Una etiqueta de afinidad codificada por isótopos ( ICAT ) es un método de marcado isotópico in vitro utilizado para proteómica cuantitativa mediante espectrometría de masas que utiliza reactivos de marcado químico . [1] [2] [3] Estas sondas químicas constan de tres elementos: un grupo reactivo para marcar una cadena lateral de aminoácidos (p. Ej., Yodoacetamida para modificar residuos de cisteína ), un enlazador codificado isotópicamente y una etiqueta (p. Ej., Biotina) para el aislamiento por afinidad de proteínas / péptidos marcados. Las muestras se combinan y luego se separan mediante cromatografía, luego se envían a través de un espectrómetro de masas para determinar la relación masa-carga entre las proteínas. Sólo se pueden analizar péptidos que contienen cisteína. Dado que solo se analizan péptidos que contienen cisteína, a menudo se pierde la modificación postraduccional. [4]
Desarrollo
Las etiquetas originales se desarrollaron usando deuterio , pero más tarde el mismo grupo rediseñó las etiquetas usando 13C en su lugar para evitar problemas de separación de picos durante la cromatografía líquida debido a la interacción del deuterio con la fase estacionaria de la columna. [5]
Proteómica cuantitativa
Para la comparación cuantitativa de dos proteomas, una muestra se marca con la sonda isotópicamente ligera (d0) y la otra con la versión isotópicamente pesada (d8). Para minimizar el error, se combinan ambas muestras, se digieren con una proteasa (es decir, tripsina ) y se someten a cromatografía de afinidad con avidina para aislar péptidos marcados con reactivos de marcado codificados con isótopos. A continuación, estos péptidos se analizan mediante cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS). Las proporciones de las intensidades de señal de los pares de péptidos marcados diferencialmente en masa se cuantifican para determinar los niveles relativos de proteínas en las dos muestras.
Referencias
- ^ Colangelo, Christopher M .; Williams, Kenneth R. (2006). "Etiquetas de afinidad codificadas por isótopos para la cuantificación de proteínas". Técnicas proteómicas nuevas y emergentes . Métodos en Biología Molecular. 328 . págs. 151-158 . doi : 10.1385 / 1-59745-026-X: 151 . ISBN 978-1-59745-026-3. PMID 16785647 .
- ^ Gygi SP, Rist B, Gerber SA, Turecek F, Gelb MH, Aebersold R (octubre de 1999). "Análisis cuantitativo de mezclas de proteínas complejas utilizando etiquetas de afinidad codificadas por isótopos". Biotecnología de la naturaleza . 17 (10): 994–9. doi : 10.1038 / 13690 . PMID 10504701 .
- ^ US 6670194 "Análisis cuantitativo rápido de proteínas o función de proteínas en mezclas complejas", Rudolf Hans Aebersold et al.
- ^ "iCAT" . Proteómica . Consultado el 7 de junio de 2020 .
- ^ Yi, EC; et al. (2005). "Aumento de la cobertura cuantitativa del proteoma con (13) C / (12) C basado en reactivo de etiqueta de afinidad codificada con isótopos escindibles en ácido y esquema de adquisición de datos modificado". Proteómica . 5 (2): 380–7. doi : 10.1002 / pmic.200400970 . PMID 15648049 .