El Consorcio Internacional de Fenotipado de Ratones (IMPC) es un esfuerzo científico internacional para crear y caracterizar el fenotipo de 20.000 cepas de ratones knock-out . [1] [2] [3] Lanzado en septiembre de 2011, [1] el consorcio está formado por más de 15 institutos de investigación en cuatro continentes con financiación proporcionada por los NIH , los gobiernos nacionales europeos y las instituciones asociadas. [4]
Contenido | |
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Descripción | Enciclopedia de fenotipos de ratones knockout. |
Organismos | Ratón |
Contacto | |
Cita primaria | Brown y Moore, 2012 [1] |
Fecha de lanzamiento | 2011 |
Acceso | |
Sitio web | http://www.mousephenotype.org |
Se proyecta que la iniciativa tomará 10 años (hasta 2021) y se centrará en analizar ratones mutantes homocigotos generados en un fondo isogénico C57BL / 6 N por el Consorcio Internacional de Ratones Knockout . Las cepas de ratón se caracterizan en una amplia gama de procesos de fenotipado que se centra en revelar conocimientos sobre enfermedades humanas mediante la medición de parámetros embrionarios, neuromusculares, sensoriales, cardiovasculares, metabólicos, respiratorios, hematológicos y neurológicos. [1] [5] Los protocolos utilizados para evaluar estos fenotipos se han estandarizado entre los socios de IMPC y están disponibles en IMPReSS. [5]
Las cepas de ratón generadas por los socios de IMPC se depositan en el repositorio de KOMP [6] y en el Archivo Europeo de Ratones Mutantes. [7] En muchos casos, se archivarán las cepas que portan uno de dos tipos de alelos: un alelo nulo utilizado en la tubería de fenotipado primario de IMPC y un alelo listo condicional que permite los knockouts restringidos de tejido a través de la recombinación Cre-Lox y la recombinación FLP-FRT sistemas.
Los datos fenotípicos se registran en una base de datos en línea de libre acceso y búsqueda completa , [8] generando lo que se ha descrito como una "enciclopedia completa de la función de genes de mamíferos". [1]
Impresionar
Contenido | |
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Descripción | Protocolos estandarizados para fenotipar cepas de ratones mutantes. |
Organismos | Ratón |
Contacto | |
Cita primaria | Brown y Moore, 2012 [1] |
Fecha de lanzamiento | 2012 |
Acceso | |
Sitio web | http://www.mousephenotype.org/impress |
El International Mouse Phenotyping Resource of Standardized Screens (IMPReSS) coordina y presenta protocolos estandarizados que utilizan las clínicas de investigación de ratones para evaluar las características biológicas de las cepas de ratones mutantes. IMPReSS se lanzó en 2011 para ayudar al IMPC a lograr su objetivo de caracterizar una cepa de ratón knockout para cada gen y continuará desarrollándose activamente durante los diez años de vida del proyecto. [1] IMPReSS, el sucesor de EMPReSS, se basa en el concepto de una "tubería de fenotipo": una secuencia de procedimientos individuales realizados en un ratón a una edad específica y organizados para minimizar la interferencia de un procedimiento al siguiente. [9] [10] [11] Cada procedimiento se divide en un conjunto de múltiples parámetros que capturan tanto datos como metadatos. Los parámetros de datos se asocian con términos de ontología biomédica para facilitar el intercambio de datos y ayudar en la identificación de modelos de ratones fenotípicos de enfermedades humanas. [12]
Emperatriz
El European Mouse Phenotyping Resource for Standardized Screens (EMPReSS), [9] el predecesor de IMPReSS, desarrolló más de 150 protocolos estandarizados para la caracterización de cepas de ratones mutantes en los institutos de investigación europeos como parte de EUMODIC [13] y EUMORPHIA [14 ] proyectos. EMPReSS se desarrolló activamente desde 2002 hasta que fue reemplazado por IMPReSS en 2011. Los datos fenotípicos recopilados de los protocolos EMPReSS están disponibles en Europhenome .
Líneas de nocaut embrionario-letales
Alrededor del 30% de todos los knockouts de genes dirigidos en ratones resultan en muerte embrionaria o perinatal . [15] Por lo tanto, los efectos de estas mutaciones no pueden estudiarse en ratones adultos vivos, excepto como mutantes heterocigotos . Sin embargo, los estudios sistemáticos de los knockouts letales para embriones son importantes para comprender cómo estos genes influyen en el desarrollo y la supervivencia del embrión.
