El Proyecto del Microbioma Humano ( HMP ) fue una iniciativa de investigación de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH) para mejorar la comprensión de la flora microbiana involucrada en la salud y las enfermedades humanas. Lanzada en 2007, [1] la primera fase (HMP1) se centró en identificar y caracterizar la flora microbiana humana. La segunda fase, conocida como Proyecto Integrativo del Microbioma Humano (iHMP), se lanzó en 2014 con el objetivo de generar recursos para caracterizar el microbioma y dilucidar los roles de los microbios en los estados de salud y enfermedad. El programa recibió $ 170 millones en financiamiento del Fondo Común de los NIH de 2007 a 2016. [2]
Proyecto de microbioma humano (HMP) | |
---|---|
Dueño | Institutos Nacionales de Salud de EE. UU . |
Establecido | 2007 |
Desestablecido | 2016 |
Sitio web | hmpdacc |
Los componentes importantes del HMP fueron los métodos de caracterización de la comunidad microbiana independientes del cultivo , como la metagenómica (que proporciona una perspectiva genética amplia en una sola comunidad microbiana), así como la secuenciación extensa del genoma completo (que proporciona una perspectiva genética "profunda" sobre ciertas aspectos de una comunidad microbiana determinada, es decir , de especies bacterianas individuales). Este último sirvió como secuencias genómicas de referencia ( actualmente se planean 3000 secuencias de este tipo de aislados bacterianos individuales ) con fines de comparación durante el análisis metagenómico posterior. El proyecto también financió la secuenciación profunda de secuencias de ARNr 16S bacterianas amplificadas por reacción en cadena de la polimerasa de sujetos humanos. [3]
Introducción
Antes del lanzamiento de HMP, a menudo se informaba en los medios de comunicación populares y en la literatura científica que hay aproximadamente 10 veces más células microbianas y 100 veces más genes microbianos en el cuerpo humano que células humanas; esta cifra se basó en estimaciones de que el microbioma humano incluye alrededor de 100 billones de células bacterianas y un ser humano adulto tiene típicamente alrededor de 10 billones de células humanas. [4] En 2014, la Academia Estadounidense de Microbiología publicó una pregunta frecuente que enfatizaba que la cantidad de células microbianas y la cantidad de células humanas son estimaciones, y señaló que investigaciones recientes habían llegado a una nueva estimación de la cantidad de células humanas en alrededor de 37 billones de células, lo que significa que la proporción de células microbianas a humanas es probablemente de aproximadamente 3: 1. [4] [5] En 2016, otro grupo publicó una nueva estimación de la proporción de aproximadamente 1: 1 (1,3: 1, con "una incertidumbre del 25% y una variación del 53% sobre la población de machos estándar de 70 kg") . [6] [7]
A pesar de la asombrosa cantidad de microbios dentro y fuera del cuerpo humano, se sabía poco sobre su papel en la salud y las enfermedades humanas. Muchos de los organismos que componen el microbioma no han sido cultivados , identificados o caracterizados de otra manera con éxito . Los organismos que se cree que se encuentran en el microbioma humano, sin embargo, generalmente se pueden clasificar como bacterias , miembros del dominio Archaea , levaduras y eucariotas unicelulares , así como varios parásitos helmintos y virus , estos últimos incluyen virus que infectan los organismos del microbioma celular. (por ejemplo, bacteriófagos ). El HMP se propuso descubrir y caracterizar el microbioma humano, haciendo hincapié en los sitios oral, cutáneo, vaginal, gastrointestinal y respiratorio.
