacional de la secuencia de ADN genómico . Las proteínas hipotéticas se crean mediante software de predicción de genes durante el análisis del genoma . Cuando la herramienta bioinformática utilizada para la identificación de genes encuentra un gran marco de lectura abierto sin un homólogo caracterizado en la base de datos de proteínas , devuelve "proteína hipotética" como comentario de anotación.
La función de una proteína hipotética puede predecirse mediante búsquedas de homología de dominio con varios niveles de confianza. [2] Los dominios conservados están disponibles en las proteínas hipotéticas que deben compararse con los dominios familiares conocidos mediante los cuales la proteína hipotética podría clasificarse en familias de proteínas particulares, aunque no se hayan investigado in vivo. La función de la proteína hipotética también podría predecirse mediante el modelado de homología, en el que la proteína hipotética tiene que alinearse con la secuencia de proteína conocida cuya estructura tridimensional se conoce y mediante el método de modelado si la estructura se predice, entonces la capacidad de funcionamiento de la proteína hipotética podría determinarse computacionalmente. [2] [3] Además, los enfoques para anotar la función de proteínas hipotéticas incluyen la determinación de la estructura tridimensional de estas proteínas mediante iniciativas de genómica estructural, la comprensión de la naturaleza y el modo de unión del ión metálico / grupo protésico, la similitud con otras proteínas conocidas funciones y anotando posible sitio catalítico y sitio regulador. [4] La predicción de la estructura con evaluación de la función bioquímica mediante la detección de varios sustratos es otro enfoque prometedor para anotar la función [2]
Ver también
Referencias
- ^ Galperin MI (2001). "Proteínas 'hipotéticas' conservadas: nuevas pistas y nuevos acertijos" . Genómica comparativa y funcional . 2 (1): 14–18. doi : 10.1002 / cfg.66 . PMC 2447192 . PMID 18628897 .
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enlaces externos
- FÁCIL