En 2013, el IMPC publicó el informe Bloomsbury sobre fenotipado de embriones de ratón, [15] esbozando una línea estándar para el cribado de knockouts letales embrionarios en mutantes homocigotos. En el Reino Unido, sus recomendaciones forman la base del proyecto DMDD (Descifrando los mecanismos de los trastornos del desarrollo). [dieciséis]
Ver también
- Proyecto de genética del ratón Sanger
Referencias
- ^ a b c d e f g Brown SD , Moore MW (mayo de 2012). "Hacia una enciclopedia de la función de genes de mamíferos: el Consorcio Internacional de Fenotipado de Ratones" . Dis. Modelos Mech . 5 (3): 289–92. doi : 10.1242 / dmm.009878 . PMC 3339821 . PMID 22566555 .
- ^ Brown SD , Moore MW (octubre de 2012). "El Consorcio Internacional de Fenotipado del Ratón: perspectivas pasadas y futuras sobre el fenotipado del ratón" . Mamm. Genoma . 23 (9-10): 632-40. doi : 10.1007 / s00335-012-9427-x . PMC 3774932 . PMID 22940749 .
- ^ Morgan H, Simon M, Mallon AM (2012). "Acceder y extraer datos de proyectos de fenotipado de ratones a gran escala". En t. Rev. Neurobiol . Revista Internacional de Neurobiología. 104 : 47–70. doi : 10.1016 / B978-0-12-398323-7.00003-3 . ISBN 9780123983237. PMID 23195311 .
- ^ Schofield PN, Hoehndorf R, Gkoutos GV (mayo de 2012). "Recursos genéticos y fenotípicos del ratón para la genética humana" . Tararear. Mutat . 33 (5): 826–36. doi : 10.1002 / humu.22077 . PMC 3473354 . PMID 22422677 .
- ^ a b "Recurso de fenotipado de ratón internacional IMPReSS de pantallas estandarizadas" . Mousephenotype.org . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ "Repositorio de Knockout Mouse Project (KOMP)" . KOMP. 2010-08-01 . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ "EMMA - el archivo europeo de ratones mutantes" . Emmanet.org . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ "IMPC | Consorcio Internacional de Fenotipado de Ratones" . Mousephenotype.org . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ a b "Emperatriz" . Empress.har.mrc.ac.uk. Archivado desde el original el 20 de marzo de 2011 . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ Marrón, SDM; Chambon, P .; De Angelis, MH; Eumorphia, C. (2005). "EMPReSS: pantallas de fenotipo estandarizado para la anotación funcional del genoma del ratón" . Genética de la naturaleza . 37 (11): 1155. doi : 10.1038 / ng1105-1155 . PMID 16254554 .
- ^ Mallon, A. -M .; Blake, A .; Hancock, JM (2007). "EuroPhenome y EMPReSS: recurso de fenotipado de ratón en línea" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D715 – D718. doi : 10.1093 / nar / gkm728 . PMC 2238991 . PMID 17905814 .
- ^ Chen, CK; Mungall, CJ; Gkoutos, GV; Doelken, SC; Köhler, S .; Ruef, BJ; Smith, C .; Westerfield, M .; Robinson, PN; Lewis, SE; Schofield, PN; Smedley, D. (2012). "MouseFinder: genes de enfermedad candidatos a partir de datos de fenotipo de ratón" . Mutación humana . 33 (5): 858–866. doi : 10.1002 / humu.22051 . PMC 3327758 . PMID 22331800 .
- ^ "Eumódico" . Eumódico. Archivado desde el original el 4 de julio de 2011 . Consultado el 1 de agosto de 2013 .
- ^ "EUMORFIA" . Archivado desde el original el 3 de julio de 2012 . Consultado el 8 de julio de 2013 .
- ^ a b Adams, D; Baldock, R; Bhattacharya, S; Copp, AJ; Dickinson, M; Greene, ECM; Henkelman, M; Justicia, M; Mohun, T; Murray, SA; Pauws, E; Raess, M; Rossant, J; Weaver, T; West, D (mayo de 2013). "Informe de Bloomsbury sobre fenotipado de embriones de ratón: recomendaciones del taller IMPC sobre detección letal embrionaria" . Modelos y mecanismos de enfermedad . 6 (3): 571–579. doi : 10.1242 / dmm.011833 . PMC 3634642 . PMID 23519032 .
- ^ Mohun, T; Adams, DJ; Baldock, R; Bhattacharya, S; Copp, AJ; Hemberger, M; Houart, C; Hurles, ME; Robertson, E; Smith, JC; Weaver, T; Weninger, W (mayo de 2013). "Descifrando los mecanismos de los trastornos del desarrollo (DMDD): un nuevo programa para fenotipar ratones letales embrionarios" . Modelos y mecanismos de enfermedad . 6 (3): 562–566. doi : 10.1242 / dmm.011957 . PMC 3634640 . PMID 23519034 .
enlaces externos
- Descifrando los mecanismos de los trastornos del desarrollo (DMDD)