El HMP abordará algunas de las cuestiones científicas más inspiradoras, irritantes y fundamentales de la actualidad. Es importante destacar que también tiene el potencial de romper las barreras artificiales entre la microbiología médica y la microbiología ambiental. Se espera que el HMP no solo identifique nuevas formas de determinar la salud y la predisposición a las enfermedades, sino que también defina los parámetros necesarios para diseñar, implementar y monitorear estrategias para manipular intencionalmente la microbiota humana, para optimizar su desempeño en el contexto de la fisiología de un individuo. . [8]
El HMP ha sido descrito como "una extensión lógica, conceptual y experimental del Proyecto Genoma Humano ". [8] En 2007, el HMP se incluyó en la hoja de ruta de los NIH para la investigación médica [9] como uno de los nuevos caminos hacia el descubrimiento . La caracterización organizada del microbioma humano también se está realizando a nivel internacional bajo los auspicios del Consorcio Internacional de Microbioma Humano. [10] Los Institutos Canadienses de Investigación en Salud , a través del Instituto CIHR de Infección e Inmunidad, están liderando la Iniciativa Canadiense del Microbioma para desarrollar un esfuerzo de investigación coordinado y enfocado para analizar y caracterizar los microbios que colonizan el cuerpo humano y su posible alteración durante la estados de enfermedad. [11]
Instituciones contribuyentes
El HMP contó con la participación de muchas instituciones de investigación, incluidas la Universidad de Stanford , el Instituto Broad , la Universidad de Virginia Commonwealth , la Universidad de Washington , la Universidad Northeastern , el MIT , la Facultad de Medicina de Baylor y muchas otras . Las contribuciones incluyeron evaluación de datos, construcción de conjuntos de datos de secuencia de referencia, estudios éticos y legales, desarrollo de tecnología y más.
Fase uno (2007-2014)
El HMP1 incluyó esfuerzos de investigación de muchas instituciones. [12] El HMP1 estableció los siguientes objetivos: [13]
- Desarrollar un conjunto de referencia de secuencias del genoma microbiano y realizar una caracterización preliminar del microbioma humano.
- Explore la relación entre la enfermedad y los cambios en el microbioma humano.
- Desarrollar nuevas tecnologías y herramientas para el análisis computacional.
- Establecer un repositorio de recursos
- Estudiar las implicaciones éticas, legales y sociales de la investigación del microbioma humano.
Fase dos (2014-2016)
En 2014, los NIH lanzaron la segunda fase del proyecto, conocida como Proyecto Integrativo del Microbioma Humano (iHMP). El objetivo del iHMP era producir recursos para crear una caracterización completa del microbioma humano, con un enfoque en comprender la presencia de microbiota en estados de salud y enfermedad. [14] La misión del proyecto, según lo declarado por los NIH, fue la siguiente:
El iHMP creará conjuntos de datos longitudinales integrados de propiedades biológicas tanto del microbioma como del huésped a partir de tres estudios de cohortes diferentes de condiciones asociadas al microbioma utilizando múltiples tecnologías "ómicas". [14]
El proyecto abarcó tres subproyectos llevados a cabo en múltiples instituciones. Los métodos de estudio incluyeron el perfil del gen 16S rRNA , secuenciación completa del metagenoma escopeta , secuenciación completa del genoma , metatranscriptómica , metabolómica / lipidómica e inmunoproteómica . Las principales conclusiones del iHMP se publicaron en 2019 [15].
Embarazo y parto prematuro
El equipo del Vaginal Microbiome Consortium de la Virginia Commonwealth University dirigió una investigación sobre el proyecto de embarazo y parto prematuro con el objetivo de comprender cómo cambia el microbioma durante el período gestacional e influye en el microbioma neonatal. El proyecto también se ocupó del papel del microbioma en la ocurrencia de nacimientos prematuros, que, según los CDC , representan casi el 10% de todos los nacimientos [16] y constituyen la segunda causa principal de muerte neonatal. [17] El proyecto recibió $ 7,44 millones en fondos de los NIH. [18]
Inicio de la enfermedad inflamatoria intestinal (EII)
El equipo de Datos de Multi'omics de la Enfermedad Inflamatoria Intestinal (IBDMDB) fue un grupo de investigadores de varias instituciones que se centró en comprender cómo el microbioma intestinal cambia longitudinalmente en adultos y niños que padecen EII . La EII es un trastorno autoinmune inflamatorio que se manifiesta como enfermedad de Crohn o colitis ulcerosa y afecta a aproximadamente un millón de estadounidenses. [19] Los participantes de la investigación incluyeron cohortes del Hospital General de Massachusetts , el Hospital de la Universidad de Emory / Hospital de Niños de Cincinnati y el Centro Médico Cedars-Sinai . [20]
