Isidore Legouix era el hijo mayor del editor de música y librero Onesimus Legouix (1809-1867). El negocio de su padre, que se había inaugurado a principios del reinado de Luis Felipe I , estaba ubicado en el número 4 de la rue Chauveau-Lagarde, en el distrito 8 . En 1847, Isidore Legouix ingresó en el Conservatorio de París, donde estudió armonía con Napoléon Henri Reber y composición con Ambroise Thomas . Obtuvo un primer premio en teoría musical en 1850, un primer premio en armonía en 1855, y al año siguiente un "2me accessit" en contrapunto y fuga . Competir por el Prix de Romeen 1860 recibió una mención de honor por su cantata Le Czar Ivan IV a las palabras de Theodore Anne.
Después de graduarse del Conservatorio, Legouix trabajó en la tienda de música familiar y se dedicó a la composición, particularmente a la música incidental . Compuso varias operetas , de las cuales la crítica contemporánea elogió el talento y el ingenio. Pero difícilmente se podría vencer a la abrumadora competencia de las obras de Hervé , Offenbach , Lecocq , Audran , Planquette y Varney , los maestros de la opereta parisina. A pesar de sus quince obras en este género, Isidore Legouix nunca alcanzaría la misma fama, aunque algunas de sus operetas tuvieran algún éxito. Legouix también compuso algunas piezas para piano y canciones. Escribió (en inglés) elopéra comique The Crimson Scarf ( L'Écharpe cramoisie ), interpretada en la década de 1870 en Londres.
Legouix se casó en 1900 en Boulogne-sur-Seine con Aurélie Gregory. Murió en 1916 tres semanas después de su hermano menor Gustave.
Su catálogo editorial fue asumido por su hijo menor, Gustave Legouix (1844-1916), y luego por el hijo de este último, Robert Legouix. En 1960, la tienda, bajo el lema "Libraire Musicale R. Legouix", aún permanecía en la misma dirección ( Place de la Madeleine ).