Interferome es una base de datos bioinformática en línea de genes regulados por interferón (IRG). [1] Estos genes regulados por interferón también se conocen como genes estimulados por interferón (ISG). La base de datos contiene información sobre genes regulados de tipo I (IFN alfa, beta), tipo II (IFN gamma) y tipo III (IFN lambda) y se actualiza periódicamente. Es utilizado por la comunidad de investigación sobre interferón y citocinas [2] como herramienta de análisis y como recurso de información. Los interferones se identificaron como proteínas antivirales hace más de 50 años. Sin embargo, su participación en la inmunomodulación , la proliferación celular, la inflamación y otros procesos homeostáticos se han identificado desde entonces. Estas citocinas se utilizan como agentes terapéuticos en muchas enfermedades, como las infecciones virales crónicas , el cáncer y la esclerosis múltiple . [3] Estos interferones regulan la transcripción de aproximadamente 2000 genes en un subtipo de interferón, dosis, tipo de célula y de manera dependiente del estímulo. Esta base de datos de genes regulados por interferón es un intento de integrar información de experimentos de alto rendimiento y bases de datos de biología molecular para obtener una comprensión detallada de la biología del interferón.
Contenido | |
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Descripción | base de datos de genes regulados por interferón |
Organismos | Homo sapiens Mus musculus Pan troglodytes |
Contacto | |
Laboratorio | Instituto Monash de Investigación Médica de la Universidad de Cambridge |
Cita primaria | Shamith A Samarajiwa & al. (2009) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2008 |
Acceso | |
Sitio web | http://www.interferome.org |
Contenido
Interferome comprende los siguientes conjuntos de datos:
- Datos de expresión génica de genes regulados por interferón de Homo sapiens , Mus musculus y Pan troglodytes , seleccionados manualmente de más de 30 conjuntos de datos proteómicos y de microarrays públicos e internos .
Herramientas
Interferome ofrece muchas formas de buscar y recuperar datos de la base de datos:
- Identificar firmas de genes regulados por interferón en datos de microarrays;
- Análisis y anotación de ontología genética ;
- Expresión tisular normal de genes regulados por interferón;
- Análisis regulatorio de genes regulados por interferón;
- Análisis BLAST (herramienta básica de búsqueda de alineación local) y descarga de secuencias de ortólogos;
Manejo del interferoma
Interferome es administrado por un equipo de la Universidad de Monash : el Instituto Monash de Investigación Médica y la Universidad de Cambridge.
Referencias
- ^ a b Samarajiwa, Shamith A; Forster Sam; Auchettl Katie; Hertzog Paul J (enero de 2009). "INTERFEROME: la base de datos de genes regulados por interferón" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 37 (Problema de la base de datos): D852-7. doi : 10.1093 / nar / gkn732 . PMC 2686605 . PMID 18996892 .
- ^ http://www.isicr.org/
- ^ http://www.cancerhelp.org.uk/help/default.asp?page=4009
enlaces externos
- INTERFEROMO