Inicio de la diabetes tipo 2 (DT2)
Investigadores de la Universidad de Stanford y el Laboratorio de Medicina Genómica Jackson trabajaron juntos para realizar un análisis longitudinal sobre los procesos biológicos que ocurren en el microbioma de pacientes en riesgo de diabetes tipo 2 . La diabetes tipo 2 afecta a casi 20 millones de estadounidenses con al menos 79 millones de pacientes prediabéticos, [21] y se caracteriza parcialmente por cambios marcados en el microbioma en comparación con los individuos sanos. El proyecto tenía como objetivo identificar moléculas y vías de señalización que desempeñan un papel en la etiología de la enfermedad. [22]
Logros
El impacto hasta la fecha del HMP puede evaluarse parcialmente mediante el examen de la investigación patrocinada por el HMP. Más de 650 publicaciones revisadas por pares se enumeraron en el sitio web de HMP desde junio de 2009 hasta finales de 2017, y se han citado más de 70.000 veces. [23] En este punto, el sitio web se archivó y ya no se actualiza, aunque los conjuntos de datos siguen estando disponibles. [24]
Las principales categorías de trabajo financiadas por HMP incluyeron:
- Desarrollo de nuevos sistemas de bases de datos que permitan una organización, almacenamiento, acceso, búsqueda y anotación masiva de datos eficientes. Estos incluyen IMG, la base de datos Integrated Microbial Genomes y el sistema de análisis comparativo; [25] IMG / M, un sistema relacionado que integra conjuntos de datos del metagenoma con genomas microbianos aislados del sistema IMG; [26] CharProtDB , una base de datos de anotaciones de proteínas caracterizadas experimentalmente; [27] y Genomes OnLine Database (GOLD), para monitorear el estado de proyectos genómicos y metagenómicos en todo el mundo y sus metadatos asociados. [28]
- Desarrollo de herramientas de análisis comparativo que faciliten el reconocimiento de patrones comunes, temas principales y tendencias en conjuntos de datos complejos. Estos incluyen RAPSearch2, una herramienta de búsqueda de similitudes de proteínas rápida y eficiente en memoria para datos de secuenciación de próxima generación; [29] Boulder ALignment Editor (ALE), una herramienta de alineación de ARN basada en la web; [30] WebMGA, un servidor web personalizable para un análisis rápido de secuencias metagenómicas; [31] y DNACLUST, una herramienta para la agrupación precisa y eficiente de genes marcadores filogenéticos [32]
- Desarrollo de nuevos métodos y sistemas para el ensamblaje de conjuntos de datos de secuencia masiva. Ningún algoritmo de ensamblaje único aborda todos los problemas conocidos del ensamblaje de secuencias de corta longitud, [33] por lo que los programas de ensamblaje de próxima generación como AMOS [34] son modulares y ofrecen una amplia gama de herramientas para el ensamblaje. Se han desarrollado nuevos algoritmos para mejorar la calidad y la utilidad de las secuencias del genoma en borrador. [35]
- Ensamblaje de un catálogo de genomas de referencia secuenciados de cepas bacterianas puras de múltiples sitios corporales, con los que se pueden comparar los resultados metagenómicos. El objetivo original de 600 genomas se ha superado con creces; el objetivo actual es que 3000 genomas estén en este catálogo de referencia, secuenciados al menos hasta una etapa de borrador de alta calidad. A marzo de 2012[actualizar], Se han catalogado 742 genomas. [36]
- Establecimiento del Centro de Coordinación y Análisis de Datos (DACC), [37] que sirve como depósito central de todos los datos de HMP.
- Varios estudios que exploran cuestiones legales y éticas asociadas con la investigación de secuenciación del genoma completo. [38] [39] [40] [41]
Los desarrollos financiados por HMP incluyeron:
- Nuevos métodos predictivos para identificar sitios de unión de factores de transcripción activos. [42]
- Identificación, sobre la base de pruebas bioinformáticas, de un precursor portador de electrones producido ribosómicamente y ampliamente distribuido [43]
- "Imágenes en movimiento" de lapso de tiempo del microbioma humano. [44]
- Identificación de adaptaciones únicas adoptadas por bacterias filamentosas segmentadas (SFB) en su papel de comensales intestinales. [45] Los SFB son importantes desde el punto de vista médico porque estimulan las células T auxiliares 17 , que se cree que desempeñan un papel clave en las enfermedades autoinmunes .
- Identificación de factores que distinguen la microbiota del intestino sano y enfermo. [46]
- Identificación de un papel dominante hasta ahora no reconocido de Verrucomicrobia en las comunidades bacterianas del suelo. [47]
- Identificación de los factores que determinan el potencial de virulencia de las cepas de Gardnerella vaginalis en la vaginosis . [48]
- Identificación de un vínculo entre la microbiota oral y la aterosclerosis. [49]
- Demostración de que especies patógenas de Neisseria implicadas en meningitis , sepsis y enfermedades de transmisión sexual intercambian factores de virulencia con especies comensales. [50]
Hitos
Base de datos de referencia establecida
El 13 de junio de 2012, el director de los NIH , Francis Collins, anunció un hito importante del HMP . [51] El anuncio fue acompañado por una serie de artículos coordinados publicados en Nature [52] [53] y varias revistas, incluida la Public Library of Science (PLoS), el mismo día. [54] [55] [56] [57] [58] [59] Al mapear la composición microbiana normal de seres humanos sanos mediante técnicas de secuenciación del genoma, los investigadores del HMP han creado una base de datos de referencia y los límites de los microbios normales variación en humanos. [60]
De 242 voluntarios estadounidenses sanos, se recolectaron más de 5,000 muestras de tejidos de 15 (hombres) a 18 (mujeres) partes del cuerpo como boca, nariz, piel, intestino grueso (heces) y vagina. Todo el ADN, humano y microbiano, fue analizado con máquinas secuenciadoras de ADN. Los datos del genoma microbiano se extrajeron identificando el ARN ribosómico específico bacteriano, ARNr 16S . Los investigadores calcularon que más de 10.000 especies microbianas ocupan el ecosistema humano y han identificado del 81 al 99% de los géneros . Además de establecer la base de datos de referencia del microbioma humano, el proyecto HMP también descubrió varias "sorpresas", que incluyen:
- Los microbios aportan más genes responsables de la supervivencia humana que los propios genes de los humanos. Se estima que los genes que codifican proteínas bacterianas son 360 veces más abundantes que los genes humanos.
- Actividades metabólicas microbianas; por ejemplo, digestión de grasas; no siempre son proporcionados por la misma especie bacteriana. La presencia de las actividades parece importar más.
- Los componentes del microbioma humano cambian con el tiempo, afectados por el estado de enfermedad del paciente y la medicación. Sin embargo, el microbioma finalmente regresa a un estado de equilibrio, a pesar de que la composición de los tipos de bacterias ha cambiado.
Aplicacion clinica
Entre las primeras aplicaciones clínicas que utilizan los datos de HMP, como se informa en varios artículos de PLoS, los investigadores encontraron un cambio hacia una menor diversidad de especies en el microbioma vaginal de las mujeres embarazadas en preparación para el parto, y una alta carga de ADN viral en el microbioma nasal de los niños con enfermedades inexplicables. fiebres. Otros estudios que utilizan datos y técnicas de HMP incluyen el papel del microbioma en diversas enfermedades del tracto digestivo, la piel, los órganos reproductivos y los trastornos de la infancia. [51]
Aplicación farmacéutica
Los microbiólogos farmacéuticos han considerado las implicaciones de los datos de HMP en relación con la presencia / ausencia de microorganismos 'objetables' en productos farmacéuticos no estériles y en relación con la monitorización de microorganismos dentro de los entornos controlados en los que se fabrican los productos. Esto último también tiene implicaciones para la selección de medios y los estudios de eficacia de los desinfectantes. [61]
Ver también
- Microbiología ambiental
- Proyecto genoma
- Genómica
- Flora intestinal
- Microbioma humano
- Viroma humano
- Microbiología médica
- Metagenómica
- Ecología microbiana
- Microflora
- Organismo multigenómico
- Microbiología oral
- Flora cutánea
- Superorganismo
- Flora vaginal
Referencias
- ^ "Proyecto de microbioma humano: diversidad de microbios humanos mayor de lo previsto anteriormente" . ScienceDaily . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "Proyecto de microbioma humano - Inicio | Fondo común de los NIH" . commonfund.nih.gov . 28 de junio de 2013 . Consultado el 15 de abril de 2018 .
- ^ "Proyecto de microbioma humano" . El Fondo Común de los NIH . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ a b Preguntas frecuentes de la Academia Estadounidense de Microbiología : Microbioma humano Archivado el 31 de diciembre de 2016 en Wayback Machine en enero de 2014
- ^ Judah L. Rosner para Microbe Magazine, febrero de 2014. ¿ Diez veces más células microbianas que células corporales en los seres humanos?
- ^ Alison Abbott para Nature News. 8 de enero de 2016 Los científicos rompen el mito de que nuestros cuerpos tienen más bacterias que células humanas
- ^ Sender R, Fuchs S, Milo R (enero de 2016). "¿Realmente nos superan en número? Revisando la proporción de bacterias a las células huésped en los seres humanos" . Celular . 164 (3): 337–40. doi : 10.1016 / j.cell.2016.01.013 . PMID 26824647 .
- ^ a b Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI (octubre de 2007). "El proyecto del microbioma humano" . Naturaleza . 449 (7164): 804–10. Código Bibliográfico : 2007Natur.449..804T . doi : 10.1038 / nature06244 . PMC 3709439 . PMID 17943116 .
- ^ "Acerca de la hoja de ruta de los NIH" . El Fondo Común de los NIH. Archivado desde el original el 17 de febrero de 2013 . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "El Consorcio Internacional de Microbioma Humano" . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "Iniciativa canadiense del microbioma" . Institutos Canadienses de Investigación en Salud. 13 de agosto de 2009 . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "Proyecto de microbioma humano / Investigación financiada" . El Fondo Común de los NIH . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "Iniciativas de proyectos / programas de microbioma humano" . El Fondo Común de los NIH . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ a b "Proyecto de microbioma humano de los NIH - sobre el microbioma humano" . hmpdacc.org . Consultado el 30 de marzo de 2018 .
- ^ Equipo de análisis de la cartera de microbiomas humanos de los NIH (2019). "Una revisión de 10 años de actividades de investigación del microbioma humano en los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU., Años fiscales 2007-2016" . Microbioma . 7 (1): 31. doi : 10.1186 / s40168-019-0620-y . ISSN 2049-2618 . PMC 6391833 . PMID 30808411 .
- ^ Ferré C, Callaghan W, Olson C, Sharma A, Barfield W (noviembre de 2016). "Efectos de la edad materna y las tasas de nacimientos prematuros específicos por edad en las tasas generales de nacimientos prematuros - Estados Unidos, 2007 y 2014" . MMWR. Informe Semanal de Morbilidad y Mortalidad . 65 (43): 1181-1184. doi : 10.15585 / mmwr.mm6543a1 . PMID 27811841 .
- ^ "Mortalidad infantil | Salud materna e infantil | Salud reproductiva | CDC" . www.cdc.gov . 2018-01-02 . Consultado el 3 de abril de 2018 .
- ^ Consorcio, VCU, Microbioma vaginal. "Consorcio de Microbioma Vaginal" . vmc.vcu.edu . Consultado el 5 de abril de 2018 .
- ^ "CDC - Epidemiología de la EII - Enfermedad inflamatoria intestinal" . www.cdc.gov . Archivado desde el original el 23 de febrero de 2017 . Consultado el 15 de abril de 2018 .
- ^ "Equipo" . ibdmdb.org . Consultado el 5 de abril de 2018 .
- ^ "Informe Nacional de Estadísticas de Diabetes | Datos y Estadísticas | Diabetes | CDC" . www.cdc.gov . 2018-03-09 . Consultado el 15 de abril de 2018 .
- ^ "Perfiles ómicos personales integrados | Perfiles ómicos personales integrados | Medicina de Stanford" . med.stanford.edu . Consultado el 5 de abril de 2018 .
- ^ "Proyecto de microbioma humano - Inicio | Fondo común de los NIH" . commonfund.nih.gov . 28 de junio de 2013 . Consultado el 18 de abril de 2019 .
- ^ "Portal de datos del proyecto del microbioma humano" . portal.hmpdacc.org . Consultado el 18 de abril de 2019 .
- ^ Markowitz VM, Chen IM, Palaniappan K, Chu K, Szeto E, Grechkin Y, Ratner A, Jacob B, Huang J, Williams P, Huntemann M, Anderson I, Mavromatis K, Ivanova NN, Kyrpides NC (enero de 2012). "IMG: la base de datos de genomas microbianos integrados y el sistema de análisis comparativo" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D115–22. doi : 10.1093 / nar / gkr1044 . PMC 3245086 . PMID 22194640 .
- ^ Markowitz VM, Chen IM, Chu K, Szeto E, Palaniappan K, Grechkin Y, Ratner A, Jacob B, Pati A, Huntemann M, Liolios K, Pagani I, Anderson I, Mavromatis K, Ivanova NN, Kyrpides NC (enero de 2012 ). "IMG / M: el sistema integrado de análisis comparativo y gestión de datos del metagenoma" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D123–9. doi : 10.1093 / nar / gkr975 . PMC 3245048 . PMID 22086953 .
- ^ Madupu R, Richter A, Dodson RJ, Brinkac L, Harkins D, Durkin S, Shrivastava S, Sutton G, Haft D (enero de 2012). "CharProtDB: una base de datos de anotaciones de proteínas caracterizadas experimentalmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D237–41. doi : 10.1093 / nar / gkr1133 . PMC 3245046 . PMID 22140108 .
- ^ Pagani I, Liolios K, Jansson J, Chen IM, Smirnova T, Nosrat B, Markowitz VM, Kyrpides NC (enero de 2012). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: estado de proyectos genómicos y metagenómicos y sus metadatos asociados" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D571–9. doi : 10.1093 / nar / gkr1100 . PMC 3245063 . PMID 22135293 .
- ^ Zhao Y, Tang H, Ye Y (enero de 2012). "RAPSearch2: una herramienta de búsqueda de similitud de proteínas rápida y eficiente en memoria para datos de secuenciación de próxima generación" . Bioinformática . 28 (1): 125–6. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr595 . PMC 3244761 . PMID 22039206 .
- ^ Stombaugh J, Widmann J, McDonald D, Knight R (junio de 2011). "Editor de alineación de Boulder (ALE): una herramienta de alineación de ARN basada en la web" . Bioinformática . 27 (12): 1706–7. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr258 . PMC 3106197 . PMID 21546392 .
- ^ Wu S, Zhu Z, Fu L, Niu B, Li W (septiembre de 2011). "WebMGA: un servidor web personalizable para análisis rápido de secuencias metagenómicas" . BMC Genomics . 12 : 444. doi : 10.1186 / 1471-2164-12-444 . PMC 3180703 . PMID 21899761 .
- ^ Ghodsi M, Liu B, Pop M (junio de 2011). "DNACLUST: agrupación precisa y eficiente de genes marcadores filogenéticos" . BMC Bioinformática . 12 : 271. doi : 10.1186 / 1471-2105-12-271 . PMC 3213679 . PMID 21718538 .
- ^ Yao G, Ye L, Gao H, Minx P, Warren WC, Weinstock GM (enero de 2012). "Gráfico de conformidad de los ensamblajes de secuencia de próxima generación" . Bioinformática . 28 (1): 13–6. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr588 . PMC 3244760 . PMID 22025481 .
- ^ Treangen TJ, Sommer DD, Angly FE, Koren S, Pop M (marzo de 2011). Ensamblaje de secuencia de próxima generación con AMOS . Protocolos actuales en bioinformática . Capítulo 11. págs. Unidad 11.8. doi : 10.1002 / 0471250953.bi1108s33 . ISBN 978-0471250951. PMC 3072823 . PMID 21400694 .
- ^ Koren S, Miller JR, Walenz BP, Sutton G (septiembre de 2010). "Un algoritmo para el cierre automático durante el montaje" . BMC Bioinformática . 11 : 457. doi : 10.1186 / 1471-2105-11-457 . PMC 2945939 . PMID 20831800 .
- ^ "Proyecto de microbioma humano / datos de genomas de referencia" . Centro de Coordinación y Análisis de Datos (DACC) para los Institutos Nacionales de Salud (NIH) . Consultado el 8 de marzo de 2012 .
- ^ "Centro de Coordinación y Análisis de Datos (DACC)" . Fondo común de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) . Consultado el 11 de marzo de 2012 .
- ^ Schwab AP, Frank L, Gligorov N (noviembre de 2011). "Decir privacidad, es decir, confidencialidad" . The American Journal of Bioethics . 11 (11): 44–5. doi : 10.1080 / 15265161.2011.608243 . PMID 22047127 . S2CID 34313782 .
- ^ Rhodes R, Azzouni J, Baumrin SB, Benkov K, Blaser MJ, Brenner B, Dauben JW, Earle WJ, Frank L, Gligorov N, Goldfarb J, Hirschhorn K, Hirschhorn R, Holzman I, Indyk D, Jabs EW, Lackey DP , Moros DA, Philpott S, Rhodes ME, Richardson LD, Sacks HS, Schwab A, Sperling R, Trusko B, Zweig A (noviembre de 2011). "Riesgo de minimis: una propuesta para una nueva categoría de riesgo de investigación" . The American Journal of Bioethics . 11 (11): 1–7. doi : 10.1080 / 15265161.2011.615588 . PMID 22047112 . S2CID 205859554 .
- ^ McGuire AL, Lupski JR (mayo de 2010). "Investigación del genoma personal: ¿qué se le debe decir al participante?" . Tendencias en Genética . 26 (5): 199–201. doi : 10.1016 / j.tig.2009.12.007 . PMC 2868334 . PMID 20381895 .
- ^ Sharp RR, Achkar JP, Brinich MA, Farrell RM (abril de 2009). "Ayudar a los pacientes a tomar decisiones informadas sobre los probióticos: una necesidad de investigación" . La Revista Estadounidense de Gastroenterología . 104 (4): 809-13. doi : 10.1038 / ajg.2008.68 . PMC 2746707 . PMID 19343022 .
- ^ Cuellar-Partida G, Buske FA, McLeay RC, Whitington T, Noble WS, Bailey TL (enero de 2012). "A priori epigenéticos para identificar sitios de unión de factores de transcripción activos" . Bioinformática . 28 (1): 56–62. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr614 . PMC 3244768 . PMID 22072382 .
- ^ Haft DH (enero de 2011). "Evidencia bioinformática de un precursor portador de electrones producido ribosómicamente ampliamente distribuido, sus proteínas de maduración y sus socios redox de nicotinoproteína" . BMC Genomics . 12 : 21. doi : 10.1186 / 1471-2164-12-21 . PMC 3023750 . PMID 21223593 .
- ^ Caporaso JG, Lauber CL, Costello EK, Berg-Lyons D, Gonzalez A, Stombaugh J, Knights D, Gajer P, Ravel J, Fierer N, Gordon JI, Knight R (2011). "Imágenes en movimiento del microbioma humano" . Biología del genoma . 12 (5): R50. doi : 10.1186 / gb-2011-12-5-r50 . PMC 3271711 . PMID 21624126 .
- ^ Sczesnak A, Segata N, Qin X, Gevers D, Petrosino JF, Huttenhower C, Littman DR, Ivanov II (septiembre de 2011). "El genoma de bacterias filamentosas segmentadas inductoras de células th17 revela extensas auxotrofias y adaptaciones al ambiente intestinal" . Anfitrión celular y microbio . 10 (3): 260–72. doi : 10.1016 / j.chom.2011.08.005 . PMC 3209701 . PMID 21925113 .
- ^ Ballal SA, Gallini CA, Segata N, Huttenhower C, Garrett WS (abril de 2011). "Factores simbióticos de la microbiota intestinal y del huésped: lecciones de la enfermedad inflamatoria intestinal y simbiontes exitosos" . Microbiología celular . 13 (4): 508-17. doi : 10.1111 / j.1462-5822.2011.01572.x . PMID 21314883 . S2CID 205529660 .
- ^ Bergmann GT, Bates ST, Eilers KG, Lauber CL, Caporaso JG, Walters WA, Knight R, Fierer N (julio de 2011). "El dominio poco reconocido de Verrucomicrobia en las comunidades bacterianas del suelo" . Biología y bioquímica del suelo . 43 (7): 1450–1455. doi : 10.1016 / j.soilbio.2011.03.012 . PMC 3260529 . PMID 22267877 .
- ^ Yeoman CJ, Yildirim S, Thomas SM, Durkin AS, Torralba M, Sutton G, Buhay CJ, Ding Y, Dugan-Rocha SP, Muzny DM, Qin X, Gibbs RA, Leigh SR, Stumpf R, White BA, Highlander SK, Nelson KE, Wilson BA (agosto de 2010). Li W (ed.). "La genómica comparativa de las cepas de Gardnerella vaginalis revela diferencias sustanciales en el potencial metabólico y de virulencia" . PLOS ONE . 5 (8): e12411. Código Bibliográfico : 2010PLoSO ... 512411Y . doi : 10.1371 / journal.pone.0012411 . PMC 2928729 . PMID 20865041 .
- ^ Koren O, Spor A, Felin J, Fåk F, Stombaugh J, Tremaroli V, Behre CJ, Knight R, Fagerberg B, Ley RE, Bäckhed F (marzo de 2011). "Microbiota oral, intestinal y de placa humana en pacientes con aterosclerosis" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 108 Suppl 1 (Suplemento_1): 4592–8. Código bibliográfico : 2011PNAS..108.4592K . doi : 10.1073 / pnas.1011383107 . PMC 3063583 . PMID 20937873 .
- ^ Marri PR, Paniscus M, Weyand NJ, Rendón MA, Calton CM, Hernández DR, Higashi DL, Sodergren E, Weinstock GM, Rounsley SD, So M (julio de 2010). Ahmed N (ed.). "La secuenciación del genoma revela el intercambio de genes de virulencia generalizada entre especies humanas de Neisseria" . PLOS ONE . 5 (7): e11835. Código bibliográfico : 2010PLoSO ... 511835M . doi : 10.1371 / journal.pone.0011835 . PMC 2911385 . PMID 20676376 .
- ^ a b "El Proyecto de Microbioma Humano de NIH define la composición bacteriana normal del cuerpo" . NIH News. 13 de junio de 2012.
- ^ Consorcio del Proyecto de Microbioma Humano (junio de 2012). "Un marco para la investigación del microbioma humano" . Naturaleza . 486 (7402): 215–21. Código Bib : 2012Natur.486..215T . doi : 10.1038 / nature11209 . PMC 3377744 . PMID 22699610 .
- ^ Consorcio del Proyecto de Microbioma Humano (junio de 2012). "Estructura, función y diversidad del microbioma humano sano" . Naturaleza . 486 (7402): 207-14. Código Bib : 2012Natur.486..207T . doi : 10.1038 / nature11234 . PMC 3564958 . PMID 22699609 .
- ^ Faust K, Sathirapongsasuti JF, Izard J, Segata N, Gevers D, Raes J, Huttenhower C (2012). "Relaciones de co-ocurrencia microbiana en el microbioma humano" . PLOS Biología Computacional . 8 (7): e1002606. Código Bibliográfico : 2012PLSCB ... 8E2606F . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1002606 . PMC 3395616 . PMID 22807668 .
- ^ Abubucker S, Segata N, Goll J, Schubert AM, Izard J, Cantarel BL, Rodriguez-Mueller B, Zucker J, Thiagarajan M, Henrissat B, White O, Kelley ST, Methé B, Schloss PD, Gevers D, Mitreva M, Huttenhower C (2012). "Reconstrucción metabólica de datos metagenómicos y su aplicación al microbioma humano" . PLOS Biología Computacional . 8 (6): e1002358. Código bibliográfico : 2012PLSCB ... 8E2358A . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1002358 . PMC 3374609 . PMID 22719234 .
- ^ Segata N, Haake SK, Mannon P, Lemon KP, Waldron L, Gevers D, Huttenhower C, Izard J (junio de 2012). "Composición del microbioma bacteriano del tracto digestivo adulto basado en siete superficies de la boca, amígdalas, garganta y muestras de heces" . Biología del genoma . 13 (6): R42. doi : 10.1186 / gb-2012-13-6-r42 . PMC 3446314 . PMID 22698087 .
- ^ Cantarel BL, Lombard V, Henrissat B (2012). "Utilización de carbohidratos complejos por el microbioma humano sano" . PLOS ONE . 7 (6): e28742. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 728742C . doi : 10.1371 / journal.pone.0028742 . PMC 3374616 . PMID 22719820 .
- ^ Wu YW, Rho M, Doak TG, Ye Y (agosto de 2012). "Las espiroquetas orales implicadas en enfermedades dentales están muy extendidas en sujetos humanos normales y llevan casetes de genes integrones extremadamente diversos" . Microbiología aplicada y ambiental . 78 (15): 5288–96. doi : 10.1128 / AEM.00564-12 . PMC 3416431 . PMID 22635997 .
- ^ "Colecciones PLOS: Colecciones de artículos publicados por la Biblioteca Pública de Ciencias" . collections.plos.org . Consultado el 15 de abril de 2018 .
- ^ Resúmenes de manuscritos
- ^ Wilder, C, Sandle T, Sutton S (junio de 2013). "Implicaciones del microbioma humano en la microbiología farmacéutica" . Revista farmacéutica estadounidense .
enlaces externos
- Proyecto de microbioma humano
- Centro de Coordinación y Análisis de Datos
- La iniciativa canadiense del microbioma CIHR
- El Consorcio Internacional de Microbioma Humano
- 2006, Resumen de Lay del estudio del microbioma de colon ( el estudio real: Gill et al., 2006 )
- Olivia Judson Microbes 'R' Us New York Times 22 de julio de 2009
- Gina Kolata ¿ Buena salud? Gracias a tus 100 billones de bacterias New York Times 13 de junio de 2012